PDB-4le8: Structure of the Als3 adhesin from Candida albicans, residues 1-2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4le8

タイトル

Structure of the Als3 adhesin from Candida albicans, residues 1-299 (mature sequence)

要素

Agglutinin-like protein 3

キーワード

CELL ADHESION / adhesin / peptide binding protein / biofilm formation / cellular adhesion / peptides / cell surface

機能・相同性

機能・相同性情報

high molecular weight kininogen binding / reductive iron assimilation / cell adhesion involved in multi-species biofilm formation / biological process involved in symbiotic interaction / filamentous growth of a population of unicellular organisms / cell adhesion involved in biofilm formation / yeast-form cell wall / single-species biofilm formation on inanimate substrate / hyphal cell wall / adhesion of symbiont to host ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Lin, J. / Garnett, J.A. / Cota, E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The peptide binding mechanism of Als3 mediates early attachment of Candida albicans to host cells
著者: Lin, J. / Garnett, J.A. / Cota, E.

履歴

登録	2013年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4le8.cif.gz	245.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4le8.ent.gz	199.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4le8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4le8_validation.pdf.gz	440.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4le8_full_validation.pdf.gz	458 KB	表示
XML形式データ	4le8_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	4le8_validation.cif.gz	43.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4le8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4le8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2y7nS 4leb 4lee S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2y7m-d 4lee-3 4leb-d 4lee-4 4arn-4 4wiq-d 4lee-1 1eqn-4 3trc-1 1j3r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Agglutinin-like protein 3

B: Agglutinin-like protein 3

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Agglutinin-like protein 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Agglutinin-like protein 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.630, 30.890, 143.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.86, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 299 / Label seq-ID: 1 - 300

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Agglutinin-like protein 3 / als3 / 3D9 antigen / Adhesin 3 分子量: 32395.850 Da / 分子数: 2 断片: sNT-Als3 (truncated N-terminal domain, UNP residues 18-316) 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 株: Candida albicans / 遺伝子: ALD8, ALS3 / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 SHuffle / 参照: UniProt: O74623, UniProt: Q59L12*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 491 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4 詳細: 1.0 M lithium chloride, 0.1 M sodium citrate, pH 4.0, 20% w/v PEG6000, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月4日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.883
1	1	h,-k,-l	2	0.117

反射

解像度: 1.75→71.56 Å / Num. obs: 55086 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 9.816 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3666 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
XDS		データ削減
SC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Y7N

2y7n

解像度: 1.75→71.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.889 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.865 / SU B: 6.947 / SU ML: 0.132 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29068	2903	5.3 %	RANDOM
R_work	0.2566	-	-	-
obs	0.25843	52182	87.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.7 Å²	0 Å²	-9.29 Å²
2-	-	-28.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	23.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→71.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4501	0	0	491	4992

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	4787
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	4244
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.927	6606
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.942	3.003	9789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.724	5	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.845	24.392	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.844	15	683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.649	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5618
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	1150
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.169	0.435	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.169	0.435	2458
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.3	0.652	3086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.3	0.652	3087
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.133	0.437	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.133	0.437	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.226	0.652	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.196	5.012	5940
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.069	4.165	5663
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16883 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.796 Å / Num. reflection R_free: 0 / Total num. of bins used: 20

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5229	-0.0543	-0.013	3.2015	-0.3347	1.8341	0.0776	-0.1949	0.0025	0.4508	-0.0834	-0.0601	0.0679	-0.0593	0.0059	0.1838	-0.0073	0.0241	0.2654	-0.0025	0.0135	6.413	3.731	190.252
2	1.3573	0.307	-1.5064	1.3729	0.2097	3.5054	0.0994	-0.3492	-0.022	0.5041	-0.0626	0.0003	-0.0021	0.1541	-0.0367	0.244	-0.0149	0.0378	0.2886	-0.003	0.0252	7.489	-1.434	190.456
3	1.3489	-0.1152	-0.3172	0.6171	0.0995	1.0374	0.0095	0.1093	-0.0823	-0.0029	0.01	0.0446	0.0076	0.0236	-0.0194	0.0766	-0.0024	0.039	0.1911	-0.0153	0.0306	18	3.029	165.936
4	4.7381	1.0046	0.4798	3.2186	0.6364	0.1684	-0.0985	0.2991	0.2518	-0.0737	0.107	0.0184	-0.1003	0.0372	-0.0085	0.2746	0.0014	0.0585	0.258	0.0171	0.1706	26.598	9.463	162.131
5	1.0695	-0.1815	-0.1822	2.5076	-0.4309	1.9997	0.0436	-0.2918	-0.0968	0.4642	-0.042	-0.0815	0.0653	-0.0518	-0.0016	0.1988	-0.0301	0.0254	0.299	0.0168	0.0433	41.635	9.786	192.914
6	0.7994	0.252	-0.0968	1.2943	-0.009	0.6624	0.0423	-0.1466	-0.0136	0.3117	0.0264	0.1981	-0.0311	-0.0988	-0.0686	0.1375	0.0041	0.0808	0.2251	0.0114	0.0562	39.971	7.504	186.286
7	1.6074	-0.2578	-0.289	0.7674	0.2378	0.8179	0.0056	0.122	-0.1143	-0.0276	0.0237	0.0225	0.0694	0.0055	-0.0294	0.0783	-0.0131	0.0387	0.2031	-0.0163	0.0409	54.263	10.158	164.839
8	5.6409	1.0959	-1.2721	2.7811	-0.2599	0.2882	0.0738	0.2796	0.4636	-0.2473	0.0361	-0.1573	-0.02	-0.0728	-0.11	0.0776	0.0298	0.0842	0.2349	0.0019	0.1523	62.431	16.786	164.472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 135
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	136 - 281
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	282 - 299
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	83 - 145
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	146 - 284
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	285 - 299

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)