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- PDB-4lek: Structure-Based Design of New Dihydrofolate Reductase Antibacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lek
タイトルStructure-Based Design of New Dihydrofolate Reductase Antibacterial Agents: 7-(Benzimidazol-1-yl)-2,4-diaminoquinazolines
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase inhibitor / Oxidoreductase-Oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1DN / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hilgers, M.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-Based Design of New Dihydrofolate Reductase Antibacterial Agents: 7-(Benzimidazol-1-yl)-2,4-diaminoquinazolines.
著者: Lam, T. / Hilgers, M.T. / Cunningham, M.L. / Kwan, B.P. / Nelson, K.J. / Brown-Driver, V. / Ong, V. / Trzoss, M. / Hough, G. / Shaw, K.J. / Finn, J.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月26日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5103
ポリマ－19,3471
非ポリマー1,1632
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.346, 79.346, 107.496
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase / DHFR


分子量: 19347.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: folA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-AI / 参照: UniProt: P0A017, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-1DN / 7-[5,6-dimethoxy-2-(1,3-thiazol-2-yl)-1H-benzimidazol-1-yl]quinazoline-2,4-diamine


分子量: 419.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17N7O2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.28 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 4000, sodium acetate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→21.072 Å / Num. obs: 21377

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→22.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.2124 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8628 / SU B: 4.029 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.1057 / SU Rfree: 0.0979 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 1155 5.1 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2032 21377 99.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 43.57 Å2 / Biso mean: 22.559 Å2 / Biso min: 12.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1272 0 78 105 1455
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5852.0221902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6885156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.36124.19462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.19915226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.392156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1690.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.2935
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0830.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3011.5806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.47821282
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7893705
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1784.5620
LS精密化 シェル解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 71 -
Rwork0.41 1477 -
all-1548 -
obs--95.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63350.91620.06622.3629-0.33811.88440.0314-0.0301-0.04770.0791-0.0259-0.0075-0.1607-0.0432-0.0056-0.0315-0.01040.0543-0.0883-0.0159-0.052-1.26124.543-8.682
21.1391.42080.12821.9462-0.33231.40740.2085-0.05590.27910.2118-0.08290.3424-0.3959-0.0956-0.12560.06860.01150.1187-0.077-0.02760.0205-5.69533.863-3.205
34.30532.9898-2.1654.4998-1.54281.56920.4541-0.36730.21910.9418-0.4762-0.1762-0.1960.15160.02210.1875-0.13210.0152-0.0516-0.0394-0.09277.64537.5784.38
41.58381.1025-0.24451.7343-0.18392.07840.118-0.1326-0.09980.2115-0.0818-0.1257-0.20530.0336-0.0362-0.0197-0.02180.0405-0.0841-0.0026-0.04910.28923.933-3.117
58.1873-0.5335-2.664712.4286-4.40059.0281-0.363-0.2341-0.91770.20180.0658-0.22630.85730.05590.29720.05390.0020.0604-0.07730.02920.04390.93113.162-4.168
63.9065-0.32492.74873.6561-3.25757.9642-0.0471-0.03320.10290.01550.08910.0592-0.1203-0.2941-0.042-0.0730.00110.0562-0.08240.0202-0.0793-11.7418.555-3.768
73.4922.62590.13912.9712-1.19531.70120.1175-0.0860.1530.2417-0.19450.0528-0.15010.10830.0770.038-0.05710.0525-0.0552-0.0237-0.00346.86831.557-6.145
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1X2 - 20
2X-RAY DIFFRACTION2X21 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3X58 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4X86 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5X124 - 130
6X-RAY DIFFRACTION6X131 - 158
7X-RAY DIFFRACTION7X201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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