PDB-4lef: Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lef

タイトル

Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site

要素

Phosphotriesterase homology protein

キーワード

HYDROLASE / PHP fold

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, acting on ester bonds / catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.842 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PHOSPHOTRIESTERASE HOMOLOGY PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI complexed with phosphate in active site
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lef.cif.gz	943.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lef.ent.gz	789.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lef.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4lef	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bf6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1bf6-1 3pkm-1 1zbu-4 1bf6-2 4u3b-d 2go3-2 4a6v-1 6v6n-4 4ovx-d 4xzj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Phosphotriesterase homology protein

D: Phosphotriesterase homology protein

A: Phosphotriesterase homology protein

B: Phosphotriesterase homology protein

E: Phosphotriesterase homology protein

F: Phosphotriesterase homology protein

G: Phosphotriesterase homology protein

H: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

268 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
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3

A: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.5 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Phosphotriesterase homology protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.048, 100.308, 168.037
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Phosphotriesterase homology protein

分子量: 32951.379 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: php, yhfV, b3379, JW3342 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45548

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#3: 化合物

...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

分子量: 94.971 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄

#4: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1719 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.3M ammonium phosphate, 50mM Hepes, 10% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.842→42.572 Å / Num. all: 228414 / Num. obs: 228414 / % possible obs: 99.28 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1BF6

1bf6

解像度: 1.842→42.572 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2078	6882	3.01 %	RANDOM
R_work	0.1746	-	-	-
all	0.1756	228414	-	-
obs	0.1756	228414	99.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.842→42.572 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18354	0	183	1719	20256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	18937
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	25612
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.649	7003
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3362

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.842-1.8633	0.2826	182	0.2733	5984	X-RAY DIFFRACTION	81
1.8633-1.8852	0.3331	220	0.281	7438	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8852-1.9082	0.3182	233	0.2579	7289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9082-1.9323	0.3343	241	0.3032	7463	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9323-1.9578	0.2409	254	0.2178	7356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9578-1.9846	0.2441	224	0.2126	7381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9846-2.0129	0.2686	243	0.2114	7441	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0129-2.043	0.2814	209	0.201	7436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.043-2.0749	0.2463	216	0.2014	7462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0749-2.1089	0.2538	204	0.1926	7402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1089-2.1453	0.2314	232	0.1894	7403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1453-2.1843	0.2233	227	0.1893	7448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1843-2.2263	0.2339	225	0.2039	7369	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2263-2.2717	0.3084	209	0.2511	7467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2717-2.3211	0.2279	265	0.1998	7375	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3211-2.3751	0.2181	232	0.172	7446	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.4345	0.2141	231	0.1689	7419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4345-2.5003	0.2186	216	0.1715	7438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5003-2.5739	0.2235	247	0.1695	7395	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5739-2.657	0.216	225	0.1712	7461	X-RAY DIFFRACTION	100
2.657-2.7519	0.2037	216	0.1667	7445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7519-2.8621	0.2057	205	0.1702	7457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8621-2.9923	0.2179	230	0.1747	7417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9923-3.15	0.2082	270	0.169	7435	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.3473	0.1857	240	0.1646	7461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3473-3.6056	0.1788	224	0.1592	7456	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6056-3.9682	0.1666	261	0.1416	7440	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9682-4.5419	0.147	234	0.1269	7482	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5419-5.7201	0.1677	220	0.1363	7523	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7201-42.572	0.1624	247	0.1521	7543	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0503	-0.1236	0.2938	1.2096	0.0325	1.1049	-0.04	0.0051	0.0184	-0.1298	0.0346	-0.0408	-0.0232	0.0211	0.0055	0.0858	-0.0114	0.0166	0.0672	-0.0041	0.0714	-2.9619	-65.137	215.2191
2	1.3455	0.224	0.5198	0.9555	0.2477	1.5689	-0.0456	0.0757	-0.1136	-0.0129	0.0759	-0.0489	0.0082	0.0925	-0.0029	0.0956	-0.0057	0.0293	0.0355	-0.0111	0.088	-18.9031	-11.7581	191.207
3	0.7826	0.1763	-0.2379	0.8648	-0.0646	2.1155	-0.0197	0.022	-0.0158	0.0015	0.0191	0.0082	0.0372	-0.0481	-0.001	0.0801	-0.0043	-0.0065	0.0932	0.0265	0.0859	-25.8064	-1.4102	232.2406
4	1.8209	-0.9599	0.1385	1.477	-0.2516	1.6513	-0.3225	-0.613	0.1864	0.2983	0.3752	-0.0798	0.0325	-0.1211	-0.0302	0.175	0.127	0.0002	0.3325	-0.0827	0.1117	3.2984	-49.6727	174.6322
5	1.4488	0.707	0.6027	1.3716	0.4248	1.168	0.0196	-0.0503	0.1498	-0.0478	-0.1444	0.2438	0.0444	-0.1775	0.0801	0.1408	0.0402	-0.0611	0.1721	-0.1101	0.241	26.0527	-41.1479	239.3872
6	1.4063	0.4736	0.4467	0.9297	0.3523	1.174	-0.0104	0.0548	0.0547	-0.0139	0.0311	0.0561	0.0387	-0.0172	-0.0166	0.0984	-0.0019	-0.0026	0.0324	0.0035	0.1021	-36.5507	-38.2532	158.9366
7	0.9847	0.1976	-0.5502	1.1349	0.6047	2.7965	-0.0501	0.1531	0.068	-0.0485	-0.1397	0.2399	-0.2182	-0.6609	0.1335	0.1998	0.0668	-0.0631	0.2556	-0.0438	0.2201	-44.4605	-55.5492	198.2878
8	1.9902	0.1411	-1.3323	0.9366	-0.5006	2.4698	-0.226	-0.8917	-0.3687	0.2252	-0.1734	-0.0942	0.519	1.189	0.1289	0.3102	0.2133	0.0685	0.6392	0.1639	0.2405	23.5018	-4.4993	206.0277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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