PDB-4l5y: Methylthioadenosine phosphorylase from Schistosoma mansoni in APO form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l5y

タイトル

Methylthioadenosine phosphorylase from Schistosoma mansoni in APO form

要素

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / phosphorylase / Nucleoside phosphorylase / Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.0957 Å

データ登録者

Torini, J.R. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M.

引用

ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway.
著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D.

履歴

登録	2013年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月8日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2016年12月21日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb4l5y.ent.gz	542.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/4l5y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/4l5y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l5aC 4l5cC 4l6iC 5f73C 5f76C 5f77C 5f78C 5f7jC 5f7oC 5f7xC 5f7zC 5fakC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4l6i-2 5fak-2 4l6i-1 4l5a-1 5f7z-2 5fak-1 5f7o-d 5f7z-1 5f7j-2 5f77-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

B: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

C: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

D: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

E: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

F: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

212 kDa, 6 ポリマー
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1

A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

B: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

C: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 3 ポリマー
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2

D: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

E: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

F: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.626, 82.400, 150.286
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.600, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase 分子量: 35259.480 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 株: BH / 遺伝子: SmMTAP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 772 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

LNLS

/ ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日 / 詳細: DCM

放射

モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.459 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.0957→20 Å / Num. all: 113400 / Num. obs: 111617 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 35.353 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 10.16

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.0957-2.22	0.626	2.35	67754	17346	1	95.9
2.22-2.37	0.431	3.37	67607	16639	1	98.2
2.37-2.56	0.311	4.56	65149	15666	1	98.6
2.56-2.8	0.2	6.71	60271	14435	1	99
2.8-3.12	0.13	9.66	55280	13201	1	99.3
3.12-3.59	0.08	15.22	49048	11712	1	99.6
3.59-4.36	0.053	22.95	41558	9968	1	99.6
4.36-6.03	0.045	25.84	32804	7880	1	99.8
6.03-20	0.04	27.32	19651	4770	1	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.0957→19.933 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8368 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2266	5581	5 %	Random
R_work	0.1837	-	-	-
all	0.1858	113400	-	-
obs	0.1858	111591	98.56 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.85 Å² / B_iso mean: 34.2194 Å² / B_iso min: 12.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.0957→19.933 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12650	0	30	772	13452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	12921
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	17557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	2052
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2263
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.302	4599

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0957-2.1195	0.303	165	0.2663	3143	3308	88
2.1195-2.1444	0.3188	182	0.2601	3461	3643	98
2.1444-2.1706	0.2868	186	0.2496	3523	3709	98
2.1706-2.198	0.2972	181	0.2362	3440	3621	98
2.198-2.2269	0.25	186	0.2233	3542	3728	98
2.2269-2.2574	0.2672	184	0.2322	3497	3681	98
2.2574-2.2896	0.3104	185	0.2286	3519	3704	98
2.2896-2.3237	0.2567	184	0.2188	3495	3679	98
2.3237-2.3599	0.2604	185	0.2131	3512	3697	98
2.3599-2.3986	0.2723	184	0.2173	3498	3682	98
2.3986-2.4399	0.2914	185	0.219	3511	3696	99
2.4399-2.4841	0.2617	186	0.2081	3536	3722	99
2.4841-2.5318	0.243	185	0.1965	3511	3696	99
2.5318-2.5834	0.2397	187	0.1979	3542	3729	99
2.5834-2.6395	0.2848	186	0.2017	3550	3736	99
2.6395-2.7007	0.248	186	0.2008	3522	3708	99
2.7007-2.7681	0.2424	186	0.1913	3536	3722	99
2.7681-2.8427	0.2779	188	0.1891	3574	3762	99
2.8427-2.9261	0.2313	187	0.1967	3558	3745	99
2.9261-3.0203	0.2662	188	0.193	3560	3748	99
3.0203-3.1278	0.2314	187	0.1979	3553	3740	99
3.1278-3.2525	0.2425	188	0.1932	3570	3758	100
3.2525-3.3999	0.2221	188	0.1858	3587	3775	100
3.3999-3.5781	0.2109	188	0.1781	3569	3757	99
3.5781-3.8009	0.2109	189	0.1627	3578	3767	99
3.8009-4.092	0.1822	189	0.1532	3602	3791	100
4.092-4.4995	0.1786	190	0.138	3602	3792	100
4.4995-5.1408	0.1556	190	0.1337	3610	3800	100
5.1408-6.4404	0.1787	190	0.167	3623	3813	100
6.4404-19.934	0.2016	196	0.1609	3686	3882	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9434	-0.9636	-1.2043	2.5097	1.9633	1.7692	0.4068	0.8975	0.1214	-0.6159	-0.3865	-0.4997	0.014	0.4484	-0.0227	0.3281	0.1089	0.0986	0.4137	0.0395	0.4593	41.5536	-21.9816	-0.3544
2	1.6994	0.2007	-0.2511	1.3733	-0.1031	1.5595	0.0221	-0.0267	-0.0877	-0.012	-0.0976	-0.2357	-0.0274	0.1315	0.062	0.1389	-0.014	-0.0016	0.1363	0.008	0.2205	33.5536	-14.3241	11.4992
3	7.0923	-1.7168	2.2958	4.3264	-1.4125	5.0885	-0.1746	1.0941	0.3831	-0.3313	-0.2681	-0.4532	-0.4434	0.4463	0.3774	0.2866	-0.0807	0.0502	0.3263	0.0016	0.3154	41.8271	-8.2762	0.3135
4	7.0225	2.5642	-2.1814	2.8514	-0.9997	3.0777	-0.166	-0.6839	-0.6271	0.3541	-0.1359	-0.6327	0.3439	0.6035	0.2945	0.3551	0.0749	-0.0954	0.383	0.1448	0.4707	42.4665	-27.0705	24.3945
5	0.5498	0.5424	-1.3573	3.2033	-1.1805	3.3594	-0.2105	-0.2378	-0.7962	0.1741	-0.2552	-0.1306	0.521	0.2077	0.4555	0.3783	-0.062	0.0653	0.3108	0.0736	0.3674	11.3912	-35.5321	43.8968
6	1.6261	0.1346	-1.1089	1.0984	-0.3797	2.452	-0.0679	-0.0779	-0.3454	0.0522	-0.1175	0.0578	0.3402	-0.1786	0.1837	0.2713	-0.0735	0.0241	0.1922	0.008	0.2457	10.2933	-32.9078	35.7107
7	1.8727	-0.185	-0.6156	1.388	-0.6617	2.2614	0.1419	-0.1286	-0.0061	0.3022	-0.2241	0.1189	-0.1519	-0.0564	0.0423	0.2583	-0.065	0.0308	0.1867	-0.0153	0.1855	10.0334	-17.7644	35.7291
8	6.5981	-2.4447	1.2785	8.9714	-3.0356	7.3295	0.2004	-0.6017	0.8174	0.5753	-0.2076	-0.1986	-1.3401	0.1629	0.0691	0.6408	-0.1884	0.0754	0.4474	-0.077	0.3908	17.5095	-7.8175	51.6977
9	1.4572	-0.3807	-0.3011	0.8631	-0.5103	2.2305	0.2129	-0.2773	0.1963	0.2216	-0.1544	-0.1587	-0.3723	0.1523	-0.0554	0.2646	-0.0926	-0.0084	0.223	0.006	0.2062	22.2313	-12.5243	34.5985
10	1.6154	-0.3027	1.1542	2.4671	0.2357	3.0164	-0.1119	0.075	-0.0222	0.008	-0.0141	-0.1858	-0.0481	0.2143	0.128	0.2413	-0.0548	0.0254	0.2809	0.0283	0.2077	13.1127	-21.2008	36.705
11	5.5122	-0.3484	-1.6032	1.9958	-0.1113	2.9596	0.0812	-0.7755	-0.2475	0.361	-0.2425	-0.2964	0.0082	0.7759	0.1896	0.3929	-0.1187	-0.0616	0.4581	0.1379	0.2709	22.0902	-25.6037	48.4078
12	1.6037	-0.0612	0.1306	1.5216	-1.0582	6.942	0.1367	0.0491	-0.0539	0.1223	-0.0122	0.3619	0.085	-1.189	-0.1601	0.3048	-0.0764	0.1089	0.5046	-0.0625	0.4587	-6.4426	-21.0007	37.5153
13	1.4881	-0.5542	2.0429	0.8619	-0.4177	2.9857	0.2802	0.4194	-0.229	-0.2419	-0.1403	0.325	0.3041	-1.1826	-0.1254	0.311	0.1249	-0.0597	0.8266	-0.1217	0.3678	-11.0638	-9.4636	2.5848
14	0.7693	0.0069	-0.187	0.8422	0.2628	0.1293	0.0504	0.5391	-0.1498	-0.3743	-0.2246	0.4056	-0.1882	-0.4942	-0.0126	0.2695	0.0529	-0.1672	0.8018	-0.2463	0.3102	-7.948	-15.6383	-1.9535
15	1.1889	-0.4106	-0.4767	1.9701	-0.0183	2.4297	0.1283	0.4363	-0.2436	-0.113	-0.161	0.1427	-0.0153	-0.4568	0.0299	0.2024	0.0279	-0.0376	0.4209	-0.1026	0.2795	-1.4245	-14.2388	5.5535
16	2.459	-0.6807	-1.3801	1.5335	0.6887	2.1883	0.148	0.2006	-0.0594	-0.0229	-0.1358	-0.1008	-0.1226	-0.3248	-0.0147	0.1773	0.0572	-0.0485	0.2334	-0.0089	0.1813	8.8047	-7.9194	9.3179
17	1.0434	-0.2633	-0.2679	1.4623	-0.0881	0.9285	0.0969	0.1616	0.14	0.0289	-0.1676	0.0285	-0.3367	-0.3108	0.0466	0.2801	0.1029	-0.0169	0.3084	-0.0167	0.1988	1.8542	2.4123	16.1301
18	4.0353	-1.3011	-2.5183	3.0007	2.2011	2.3218	-0.1054	0.0909	0.0307	0.1503	-0.1062	0.2494	-0.1054	-0.2876	0.2303	0.1941	0.0954	-0.0329	0.3165	-0.033	0.2084	1.6332	-6.012	9.1401
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25	6.9566	-1.0126	-2.7443	1.5645	0.2125	3.5703	-0.2523	0.6345	-0.8501	-0.3674	0.1543	0.5507	0.3271	-0.7227	0.0894	0.3183	-0.1183	-0.0855	0.4954	-0.081	0.5014	20.4492	-63.1459	50.5013
26	6.7554	2.224	-2.405	2	-0.3177	0.8803	-0.1289	0.951	-0.8354	-1.0948	-0.0438	0.3737	0.826	-0.4785	0.1453	1.1374	-0.094	-0.2934	0.565	-0.2393	0.9102	34.5667	-72.2978	43.1965
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34	1.5639	0.3612	-0.8059	1.0957	0.1685	2.3031	0.0916	0.1449	0.1036	-0.0454	-0.126	0.0557	-0.2425	-0.2298	0.0456	0.2857	0.0883	0.0249	0.25	-0.005	0.2322	44.7107	-53.0561	45.1174
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41	2.3138	0.093	-0.8641	1.7884	-0.078	2.1184	-0.0101	-0.0784	-0.0981	-0.0642	0.0259	0.2173	-0.0341	-0.0022	-0.0335	0.2445	-0.0001	0.0282	0.1332	-0.0095	0.2459	57.6536	-48.1895	65.8252
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43	3.4705	-3.3205	2.1602	4.5905	-0.2294	3.7304	0.0442	0.2421	0.743	-0.1197	-0.2128	-0.2777	-0.5313	-0.0016	0.1185	0.4524	-0.0866	0.0928	0.3115	-0.0047	0.3693	68.9932	-27.1765	61.1379
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48	3.0027	-1.0821	-2.8745	2.1356	1.5831	2.9347	-0.0752	0.0285	-0.0765	-0.2115	0.0643	-0.2457	-0.0886	0.3671	-0.0247	0.3352	-0.1448	0.0375	0.2795	-0.0041	0.2904	79.822	-42.6198	62.0807
49	7.1177	2.8693	1.1884	3.9668	0.9891	2.287	-0.0241	-0.4341	-0.2045	0.5583	0.07	0.1948	0.0574	-0.1767	-0.0495	0.5369	0.0272	0.1355	0.2452	0.0322	0.2674	56.5562	-44.4996	83.8298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 26 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 230 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 242 through 270 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 271 through 291 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 26 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 90 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 91 through 153 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 154 through 164 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 165 through 210 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 211 through 232 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 241 through 269 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 270 through 291 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 3 through 23 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 24 through 53 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 54 through 89 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 90 through 139 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 140 through 210 )	C
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 211 through 232 )	C
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 242 through 269 )	C
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 270 through 292 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 3 through 38 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 39 through 220 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 221 through 235 )	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 245 through 270 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 271 through 287 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 288 through 292 )	D
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 3 through 23 )	E
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 24 through 38 )	E
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 39 through 89 )	E
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 90 through 120 )	E
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 121 through 139 )	E
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 140 through 152 )	E
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 153 through 177 )	E
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 178 through 210 )	E
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 211 through 234 )	E
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 240 through 269 )	E
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 270 through 290 )	E
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 3 through 38 )	F
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 39 through 53 )	F
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 54 through 90 )	F
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 91 through 139 )	F
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 140 through 153 )	F
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 154 through 164 )	F
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 165 through 182 )	F
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 183 through 198 )	F
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 199 through 210 )	F
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 211 through 232 )	F
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 241 through 269 )	F
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 270 through 291 )	F

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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