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万見
- PDB-4l8e: Crystal structure of a glutathione transferase family member from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l8e
タイトルCrystal structure of a glutathione transferase family member from xenorhabdus nematophila, target efi-507418, with two gsh per subunit
要素Glutathione S-transferase enzyme with thioredoxin-like domain
キーワードTRANSFERASE / glutathione S-transferase fold / enzyme function initiative / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


disulfide oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Glutathione S-transferase enzyme with thioredoxin-like domain
類似検索 - 構成要素
生物種Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a glutathione transferase family member from xenorhabdus nematophila, target efi-507418, with two gsh per subunit
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Armstrong, R.N. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2013年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase enzyme with thioredoxin-like domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0736
ポリマ－26,9201
非ポリマー1,1535
水3,585199
1
A: Glutathione S-transferase enzyme with thioredoxin-like domain
ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase enzyme with thioredoxin-like domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,14612
ポリマ－53,8412
非ポリマー2,30510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z+1/21
Buried area3680 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.331, 65.331, 213.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

CL

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase enzyme with thioredoxin-like domain


分子量: 26920.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
株: ATCC 19061 / 遺伝子: yfcG, XNC1_3157 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D3VKV1
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: sitting drop vapor diffusion / pH: 7
詳細: Protein (10 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM GSH); Reservoir (0.1 M Sodium Acetate, 0.1 M MES pH 6.5, 30 %(w/v) PEG 400); Cryoprotection (reservoir), sitting drop vapor diffusion, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→213.919 Å / Num. all: 29857 / Num. obs: 29857 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 21.4 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.01 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.7-1.7921.90.89242842181.00396.7
1.79-1.921.91.18760640030.69197.1
1.9-2.0321.81.98309938110.39997.4
2.03-2.1921.73.17727635540.2497.7
2.19-2.421.74.57162733050.16397.9
2.4-2.6921.55.56484230120.12898.3
2.69-3.121.36.75761927090.09898.6
3.1-3.820.98.44869923270.07298.8
3.8-5.3820.411.13782718560.05598.7
5.38-28.04518.113.61921110620.04694.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GX0

3gx0


解像度: 1.7→28.045 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.8908 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.33 / σ(I): 0 / 位相誤差: 16.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1759 1501 5.07 %RANDOM
Rwork0.1507 ---
all0.152 29592 --
obs0.152 29592 96.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.46 Å2 / Biso mean: 26.8567 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→28.045 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 67 199 1916
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111780
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3812423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085251
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.304657
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.75490.23351170.20532453257094
1.7549-1.81760.20111210.18812485260695
1.8176-1.89030.19751510.16842418256995
1.8903-1.97640.17991410.15362501264296
1.9764-2.08050.17661480.14052478262696
2.0805-2.21080.17921100.14062554266496
2.2108-2.38140.17331520.13022536268897
2.3814-2.62090.14581470.13532578272597
2.6209-2.99980.17211500.14842580273097
2.9998-3.7780.16591300.14872676280698
3.778-28.04870.18571340.15682832296696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6336-0.8119-0.06992.6169-0.2112.42290.01590.18240.006-0.28950.01680.1706-0.0346-0.1686-0.02280.1753-0.0059-0.02950.15560.00410.1264-37.356618.305237.0183
23.4022-3.67480.40638.0378-0.79940.75740.01560.29390.0669-0.63610.0568-0.03720.0994-0.0232-0.07680.2742-0.00110.00030.17050.02380.1222-31.582215.475231.58
33.811-0.71320.77556.8386-0.48811.8352-0.11490.2489-0.0838-0.31930.2187-0.42560.0960.1637-0.10050.1732-0.02070.03140.1827-0.0220.1298-23.390413.608537.9126
43.00871.2326-1.08466.8151-1.8563.96060.11710.08690.5841-0.10020.1429-0.1264-0.7420.5788-0.11750.2612-0.11710.03870.20630.00450.217-24.870527.494539.8222
52.1412-0.1357-0.66492.1605-0.85543.31610.0144-0.05760.26910.11820.09390.1202-0.399-0.2139-0.1080.14630.0175-0.01920.11320.00350.1425-38.824624.546351.3313
61.8242-2.82130.02517.15531.37762.15610.00280.2255-0.32840.1159-0.10030.16910.5481-0.13380.08860.2656-0.04260.01580.1683-0.01110.1893-37.4213-3.275848.1462
74.9629-4.1651-0.10016.42310.05471.9434-0.0453-0.093-0.3810.06170.12470.33350.4913-0.1486-0.08650.2142-0.0545-0.01410.15250.02830.1585-44.19742.009956.3512
84.73312.2083-4.45544.1159-1.14984.5507-0.1259-0.2102-0.08290.32020.01440.2636-0.248-0.40490.13030.15080.0463-0.00520.25870.04420.2434-51.08121.387152.753
93.93162.5199-0.3654.6164-0.7452.3165-0.07930.1206-0.3049-0.4180.19960.4730.4764-0.3541-0.07210.1861-0.0568-0.05680.16450.01560.2068-47.58027.156746.7228
101.52671.5676-1.38227.4483-4.24755.09870.06070.3782-0.2648-0.27950.23050.54320.2992-0.861-0.17130.1094-0.0484-0.05690.31960.0710.2667-54.807613.429945.5913
113.3406-5.1012-1.99878.4591.37665.76560.310.6617-0.1456-0.689-0.24050.45250.1616-0.7332-0.11270.2091-0.012-0.05390.27480.02390.1736-48.099117.452334.7152
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 7:27 )A7 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 28:41 )A28 - 41
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 42:62 )A42 - 62
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 63:76 )A63 - 76
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 77:111 )A77 - 111
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 112:131 )A112 - 131
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 132:153 )A132 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 154:165 )A154 - 165
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 166:188 )A166 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 189:200 )A189 - 200
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 201:209 )A201 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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