PDB-4lem: Crystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lem

タイトル

Crystal structure of the Delta-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis

要素

1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

L-glutamate gamma-semialdehyde dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase activity / proline catabolic process to glutamate / cytoplasmic side of plasma membrane / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Use of a "silver bullet" to resolve crystal lattice dislocation disorder: A cobalamin complex of Delta (1)-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Lagautriere, T. / Bashiri, G. / Baker, E.N.

履歴

登録	2013年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月21日	Group: Database references
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lem.cif.gz	677.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lem.ent.gz	554.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lem.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lem_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lem_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	4lem_validation.xml.gz	159.1 KB	表示
CIF形式データ	4lem_validation.cif.gz	218.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ns3C 4idm 4ids 4ihi 4jdc C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lh2-d 4ids-1 4idm-1 2eit-d 4lh1-d 2bhp-d 3rjl-9 2bhq-d 4k57-d 3v9g-2 2ejd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

B: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

C: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

D: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

E: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

F: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

ヘテロ分子

373 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

B: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

D: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

F: 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.299, 164.299, 259.114
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase 分子量: 61210.691 Da / 分子数: 6 / 変異: G505D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: RVBD_1187 / プラスミド: pYUB28b / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 株 (発現宿主): Mc2 4517 / 参照: UniProt: O50443, EC: 1.5.1.12
#2: 化合物	ChemComp-B12 / COBALAMIN 分子量: 1330.356 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆₂H₈₉CoN₁₃O₁₄P
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.25 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.2% w/v biotin, 0.2% w/v phospho(enol)pyruvic acid monosodium salt hydrate, 0.2% w/v D-(+)-Melezitose hydrate, 0.2% w/v coenzyme B12 and 0.02M HEPES sodium pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953691 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953691 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→20.01 Å / Num. all: 186040 / Num. obs: 186040 / % possible obs: 99.5 %
反射シェル	解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 15.1 % / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.27→20.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.936 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20442	9351	5 %	RANDOM
R_work	0.1481	-	-	-
obs	0.1509	176621	99.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.454 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	-0.15 Å²	0 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→20.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24947	0	367	2514	27828

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.019	25971
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	24359
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.838	1.964	35528
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.862	3	55700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.61	5	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.82	23.018	1173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.113	15	3781
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.738	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	3935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	29922
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	6231
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.27→2.326 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	640	-
R_work	0.277	12380	-
obs	-	-	94.99 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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