PDB-4lcu: Structure of KcsA with E118A mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lcu

タイトル

Structure of KcsA with E118A mutation

要素

Fab heavy chain
Fab light chain
pH-gated potassium channel KcsA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / membrane protein / Voltage Gated Potassium Channel / Potassium Channel / pH-gated potassium channel

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated potassium channel activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Streptomyces lividans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.752 Å

データ登録者

Nimigean, C.M. / Posson, D.J. / McCoy, J.M.

引用

ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2013
タイトル: Molecular interactions involved in proton-dependent gating in KcsA potassium channels.
著者: Posson, D.J. / Thompson, A.N. / McCoy, J.G. / Nimigean, C.M.

履歴

登録	2013年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lcu.cif.gz	220.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lcu.ent.gz	185.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lcu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lcu_validation.pdf.gz	657.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lcu_full_validation.pdf.gz	662 KB	表示
XML形式データ	4lcu_validation.xml.gz	21.1 KB	表示
CIF形式データ	4lcu_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/4lcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/4lcu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lbeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2hfe-1 2p7t-3 6w0i-1 2dwd-1 2ih3-1 2h8p-1 6nfu-1 2hjf-1 4lbe-1 6w0h-1 2nlj-1 2hvk-1 5ebl-1 6w0f-1 2dwe-1 2bob-1 5j9p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (5) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

61.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

A: Fab light chain

B: Fab heavy chain

C: pH-gated potassium channel KcsA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
247 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	155.952, 155.952, 75.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-201- K
2	1	C-202- K
3	1	C-203- K
4	1	C-204- K
5	1	C-205- K
6	1	C-206- K

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質	pH-gated potassium channel KcsA / Streptomyces lividans K+ channel / SKC1 分子量: 14105.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア) 遺伝子: kcsA, skc1 / プラスミド: pASK90 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体	Fab light chain 分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 変異: E118A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	Fab heavy chain 分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 63分子

#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₉H₇₆O₅
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.54 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 400, MgAcetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: Double silicon(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 23764 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 66.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 1.046 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.75-2.85	7.1	0.932	2349	1.062	1	99.3
2.85-2.96	7.2	0.727	2336	1.09	1	99.5
2.96-3.1	7.3	0.503	2370	1.092	1	99.6
3.1-3.26	7.4	0.353	2366	1.082	1	99.7
3.26-3.46	7.5	0.252	2370	1.083	1	99.6
3.46-3.73	7.5	0.173	2368	1.085	1	99.9
3.73-4.11	7.5	0.124	2374	1.074	1	99.9
4.11-4.7	7.5	0.089	2386	1.027	1	99.9
4.7-5.92	7.4	0.075	2398	0.959	1	99.9
5.92-50	7.3	0.037	2447	0.914	1	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.75 Å	49.32 Å
Translation	2.75 Å	49.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.752→42.898 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8431 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2158	1991	8.38 %
R_work	0.1827	21763	-
obs	0.1854	23754	99.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.17 Å² / B_iso mean: 83.1758 Å² / B_iso min: 25.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.752→42.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4057	0	37	56	4150

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4228
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.484	5705
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	649
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	717
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.589	1486

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.7522-2.821	0.2751	139	0.2444	1531	1670	99
2.821-2.8973	0.2699	141	0.2376	1546	1687	100
2.8973-2.9825	0.2686	140	0.2443	1553	1693	99
2.9825-3.0787	0.2977	142	0.2272	1528	1670	99
3.0787-3.1887	0.2849	141	0.2179	1541	1682	100
3.1887-3.3164	0.2649	137	0.2079	1539	1676	100
3.3164-3.4672	0.2205	145	0.19	1567	1712	100
3.4672-3.65	0.2595	144	0.1757	1544	1688	100
3.65-3.8785	0.2214	145	0.1639	1562	1707	100
3.8785-4.1777	0.2122	143	0.159	1553	1696	100
4.1777-4.5977	0.1701	141	0.1398	1553	1694	100
4.5977-5.262	0.1843	145	0.1531	1572	1717	100
5.262-6.6256	0.1972	141	0.1893	1568	1709	100
6.6256-42.9035	0.1983	147	0.1995	1606	1753	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9117	-0.9492	2.478	6.5526	-1.9751	7.5461	-0.2723	-0.313	0.3924	0.4924	0.2919	-0.2183	-0.6764	-0.192	0.0205	0.8165	0.1177	-0.0165	0.4495	-0.0062	0.6065	-10.8625	33.0436	-18.8398
2	3.702	-1.1617	2.9737	2.0631	-2.128	4.2643	-0.5137	0.2193	0.559	0.1183	0.0978	-0.0792	-1.2239	-0.2602	0.3793	1.0082	0.2433	0.0456	0.6002	0.0194	0.7598	-19.1224	37.5677	-28.8614
3	4.7643	0.1535	2.877	1.7122	-0.3451	3.2481	-0.2947	-0.5598	0.4788	0.0207	-0.093	0.0505	-0.9537	-0.8038	0.3355	1.2873	0.5028	-0.0319	1.028	0.1877	0.8799	-33.1632	43.0213	-39.3485
4	6.2804	-0.7692	2.4622	6.4585	-1.3019	8.3609	0.0311	0.2132	-0.2711	-0.2984	0.0942	0.4852	0.1882	-0.7574	-0.1408	0.4781	0.0593	0.0226	0.5277	0.0044	0.4025	-20.4144	13.2717	-27.2029
5	9.1867	-1.9292	8.1884	2.3758	-2.6085	9.5995	0.1717	-0.0362	0.2933	-0.4237	-0.0477	0.1626	0.3817	-0.5429	-0.1529	0.5481	0.1281	0.0025	0.5023	0.0245	0.4726	-21.5781	17.7573	-32.4169
6	2.6088	0.3276	1.1506	7.564	-1.8132	2.8042	0.0269	0.5509	0.3286	-0.4054	-0.2389	-0.3149	-0.4775	0.0768	0.0987	1.1439	0.2732	-0.036	1.1168	0.248	0.6934	-30.1449	37.1141	-52.3201
7	3.6601	1.4147	1.4272	8.2564	-1.5212	4.4849	0.0613	1.1818	0.8711	-1.0576	-0.498	0.1861	-0.8197	-0.1269	0.3617	1.2249	0.3582	-0.0639	1.4192	0.3539	0.8646	-32.5267	41.9656	-59.5993
8	2.684	-1.1951	1.0897	3.7638	-1.083	2.8214	-0.1591	-0.401	-0.0923	0.7967	0.1385	0.3883	-1.2144	-0.7803	-0.2141	0.5421	0.1706	0.0298	0.461	-0.1123	0.4437	-8.57	15.4908	10.8079
9	2.3894	-0.4949	1.1319	1.8715	-1.4205	4.7648	-0.0487	-0.3362	-0.0455	0.1405	0.076	0.0647	-0.035	-0.4563	-0.0863	0.2925	0.0389	0.0105	0.3248	-0.073	0.3044	-4.4068	8.3007	6.732

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:73 )	A	1 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 74:139 )	A	74 - 139
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 140:219 )	A	140 - 219
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 1:75 )	B	1 - 75
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 76:113 )	B	76 - 113
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 114:174 )	B	114 - 174
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 175:212 )	B	175 - 212
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 22:51 )	C	22 - 51
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 52:123 )	C	52 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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