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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lcq | ||||||
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タイトル | The crystal structure of di-Zn dihydropyrimidinase in complex with NCBI | ||||||
![]() | dihydropyrimidinase | ||||||
![]() | HYDROLASE ACTIVATOR / Hydrolase / Zinc binding / carboxylation / Alpha-Beta Barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrimidine nucleobase catabolic process / dihydropyrimidinase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hsieh, Y.C. / Chen, M.C. / Hsu, C.C. / Chan, S.I. / Yang, Y.S. / Chen, C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of vertebrate dihydropyrimidinase and complexes from Tetraodon nigroviridis with lysine carbamylation: metal and structural requirements for post-translational modification and function. 著者: Hsieh, Y.C. / Chen, M.C. / Hsu, C.C. / Chan, S.I. / Yang, Y.S. / Chen, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 109.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 87 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56930.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-URQ / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | A SEQUENCE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THE FIRST 20 RESIDUES ARE EXPRESSION | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.04 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: lithium sulfate monohydrate (100mM), PEG 4000 (12%, w/v), tris-sodium citrate dihydrate (100mM, pH 6.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 110112 / Num. obs: 109892 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 4.4 / Observed criterion σ(I): 4.4 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.341 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.81→30 Å
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拘束条件 |
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