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- PDB-4lb5: Crystal structure of PKZ Zalpha in complex with ds(CG)6 (hexagona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lb5
タイトルCrystal structure of PKZ Zalpha in complex with ds(CG)6 (hexagonal form)
要素
  • 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
  • Protein kinase containing Z-DNA binding domains
キーワードTRANSFERASE/DNA / wHTH / Zalpha / ZBD / Kinase / innate immunity / Z-DNA / Z-RNA / eIF2a / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


left-handed Z-DNA binding / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / regulation of translational initiation / protein kinase activity / negative regulation of translation / RNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / : / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Z-DNA-binding domain in adenosine deaminases. / Z-binding domain / Adenosine deaminase z-alpha domain / Z-binding domain profile. / : / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Protein kinase-containing Z-DNA-binding domains
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / PDB ENTRY 1QBJ / 解像度: 2 Å
データ登録者De Rosa, M. / Zacarias, S. / Athanasiadis, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013
タイトル: Structural basis for Z-DNA binding and stabilization by the zebrafish Z-DNA dependent protein kinase PKZ.
著者: de Rosa, M. / Zacarias, S. / Athanasiadis, A.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
B: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
C: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,0486
ポリマ－20,8713
非ポリマー1773
水1,982110
1
A: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
B: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
C: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
B: Protein kinase containing Z-DNA binding domains
C: 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,09612
ポリマ－41,7416
非ポリマー3546
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area6390 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.860, 56.860, 218.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-132-

HOH

21C-149-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase containing Z-DNA binding domains / Uncharacterized protein / Z-DNA binding protein kinase


分子量: 8450.583 Da / 分子数: 2 / 断片: Zalpha domain, UNP residues 5-70 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: pkz / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q5NE14, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3969.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.3 Å / Num. obs: 15007 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 34.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: PDB ENTRY 1QBJ / 解像度: 2→29.3 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 1501 10 %lattice symmetry 10%
Rwork0.1879 ---
obs0.1915 15006 99.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数999 247 12 110 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0741796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.351506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.06460.26811330.23081197X-RAY DIFFRACTION100
2.0646-2.13830.28061320.21261188X-RAY DIFFRACTION100
2.1383-2.22390.24691320.19251192X-RAY DIFFRACTION100
2.2239-2.32510.24041340.19931205X-RAY DIFFRACTION100
2.3251-2.44760.25711350.18721209X-RAY DIFFRACTION100
2.4476-2.60090.22531350.20591224X-RAY DIFFRACTION100
2.6009-2.80160.24431360.21861212X-RAY DIFFRACTION100
2.8016-3.08320.25541360.19891229X-RAY DIFFRACTION100
3.0832-3.52870.20821390.17831251X-RAY DIFFRACTION100
3.5287-4.44330.19031410.15611265X-RAY DIFFRACTION100
4.4433-29.30610.21941480.19531333X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.3084-3.81654.61894.67540.64095.55860.1098-0.2357-0.62820.7331-0.53971.43381.1461-1.0677-0.09370.25120.00230.05670.9225-0.26970.7245-41.97039.9961-3.6062
27.3137-1.14860.66686.19431.22986.8779-0.2336-0.27340.25810.20870.07860.5567-0.4256-0.40750.10480.26570.09750.01450.5418-0.15970.441-34.315816.2834-5.3033
32.66410.9286-0.05058.1825.26658.96410.2003-0.2279-1.49570.3124-0.1057-0.99251.14010.699-0.39320.60110.2332-0.1140.4596-0.06940.6386-11.5153-9.6143-24.5172
41.72741.81290.16748.52695.02638.47930.2559-0.843-1.020.769-0.27910.00181.4374-0.2905-0.01870.56360.0616-0.02420.33910.05780.3572-16.3239-4.7903-16.8146
58.82253.8731-1.11215.10623.14018.0445-0.11051.0735-0.5233-0.62740.1699-0.20070.4012-0.1798-0.05070.47890.1447-0.05160.4055-0.10920.3619-17.9266-1.1573-28.0775
67.5561.2087-6.9882.68431.46299.15520.04060.1817-0.66750.0516-0.81681.4890.0867-1.76210.6540.64680.1289-0.15270.7258-0.24780.6685-30.34821.7259-19.7306
75.1094-3.9107-4.53385.88553.99794.1304-0.8443-0.0463-0.62720.4840.21570.76611.31910.09740.70420.64790.0999-0.1020.3448-0.10720.5488-22.3358-8.4294-27.4117
83.1870.2384-3.86751.8398-0.44938.81440.01630.02920.0283-0.1834-0.16150.0197-0.1099-0.20480.0940.22750.0948-0.05240.333-0.05370.2041-19.666411.1739-17.5527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 36 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 37 through 68 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 7 through 21 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 22 through 36 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 37 through 56 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 57 through 63 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 64 through 69 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 0 through 12 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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