+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4laf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of PnpB complex with FMN | ||||||
要素 | NAD(P)H dehydrogenase (quinone) | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / para-benzoquinone reductase / PnpB in complex with FMN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 p-benzoquinone reductase (NADPH) / p-benzoquinone reductase (NADPH) activity / 4-nitrophenol catabolic process / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / : / NAD binding / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas sp. (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.761 Å | ||||||
データ登録者 | Su, J. / Zhang, C. / Li, N. / Gu, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of PnpB complex with FMN 著者: Su, J. / Zhang, C. / Li, N. / Gu, L. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4laf.cif.gz | 153.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4laf.ent.gz | 123.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4laf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4laf_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4laf_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4laf_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4laf_validation.cif.gz | 38.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/4laf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/4laf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22061.021 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas sp. (バクテリア) / 株: WBC-3 / 遺伝子: pnpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C1I202, NAD(P)H dehydrogenase (quinone) #2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.16 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES monohydrate pH6.0, 20% Polyethylene glycol monomethyl ether 2000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月10日 | |||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 80299 / Num. obs: 80299 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 16.83 Å2 | |||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.761→35.633 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.36 / FOM work R set: 0.8687 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.979 Å2 / ksol: 0.385 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.57 Å2 / Biso mean: 20.086 Å2 / Biso min: 7.68 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.761→35.633 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
|