PDB-5hfk: CRYSTAL STRUCTURE OF A GLUTATHIONE S-TRANSFERASE PROTEIN FROM ESC...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5hfk

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A GLUTATHIONE S-TRANSFERASE PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI OCh 157:H7 STR. SAKAI (ECs3186, TARGET EFI-507414) WITH BOUND GLUTATHIONE

要素

Disulfide-bond oxidoreductase YfcG

キーワード

TRANSFERASE / GLUTATHIONE S-TRANSFERASE FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE (EFI) / STRUCTURAL GENOMICS / GLUTATHIONE LIGANDS / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体 / disulfide oxidoreductase activity / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / response to oxidative stress / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.551 Å

データ登録者

Himmel, D.M. / Toro, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A GLUTATHIONE S-TRANSFERASE PROTEIN FROM ESCHERICHIA COLI OCh 157:H7 STR. SAKAI (ECs3186, TARGET EFI-507414) WITH BOUND GLUTATHIONE
著者: Himmel, D.M. / Toro, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Evans, B. / Hillerich, ...

履歴

登録	2016年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5hfk.cif.gz	197.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5hfk.ent.gz	156.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5hfk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hfk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/5hfk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gx0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gx0-1 4l8e-1 1or4-d 3erf-1 4gbf-2 4cq8-2 4eci-d 2x64-1 7kpa-d 4kdx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-507414

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (9) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Disulfide-bond oxidoreductase YfcG

B: Disulfide-bond oxidoreductase YfcG

ヘテロ分子

55.2 kDa, 2 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.267, 83.267, 171.153
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Disulfide-bond oxidoreductase YfcG / GSH-dependent disulfide-bond oxidoreductase YfcG / GST N1-1 / GST-like protein YfcG / Organic hydroperoxidase 分子量: 26988.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Several N-terminal and carboxy-terminal residues for each chain were disordered in the structure, according to the electron density. 由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: yfcG, b2302, JW2299 / プラスミド: pSGC-His / 詳細 (発現宿主): Alias: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P77526, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ...参照: UniProt: P77526, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 361 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The sequence matches to GenBank Accession #NP_311213.1

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein (18.49 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 0.150 M Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 4.5 mM DTT, 5 mM reduced Glutathione) were combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Bis-tris pH 6. ...詳細: Protein (18.49 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 0.150 M Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 4.5 mM DTT, 5 mM reduced Glutathione) were combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM Magnesium Chloride, 2.8 M Sodium Chloride); Cryoprotection (Equal volumes of Reservoir + 50% v/v Glycerol)

結晶

マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.73 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein (18.49 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 0.150 M Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 4.5 mM DTT, 5 mM reduced Glutathione) were combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Bis-tris pH 6. ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月13日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 86041 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.72 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.005 / Net I/av σ(I): 16.983 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 614788

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.55-1.61	3.3	0.421	2.653	7961	0.956	92.5
1.61-1.67	4.1	0.415		8410	0.993	97.5
1.67-1.75	4.5	0.389		8445	0.995	97.8
1.75-1.84	5.1	0.355		8514	1.007	98.1
1.84-1.95	5.9	0.306		8529	1.01	98.3
1.95-2.1	7.2	0.233		8643	1.008	99.2
2.1-2.31	8.4	0.17		8683	1.003	99.3
2.31-2.65	9.5	0.14		8753	1.008	99.4
2.65-3.33	10.6	0.118		8867	1.005	99.6
3.33-20	11.9	0.066		9236	1.015	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Coot	0.8	モデル構築
HKL-2000	2.0.0	データ削減
SCALEPACK	1.99.2	データスケーリング
PHASES	2.5.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GX0

3gx0

解像度: 1.551→19.655 Å / R_factor R_free error: 0.003 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 23.73 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2125	4282	4.98 %
R_work	0.1855	81703	-
obs	0.1868	85985	98.03 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 81.32 Å² / B_iso mean: 24.4518 Å² / B_iso min: 10.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.551→19.655 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3324	0	80	361	3765
B_iso mean	-	-	28.04	34.52	-
残基数	-	-	-	-	412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3520
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.188	4790
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	501
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	625
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.005	1282

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5508-1.5684	0.3957	126	0.3878	2196	2322	81
1.5684-1.5869	0.3708	153	0.3862	2568	2721	95
1.5869-1.6062	0.3961	141	0.3726	2635	2776	96
1.6062-1.6265	0.3907	143	0.3631	2646	2789	97
1.6265-1.6479	0.3951	140	0.3681	2660	2800	97
1.6479-1.6705	0.3509	131	0.3453	2704	2835	98
1.6705-1.6944	0.3519	134	0.3359	2695	2829	97
1.6944-1.7196	0.3476	148	0.3277	2650	2798	98
1.7196-1.7465	0.3536	134	0.315	2703	2837	98
1.7465-1.7751	0.3322	141	0.2994	2710	2851	98
1.7751-1.8057	0.2989	119	0.2761	2717	2836	98
1.8057-1.8385	0.2922	150	0.2667	2682	2832	98
1.8385-1.8738	0.2726	119	0.2473	2720	2839	99
1.8738-1.9121	0.2853	122	0.2366	2709	2831	98
1.9121-1.9536	0.2137	139	0.2235	2726	2865	99
1.9536-1.999	0.2485	179	0.1994	2719	2898	99
1.999-2.0489	0.1981	136	0.1826	2735	2871	99
2.0489-2.1043	0.2376	139	0.1799	2752	2891	99
2.1043-2.1661	0.1874	146	0.1607	2750	2896	100
2.1661-2.2359	0.2035	164	0.1492	2730	2894	99
2.2359-2.3157	0.1784	159	0.1523	2761	2920	99
2.3157-2.4083	0.1728	140	0.1466	2767	2907	100
2.4083-2.5177	0.1515	144	0.1509	2784	2928	100
2.5177-2.6501	0.1728	147	0.1501	2752	2899	99
2.6501-2.8157	0.1714	153	0.1492	2793	2946	100
2.8157-3.0324	0.1679	153	0.1594	2804	2957	100
3.0324-3.3362	0.168	138	0.1551	2849	2987	100
3.3362-3.8159	0.1746	136	0.1374	2856	2992	100
3.8159-4.7961	0.1537	153	0.1295	2887	3040	100
4.7961-19.6569	0.1976	155	0.155	3043	3198	100

精密化 TLS

詳細: Portion of GSH ligand / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0175	1.9713	1.9786	2.0194	2.0096	2.0026	0.0135	-0.2126	-1.3647	-2.3373	0.2245	1.0336	1.2185	-1.4737	-0.1297	0.5125	-0.189	-0.159	0.5785	0.1922	0.4575	53.6207	38.4399	67.7933
2	7.3135	-4.7064	6.0856	4.8643	-3.6341	5.1077	1.3166	-1.0651	-0.3558	6.0096	-1.4329	-2.1891	0.4811	0.01	0.0092	0.5512	-0.0017	-0.0074	0.445	0.1407	0.3474	55.8928	41.8018	70.984
3	5.5559	5.4434	2.003	5.3327	1.973	1.9909	0.8427	1.2034	0.229	-0.1183	-0.7547	-0.1512	0.4513	-1.0352	-0.0713	0.2292	0.0146	-0.0339	0.4199	0.016	0.2884	59.2662	38.996	72.5812
4	4.3455	3.7389	3.745	3.2403	3.334	3.8773	0.3605	-0.0577	0.5795	0.2106	-0.1437	-0.2032	-0.4817	-0.3137	-0.1621	0.1904	0.0147	0.0204	0.1976	0.0566	0.219	63.2656	40.7523	69.8783
5	6.9154	8.2308	7.4304	9.7993	8.8457	7.986	0.6965	-0.6301	0.267	-0.7332	-0.328	0.5542	-0.3171	-1.9392	-0.6147	0.2429	0.0237	0.011	0.3045	0.1074	0.1744	58.7511	43.1752	68.623
6	6.1478	6.3387	1.9317	6.561	1.7183	3.2139	0.5319	-2.4274	0.3456	0.3227	-2.3	2.5532	0.8117	-3.0531	1.7571	0.1906	-0.0334	-0.0609	0.3936	-0.0748	0.3665	56.901	41.3136	64.6031
7	2.0089	1.9581	2.0264	2.0227	1.9575	2.0479	-1.1969	-0.2436	1.5289	0.4625	-0.0947	1.2693	-0.6219	-0.7278	1.3683	0.2752	-0.011	-0.0243	0.6438	0.2476	0.6637	59.6996	23.4558	80.6936
8	1.9999	2	-2.0807	2.001	-0.8269	1.2294	2.6106	4.2468	1.3614	-2.1946	-3.0748	-2.3021	0.9026	2.2043	0.4249	0.4573	0.2641	-0.0372	0.7257	0.249	0.1773	63.5957	22.6926	77.6172
9	1.7663	2.3112	1.2518	6.2223	4.9554	4.3299	0.6305	-0.7304	-0.1552	0.9234	-1.2812	0.3447	0.1072	-0.4706	0.6376	0.3176	-0.036	0.0857	0.3238	0.0742	0.3024	64.0532	27.0999	75.9532
10	2	2.0014	2.0023	1.9988	1.9991	5.2587	0.3837	0.4279	0.0585	-0.2283	-0.1949	-0.5175	0.0076	-0.0919	-0.21	0.1692	-0.0282	0.0158	0.2314	0.0456	0.2604	68.1264	28.5707	78.6746
11	5.8271	4.7334	-3.5123	5.7266	-0.8766	4.1889	0.0974	0.7957	-0.8606	2.0552	-0.228	0.0804	2.144	-0.5857	0.1484	0.3345	0.0113	-0.0393	0.2309	0.0286	0.2175	66.5996	23.7154	79.9559
12	5.7894	-1.0371	4.6226	0.2751	-1.2118	5.3427	-1.2197	0.7022	-3.8674	0.599	-0.0833	1.3138	1.0683	-1.5738	1.2727	0.3744	-0.1023	0.1042	0.2631	0.0158	0.2759	63.9258	23.745	83.9661

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 302) AND (NAME O2 OR NAME N3 OR NAME CA3 OR NAME C3 OR NAME O31 OR NAME O32)	B
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 301) AND (NAME CD1 OR NAME N2 OR NAME CA2 OR NAME CB2 OR NAME SG2 OR NAME C2)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 301) AND (NAME O2 OR NAME N3 OR NAME CA3 OR NAME C3 OR NAME O31 OR NAME O32)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 302) AND (NAME N1 OR NAME CA1 OR NAME C1 OR NAME O11 OR NAME O12 OR NAME CB1 OR NAME CG1 OR NAME O1)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 302) AND (NAME CD1 OR NAME N2 OR NAME CA2 OR NAME CB2 OR NAME SG2 OR NAME C2)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESSEQ 302) AND (NAME O2 OR NAME N3 OR NAME CA3 OR NAME C3 OR NAME O31 OR NAME O32)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 301) AND (NAME N1 OR NAME CA1 OR NAME C1 OR NAME O11 OR NAME O12 OR NAME CB1 OR NAME CG1 OR NAME O1)	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 301) AND (NAME CD1 OR NAME N2 OR NAME CA2 OR NAME CB2 OR NAME SG2 OR NAME C2)	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 301) AND (NAME O2 OR NAME N3 OR NAME CA3 OR NAME C3 OR NAME O31 OR NAME O32)	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 302) AND (NAME N1 OR NAME CA1 OR NAME C1 OR NAME O11 OR NAME O12 OR NAME CB1 OR NAME CG1 OR NAME O1)	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 302) AND (NAME CD1 OR NAME N2 OR NAME CA2 OR NAME CB2 OR NAME SG2 OR NAME C2)	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESSEQ 302) AND (NAME O2 OR NAME N3 OR NAME CA3 OR NAME C3 OR NAME O31 OR NAME O32)	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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