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- PDB-4l6p: Structure of C22Y Mutant PCNA protein defective in DNA mismatch repair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l6p
タイトルStructure of C22Y Mutant PCNA protein defective in DNA mismatch repair
要素Proliferating cell nuclear antigen
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA mismatch repair / DNA replication / translesion synthesis / Ubiquitylation / SUMOylation / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of DNA metabolic process / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 ...positive regulation of DNA metabolic process / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / meiotic mismatch repair / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMOylation of DNA replication proteins / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Translesion Synthesis by POLH / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Termination of translesion DNA synthesis / PCNA complex / lagging strand elongation / postreplication repair / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / Dual incision in TC-NER / translesion synthesis / subtelomeric heterochromatin formation / mismatch repair / positive regulation of DNA repair / positive regulation of DNA replication / replication fork / nucleotide-excision repair / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / DNA binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain ...Box / Proliferating Cell Nuclear Antigen / Proliferating Cell Nuclear Antigen - #10 / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proliferating cell nuclear antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Washington, T. / Boehm, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Distinct structural alterations in proliferating cell nuclear antigen block DNA mismatch repair.
著者: Dieckman, L.M. / Boehm, E.M. / Hingorani, M.M. / Washington, M.T.
履歴
登録2013年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 1.22015年5月27日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proliferating cell nuclear antigen
B: Proliferating cell nuclear antigen
C: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6835
ポリマ－89,4993
非ポリマー1842
水1,31573
1
A: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8331
ポリマ－29,8331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Proliferating cell nuclear antigen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8331
ポリマ－29,8331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0173
ポリマ－29,8331
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.941, 90.619, 140.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 29832.959 Da / 分子数: 3 / 変異: C22Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL30, YBR0811, YBR088C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15873
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M AmSO4, 0.2M Lithium Sulfate Monohydrate, 0.1M Sodium Cacodylate Trihydrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Osmic Blue
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→20.914 Å / Num. obs: 31494 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.68→2.78 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PLQ

1plq


解像度: 2.68→20.914 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2796 1589 5.05 %
Rwork0.2099 --
obs0.2134 31435 99.94 %
all-31435 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→20.914 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5967 0 12 73 6052
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.338187
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2052265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055965
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.68-2.76640.38651470.32042664X-RAY DIFFRACTION100
2.7664-2.8650.37741320.29362689X-RAY DIFFRACTION100
2.865-2.97940.34831410.28022678X-RAY DIFFRACTION100
2.9794-3.11460.3331590.27012659X-RAY DIFFRACTION100
3.1146-3.27820.41041450.27432681X-RAY DIFFRACTION100
3.2782-3.48270.3511390.2662708X-RAY DIFFRACTION100
3.4827-3.75020.3161430.23092700X-RAY DIFFRACTION100
3.7502-4.1250.28741410.2052704X-RAY DIFFRACTION100
4.125-4.71590.19551350.14872740X-RAY DIFFRACTION100
4.7159-5.91910.21591710.16982729X-RAY DIFFRACTION100
5.9191-20.91490.25241360.18712894X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.8173 Å / Origin y: -6.8069 Å / Origin z: 20.1368 Å
111213212223313233
T0.3064 Å2-0.0339 Å2-0.0243 Å2-0.2814 Å20.0236 Å2--0.2561 Å2
L1.2224 °2-0.2 °20.2269 °2-0.2955 °20.1085 °2--0.3016 °2
S-0.02 Å °-0.1064 Å °-0.1126 Å °-0.035 Å °0.0196 Å °0.0075 Å °0.014 Å °-0.0431 Å °-0.0018 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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