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- PDB-4ldv: Crystal structure of the DNA binding domain of A. thailana auxin ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ldv
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of A. thailana auxin response factor 1
要素Auxin response factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription Factor / DNA binding / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


leaf senescence / response to auxin / cell death / auxin-activated signaling pathway / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #1040 / Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain ...SH3 type barrels. - #1040 / Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / : / PB1 domain profile. / SH3 type barrels. / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / IODIDE ION / Auxin response factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者boer, D.R. / Freire-Rios, A. / van den Berg, W.M.A. / Weijers, D. / Coll, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for DNA Binding Specificity by the Auxin-Dependent ARF Transcription Factors.
著者: Boer, D.R. / Freire-Rios, A. / van den Berg, W.A. / Saaki, T. / Manfield, I.W. / Kepinski, S. / Lopez-Vidrieo, I. / Franco-Zorrilla, J.M. / de Vries, S.C. / Solano, R. / Weijers, D. / Coll, M.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auxin response factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,68514
ポリマ－41,0791
非ポリマー60513
水5,368298
1
A: Auxin response factor 1
ヘテロ分子

A: Auxin response factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,36928
ポリマ－82,1592
非ポリマー1,21026
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area6720 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.362, 126.256, 83.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Auxin response factor 1


分子量: 41079.363 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARF1, At1g59750, F23H11.7 / プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: Q8L7G0
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 0.75 l of 4mg/mL ARF1DBD + 0.75 l crystallization buffer (2.9 M NaFormate, 0.1 M MES 6.0, 50 mM KI), pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→39.08 Å / Num. obs: 81768 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 11957 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SeMet derivative

解像度: 1.45→39.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.405 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24344 4079 5 %RANDOM
Rwork0.2093 ---
obs0.21101 77670 97.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.723 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å2-0 Å2
2---0.61 Å2-0 Å2
3---0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→39.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2591 0 23 298 2912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5651.943881
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0545360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.29922.734139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35415502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2441528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4131.5271361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3942.271706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7161.7511495
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.95413.8344404
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.448→1.486 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 279 -
Rwork0.376 5486 -
obs--94.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.31610.3002-0.64342.3105-0.2251.74140.0028-0.09470.2776-0.0230.0616-0.2726-0.26450.2058-0.06440.0455-0.03230.00460.0281-0.02220.075216.580736.2228-20.8238
22.11271.85260.83273.89731.01162.2680.0518-0.0471-0.27550.1443-0.06920.25230.4475-0.37520.01740.1248-0.07020.0260.0697-0.01280.145825.723467.0912-20.5392
32.67830.86922.75180.28660.89793.0797-0.0651-0.13660.1007-0.0061-0.03360.0228-0.15840.03770.09880.1022-0.0395-0.03840.1386-0.02120.025318.36635.8256-8.7095
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 115
2X-RAY DIFFRACTION2A120 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3A233 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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