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- PDB-4l8p: Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHIR_0007... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l8p
タイトルCrystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHIR_00079) from Clostridium hiranonis DSM 13275 at 1.60 A resolution
要素Bile acid 7a-dehydratase, BaiE
キーワードLYASE / Cystatin-like / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


bile-acid 7alpha-dehydratase / bile-acid 7alpha-dehydratase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Bile acid 7-alpha dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium hiranonis DSM 13275 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a bile-acid 7-alpha dehydratase (CLOHIR_00079) from Clostridium hiranonis DSM 13275 at 1.60 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid 7a-dehydratase, BaiE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7575
ポリマ－22,2871
非ポリマー4704
水2,234124
1
A: Bile acid 7a-dehydratase, BaiE
ヘテロ分子

A: Bile acid 7a-dehydratase, BaiE
ヘテロ分子

A: Bile acid 7a-dehydratase, BaiE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,27115
ポリマ－66,8613
非ポリマー1,41012
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area10990 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.905, 58.905, 91.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

NI

21A-202-

NA

31A-421-

HOH

41A-422-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bile acid 7a-dehydratase, BaiE


分子量: 22287.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium hiranonis DSM 13275 (バクテリア)
遺伝子: baiE, CLOHIR_00079 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q9RB47, bile-acid 7alpha-dehydratase

-
非ポリマー , 5種, 128分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 1-168) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50.00% polyethylene glycol 200, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月23日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→29.452 Å / Num. all: 23715 / Num. obs: 23715 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 17.737 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.6470.6512.71217417430.651100
1.64-1.697.10.57831191816800.578100
1.69-1.747.20.473.61195316630.47100
1.74-1.797.20.3834.31174416260.383100
1.79-1.857.30.31851128415560.318100
1.85-1.917.30.2765.81096115060.276100
1.91-1.987.20.27.41059214650.2100
1.98-2.077.30.1639.21011713840.163100
2.07-2.167.30.15510.8994013570.155100
2.16-2.267.30.14112.1948713020.141100
2.26-2.397.40.12413.7891812040.124100
2.39-2.537.40.12114.2867711750.121100
2.53-2.77.40.10715.8804310890.107100
2.7-2.927.40.08718.2757410200.087100
2.92-3.27.40.06720.769539340.067100
3.2-3.587.40.05725.662328410.057100
3.58-4.137.40.05828.456167580.058100
4.13-5.067.40.05129.247396390.051100
5.06-7.167.30.06124.936284950.061100
7.16-29.4527.10.05826.319632780.05897.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.15データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→29.452 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 3.062 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. A NICKEL ION (NI+2) IS MODELED BASED ON A PEAK IN THE ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER. X-RAY FLUORESCENCE EMISSION SPECTRA SHOWED PEAKS CORRESPONDING TO THE NICKEL AND ZINC K-EDGES. DATA SETS WERE COLLECTED ABOVE AND BELOW THE ZINC AND NICKEL K-EDGES. COMPARING ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAPS FROM THESE 4 DATA SETS SUGGESTS A MIXTURE WITH MORE NICKEL THAN ZINC. 7. THE MODELED PEG 200 FRAGMENTS (1PE AND PGE) AND SODIUM IONS ARE PRESENT IN THE CRYSTALLIZATION SOLUTION AND PROTEIN BUFFER. 8. THE SCATTERING FACTORS FOR SULFUR, SELENIUM AND ZINC ATOMS WERE ADJUSTED BY REFMAC 5.7.0032 TO ACCOUNT FOR ANOMALOUS DISPERSION. THE SELENIUM CORRECTION WAS DERIVED FROM THE X-RAY FLUORESCENCE MAD SCAN WITH CHOOCH. THE CORRECTIONS FOR NICKEL AND SULFUR WERE BASED ON THE WAVELENGTH 0.97945 A (S F'= 0.18, SE F'= -7.60, NI F'= 0.06). THE CROMER MANN VALUES LISTED IN THE CIF VERSION OF THE FILE INCLUDE THIS CORRECTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1808 1222 5.2 %RANDOM
Rwork0.1512 ---
obs0.1526 23680 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.87 Å2 / Biso mean: 24.7923 Å2 / Biso min: 12.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20.73 Å2-0 Å2
2--0.73 Å2-0 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1366 0 28 124 1518
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191465
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021369
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4881.9831973
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89533174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6695176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40824.9371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.03115241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.896156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.123.209695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1173.194694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2066.006874
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 96 -
Rwork0.234 1648 -
all-1744 -
obs--99.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.958 Å / Origin y: 35.894 Å / Origin z: 5.255 Å
111213212223313233
T0.0248 Å2-0.0073 Å20.0089 Å2-0.0283 Å2-0.0021 Å2--0.0363 Å2
L0.3613 °2-0.0481 °20.1564 °2-0.4674 °2-0.0771 °2--0.5996 °2
S0.0007 Å °0.0389 Å °0.0171 Å °-0.0366 Å °0.0131 Å °-0.0779 Å °-0.0611 Å °0.093 Å °-0.0137 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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