PDB-4ldw: Crystal structure of the DNA Binding Domain of arabidopsis thalia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ldw

タイトル

Crystal structure of the DNA Binding Domain of arabidopsis thaliana auxin response factor 1, P21 structure

要素

Auxin response factor 1

キーワード

TRANSCRIPTION / Transcription factor / Dna binding / nucleus

機能・相同性

機能・相同性情報

leaf senescence / cell death / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.67 Å

データ登録者

boer, D.R. / Coll, M.

引用

ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for DNA Binding Specificity by the Auxin-Dependent ARF Transcription Factors.
著者: Boer, D.R. / Freire-Rios, A. / van den Berg, W.A. / Saaki, T. / Manfield, I.W. / Kepinski, S. / Lopez-Vidrieo, I. / Franco-Zorrilla, J.M. / de Vries, S.C. / Solano, R. / Weijers, D. / Coll, M.

履歴

登録	2013年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ldw.cif.gz	270 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ldw.ent.gz	220 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ldw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ldw_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ldw_full_validation.pdf.gz	447.3 KB	表示
XML形式データ	4ldw_validation.xml.gz	24.3 KB	表示
CIF形式データ	4ldw_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ld/4ldw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lduC 4ldvSC 4ldxC 4ldyC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ldy-d 1q8i-d 4ldv-1 1qo3-d 4hfr-2 3frj-1 4gi2-d 6bhv-d 1dgs-2 21436 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (3) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Auxin response factor 1

B: Auxin response factor 1

ヘテロ分子

82.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.260, 83.670, 79.027
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.61, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Auxin response factor 1 分子量: 41079.363 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA Binding Domain, UNP residues 1-355 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ARF1, At1g59750, auxin response factor 1, F23H11.7 プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q8L7G0
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1 4 mg/mL ARF1DBD + 1 l crystallization buffer (100 mM MES 6.5, 20%PEG 5K MME) 7.7.11), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.67→70.02 Å / Num. obs: 23332 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 73.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 3391 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4LDV

4ldv

解像度: 2.67→35.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 31.115 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.1 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27945	1173	5 %	RANDOM
R_work	0.21561	-	-	-
obs	0.21885	22140	96.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 69.443 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	-0 Å²	1.32 Å²
2-	-	-2.85 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.67→35.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5104	0	2	54	5160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	5236
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	1.941	7092
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.772	3	11278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.868	5	625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.693	22.691	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.589	15	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.709	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5825
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.756	3.039	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.755	3.039	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.939	4.553	3145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.939	4.553	3146
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.87	3.227	2706
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.869	3.228	2707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.089	4.76	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.466	24.123	5775
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.464	24.102	5772
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.667→2.736 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.407	86	-
R_work	0.32	1598	-
obs	-	-	94.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.3767	-0.1179	-3.5497	3.3938	0.6834	6.0682	0.0487	-0.2259	0.0353	0.0675	-0.1479	-0.1462	-0.0952	0.0713	0.0992	0.2091	0.0056	-0.0126	0.1295	0.0709	0.071	11.1027	21.5192	34.9411
2	3.9377	-0.7756	-5.0959	1.6852	0.3772	6.8933	-0.1161	-0.1203	-0.0888	0.3472	0.0344	0.2469	-0.0927	0.0781	0.0817	0.5032	0.0424	0.0355	0.446	-0.0296	0.3603	-8.575	22.2435	58.6748
3	3.7277	0.2561	-5.6711	0.7315	-0.9035	9.0299	-0.2163	0.1946	-0.1138	0.1279	0.1352	0.2027	0.1923	-0.4604	0.0811	0.2469	0.0593	0.0149	0.3178	-0.0457	0.2304	-2.8329	19.9742	42.9907
4	5.1113	-10.4798	0.8598	21.6243	-1.8564	0.3291	-0.4651	-0.2734	-0.0383	0.9716	0.3453	-0.1836	0.1236	0.2074	0.1198	0.5016	0.0924	-0.052	0.5583	0.2841	0.5867	21.7967	11.0197	39.5242
5	9.583	-0.1619	-1.7888	9.6323	-2.1682	5.9052	0.0293	0.0161	-0.1224	-0.2405	0.0625	-0.1179	0.2466	-0.0263	-0.0918	0.3638	0.0445	0.0196	0.2075	0.0778	0.3686	13.4199	1.2513	39.7307
6	10.6155	0.0287	-2.1001	1.5722	-1.5043	1.8547	-0.0907	-0.0146	-0.1099	-0.1821	0.019	-0.0483	0.1614	-0.0683	0.0717	0.2333	0.0555	0.0203	0.1924	-0.0299	0.2629	-7.6453	24.0066	7.1824
7	10.4321	-0.0427	-2.0804	1.1207	-0.486	1.2961	0.123	-0.0306	-0.3433	0.091	-0.0543	0.1098	0.0462	-0.0141	-0.0687	0.3248	0.0228	-0.078	0.2263	-0.0308	0.3867	-9.5738	21.892	5.5857
8	10.3543	-0.8917	-0.5134	1.7142	-0.4162	1.5102	0.1142	0.0093	-0.654	0.0757	-0.1014	-0.2405	0.0521	0.0997	-0.0128	0.2252	-0.0615	-0.0108	0.2971	-0.0033	0.2541	-35.3183	20.612	13.6596
9	3.5585	-1.3227	1.0066	1.8005	1.2726	2.5532	0.0759	0.1338	-0.0362	-0.2849	-0.1282	0.2022	-0.1968	-0.1488	0.0523	0.2058	-0.0106	-0.0281	0.2547	0.0093	0.2887	-0.5593	25.8238	5.9895
10	9.9182	-2.47	-0.1907	9.5875	-2.2166	6.7891	-0.1197	0.1646	0.3959	0.1151	0.0481	-0.2574	-0.1774	0.1686	0.0717	0.3894	0.0413	-0.0389	0.1635	0.0008	0.4033	-8.1858	41.865	2.4886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	108 - 181
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	182 - 271
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	272 - 290
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	291 - 356
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	16 - 63
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	64 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	140 - 234
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	235 - 288
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	289 - 355

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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