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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4le5 | ||||||
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タイトル | Structure of an Unusual S-adenosylmethionine synthetase from Campylobacter jejuni | ||||||
![]() | S-adenosylmethionine synthetase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Rossmann fold / ATP Binding | ||||||
機能・相同性 | GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zano, S.P. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of an unusual S-adenosylmethionine synthetase from Campylobacter jejuni. 著者: Zano, S.P. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1rg9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47256.469 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 6-403 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RM1221 / 遺伝子: CJE1239, metK / プラスミド: pET101/D-TOPO / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 % |
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結晶化 | 温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM Tris-HCl (pH 8.0), 200 mM KCl, 2% ethylene glycol, 1 mM DTT and 12% polyethylene glycol 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 286K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月15日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 66855 / % possible obs: 80.8 % / Observed criterion σ(F): 1.59 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique all: 6000 / % possible all: 72.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RG9 解像度: 1.7→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.503 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.5 / σ(I): 2 / ESU R: 0.165 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.418 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
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