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- PDB-4l6r: Structure of the class B human glucagon G protein coupled receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l6r
タイトルStructure of the class B human glucagon G protein coupled receptor
要素Soluble cytochrome b562 and Glucagon receptor chimera
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Human glucagon receptor / diabetes / GPCR network / PSI-Biology / novel protein engineering / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / GPCR / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / response to starvation / exocytosis / peptide hormone binding / hormone-mediated signaling pathway / response to nutrient / cellular response to glucagon stimulus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation ...regulation of glycogen metabolic process / glucagon receptor activity / response to starvation / exocytosis / peptide hormone binding / hormone-mediated signaling pathway / response to nutrient / cellular response to glucagon stimulus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cellular response to starvation / generation of precursor metabolites and energy / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / Glucagon-type ligand receptors / glucose homeostasis / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / endosome / iron ion binding / heme binding / positive regulation of gene expression / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, glucagon receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily ...GPCR, family 2, glucagon receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Soluble cytochrome b562 / Glucagon receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Siu, F.Y. / He, M. / de Graaf, C. / Han, G.W. / Yang, D. / Zhang, Z. / Zhou, C. / Xu, Q. / Wacker, D. / Joseph, J.S. ...Siu, F.Y. / He, M. / de Graaf, C. / Han, G.W. / Yang, D. / Zhang, Z. / Zhou, C. / Xu, Q. / Wacker, D. / Joseph, J.S. / Liu, W. / Lau, J. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Wang, M.W. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structure of the human glucagon class B G-protein-coupled receptor.
著者: Siu, F.Y. / He, M. / de Graaf, C. / Han, G.W. / Yang, D. / Zhang, Z. / Zhou, C. / Xu, Q. / Wacker, D. / Joseph, J.S. / Liu, W. / Lau, J. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Wang, M.W. / Stevens, R.C.
履歴
登録2013年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562 and Glucagon receptor chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2572
ポリマ－48,1511
非ポリマー1061
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.615, 66.651, 163.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 and Glucagon receptor chimera / Cytochrome b-562 / GL-R


分子量: 48150.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-128 and 123-434 / 変異: M7W, H102I, R106L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, GCGR_Human, GCGR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: P47871
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
Has protein modificationY
配列の詳細GLY430-PRO432 ARE CLONING-SITE RESIDUES AND LEU433-GLN438 ARE PRECISION CLEAVAGE-SITE RESIDUES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 14

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.56 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6
詳細: 100 mM MES pH 6.0, 140-200 mM NaK tartrate tetrahydrate, 9-17% (v/v) PEG 400, 0.35-0.55% (v/v) Jeffamine M-600 pH 7.0, 200 uM NNC0640, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 9067 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 110.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0105 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 90.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2Z73

2z73


解像度: 3.3→33.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8834 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. THE DIFFRACTION DATA ARE ANISOTROPIC. THE RESOLUTION LIMITS OF A*, B*, AND C* AXES ARE 3.3, 3.4 AND 3.3A, RESPECTIVELY. DIFFRAC DATA WERE INCLUDED IN REFINEMENT TO 3.3A IN THE A* AND C* ...詳細: 1. THE DIFFRACTION DATA ARE ANISOTROPIC. THE RESOLUTION LIMITS OF A*, B*, AND C* AXES ARE 3.3, 3.4 AND 3.3A, RESPECTIVELY. DIFFRAC DATA WERE INCLUDED IN REFINEMENT TO 3.3A IN THE A* AND C* DIRECTIONS, WITH AN OVERALL EFFECTIVE AND REPORTED RESOLUTION OF 3.4A. 2. THE DENSITIES AT THE BOTTOM OF HELIX VI AND VII NEAR LYS349 WERE MODELLED AS A PEG-400 FRAGMENT (PEG) MOLECULE FROM THE CRYSTALLIZATION CONDITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3385 430 4.79 %RANDOM
Rwork0.2835 ---
obs0.2862 8981 91.59 %-
原子変位パラメータBiso mean: 126.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1296 Å20 Å20 Å2
2--21.5553 Å20 Å2
3----20.4256 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.234 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→33.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3049 0 7 0 3056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.044228HARMONIC2.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1432SINUSOIDAL15
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes65HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes459HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3118HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion1.81
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion403SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3725SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.69 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3136 118 5.11 %
Rwork0.2812 2190 -
all0.283 2308 -
obs-2190 91.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.63092.34383.42996.08510.679914.87710.1704-0.1676-0.540.7744-0.1591-0.9671-0.00460.2207-0.01120.1043-0.2881-0.16360.0470.1298-0.539516.41764.5252-2.0054
20.94660.61681.80621.27892.0355.40020.34330.0555-0.26350.10790.3087-0.299-0.36081.0885-0.652-0.379-0.20480.05270.6079-0.1883-0.607916.1524-11.4685-44.8801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1001 - A|1106 }A1001 - 1106
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|123 - A|429 }A123 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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