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- PDB-4ldu: Crystal structure of the DNA binding domain of Arabidopsis thalia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ldu
タイトルCrystal structure of the DNA binding domain of Arabidopsis thaliana auxin response factor 5
要素Auxin response factor 5
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcription factor / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


meristem development / longitudinal axis specification / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / root development / flower development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / transcription cis-regulatory region binding ...meristem development / longitudinal axis specification / xylem and phloem pattern formation / leaf vascular tissue pattern formation / root development / flower development / response to auxin / auxin-activated signaling pathway / embryo development ending in seed dormancy / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #1040 / Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain ...SH3 type barrels. - #1040 / Auxin response factor domain / Auxin response factor / Auxin response factor / DNA-binding pseudobarrel domain / At1g16640 B3 domain / AUX/IAA domain / AUX/IAA family / B3 DNA binding domain / B3 DNA binding domain / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA binding domain / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / : / PB1 domain profile. / SH3 type barrels. / Roll / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Auxin response factor 5
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Boer, D.R. / Freire-Rios, A. / van den Berg, W.M.A. / Weijers, D. / Coll, M.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: Structural Basis for DNA Binding Specificity by the Auxin-Dependent ARF Transcription Factors.
著者: Boer, D.R. / Freire-Rios, A. / van den Berg, W.A. / Saaki, T. / Manfield, I.W. / Kepinski, S. / Lopez-Vidrieo, I. / Franco-Zorrilla, J.M. / de Vries, S.C. / Solano, R. / Weijers, D. / Coll, M.
履歴
登録2013年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Auxin response factor 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4123
ポリマ－44,3411
非ポリマー712
水3,405189
1
A: Auxin response factor 5
ヘテロ分子

A: Auxin response factor 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8256
ポリマ－88,6832
非ポリマー1424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2940 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area34020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.613, 91.502, 77.182
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.28, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Auxin response factor 5 / Auxin-responsive protein IAA24 / Transcription factor MONOPTEROS


分子量: 44341.488 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA Binding Domain, UNP residues 1-390 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ARF5, At1g19850, F6F9.10, IAA24, MP / プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta DE3 / 参照: UniProt: P93024
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 nL 13 mg/mL ARF5DBD +100 nl crystallization buffer (20 mM TRIS 7.5, 12.5% PEG MME 2000), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→45 Å / Num. obs: 23983 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3492 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→38.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 11.211 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25206 1211 5 %RANDOM
Rwork0.19475 ---
obs0.19771 22772 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.435 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.43 Å2-0 Å2-0.46 Å2
2---2.39 Å2-0 Å2
3---3.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→38.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2651 0 2 189 2842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192725
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6261.9483705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg75334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5822.602123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92115437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.081524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7482.4191342
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7373.6151674
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0472.5631383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.68621.124157
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 83 -
Rwork0.262 1690 -
obs--99.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6503-0.34270.44777.4001-1.14271.6001-0.12870.1980.208-0.21870.07470.0747-0.0644-0.15050.0540.0182-0.0036-0.01510.0744-0.00810.030221.47966.7955-21.9278
26.07072.14460.512614.30088.663610.78990.8662-0.71850.27243.1829-0.29580.94460.2682-0.0006-0.57041.231-0.05830.49460.4205-0.18760.55913.009115.3077-7.9806
35.8351-1.4191-1.03845.3543-2.60523.9084-0.0824-0.1818-0.6441-0.0239-0.2292-0.25310.54740.2630.31170.1596-0.0240.01260.09370.05930.231630.0902-23.9774-10.2848
45.1635-0.72810.79425.0714-0.16943.2329-0.02450.0304-0.3445-0.0544-0.0416-0.06270.0987-0.08360.06620.0591-0.04410.02270.0351-0.00930.101524.7435-20.9884-16.7649
52.8751-1.19910.24431.4556-1.88623.3991-0.0620.0270.270.0572-0.0089-0.1014-0.07670.04570.07090.06690.0001-0.04170.060.00150.157321.781111.558-24.2511
65.64340.9131.00289.5474-3.17251.75230.02480.005-0.21830.0563-0.0614-0.2370.03240.04080.03660.0757-0.0517-0.02720.10660.02440.08841.34859.5689-19.8434
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A49 - 133
2X-RAY DIFFRACTION2A134 - 151
3X-RAY DIFFRACTION3A152 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4A200 - 267
5X-RAY DIFFRACTION5A268 - 318
6X-RAY DIFFRACTION6A319 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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