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- PDB-4l7s: Kinase domain mutant of human Itk in complex with an aminobenzoth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l7s
タイトルKinase domain mutant of human Itk in complex with an aminobenzothiazole inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / KINASE DOMAIN / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase ...NK T cell differentiation / gamma-delta T cell activation / Generation of second messenger molecules / cellular defense response / FCERI mediated Ca+2 mobilization / T cell activation / positive regulation of cytokine production / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / intracellular signal transduction / signal transduction / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. ...Tyrosine-protein kinase ITK, SH3 domain / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK, catalytic domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-G7K / Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Somers, D.O.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2013
タイトル: Identification of a Novel and Selective Series of Itk Inhibitors via a Template-Hopping Strategy.
著者: Alder, C.M. / Ambler, M. / Campbell, A.J. / Champigny, A.C. / Deakin, A.M. / Harling, J.D. / Harris, C.A. / Longstaff, T. / Lynn, S. / Maxwell, A.C. / Mooney, C.J. / Scullion, C. / Singh, O.M. ...著者: Alder, C.M. / Ambler, M. / Campbell, A.J. / Champigny, A.C. / Deakin, A.M. / Harling, J.D. / Harris, C.A. / Longstaff, T. / Lynn, S. / Maxwell, A.C. / Mooney, C.J. / Scullion, C. / Singh, O.M. / Smith, I.E. / Somers, D.O. / Tame, C.J. / Wayne, G. / Wilson, C. / Woolven, J.M.
履歴
登録2013年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5585
ポリマ－60,4292
非ポリマー1,1293
水7,296405
1
A: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7312
ポリマ－30,2141
非ポリマー5171
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase ITK/TSK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8273
ポリマ－30,2141
非ポリマー6132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.857, 69.523, 68.617
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.180, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-902-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase ITK/TSK / Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific ...Interleukin-2-inducible T-cell kinase / IL-2-inducible T-cell kinase / Kinase EMT / T-cell-specific kinase / Tyrosine-protein kinase Lyk


分子量: 30214.492 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN (UNP residues 357-620) / 変異: Y512E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITK, EMT, LYK
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08881, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-G7K / trans-4-({4-[difluoro(4-fluorophenyl)methyl]-6-[(5-methoxy[1,3]thiazolo[5,4-b]pyridin-2-yl)amino]pyrimidin-2-yl}amino)cyclohexanol


分子量: 516.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23F3N6O2S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.85M ammonium sulphate, 0.2M magnesium acetate, 0.1M sodium citrate, 10mM dithiothreitol (See citation for full details), pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→69.843 Å / Num. all: 42515 / Num. obs: 42515 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rsym value: 0.149 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.03-2.143.60.4941.42249961730.494100
2.14-2.273.60.3392.12122758450.339100
2.27-2.433.60.2532.71998155050.253100
2.43-2.623.60.1993.31870251620.199100
2.62-2.873.60.1693.51694147060.169100
2.87-3.213.60.1493.71530942690.149100
3.21-3.713.50.134.11321037790.1399.9
3.71-4.543.20.1174.61040532160.117100
4.54-6.423.60.1194.4903925060.119100
6.42-69.8433.20.1184.3435813540.11896.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.21データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
REFMAC5.5.0038位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.03→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2253 / WRfactor Rwork: 0.1758 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8643 / SU B: 8.103 / SU ML: 0.119 / SU R Cruickshank DPI: 0.1572 / SU Rfree: 0.1517 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 2146 5 %RANDOM
Rwork0.1717 ---
obs0.1742 42514 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.87 Å2 / Biso mean: 45.699 Å2 / Biso min: 7.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20.63 Å2
2--1.48 Å2-0 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3916 0 77 405 4398
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194134
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023843
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.9555606
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8238850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7595506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.51323.743179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.53515693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.691524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8622.5692018
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8582.5672017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8924.3062523
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.082 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 135 -
Rwork0.25 2960 -
all-3095 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8728-2.2326-1.28677.05394.67854.70110.15740.53040.779-0.8548-0.1541-0.0546-1.0371-0.2071-0.00340.24780.0362-0.02060.12430.17370.270320.1618.91717.523
26.34511.7520.09873.33370.46843.9942-0.06490.23410.23630.0351-0.1564-0.3026-0.12630.27940.22130.0451-0.01360.00270.05050.06080.087244.0110.20815.258
35.3094-4.40161.28586.8013-2.50272.1850.1180.6889-0.7303-0.4394-0.26430.17270.7469-0.38840.14630.2993-0.20960.08880.2608-0.17990.172924.76-20.44217.22
46.2534-0.45990.32771.8648-1.47546.70420.07-0.1216-0.3853-0.05230.12020.24250.3202-1.0208-0.19010.0231-0.0525-0.01810.16470.02470.08112.193-10.9424.89
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A355 - 437
2X-RAY DIFFRACTION2A438 - 620
3X-RAY DIFFRACTION3B355 - 437
4X-RAY DIFFRACTION4B438 - 620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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