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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l5c | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タイトル | Methylthioadenosine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with adenine in space group P212121 | ||||||
要素 | S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / phsophorylase / Nucleoside phosphorylase / Enzyme | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
| 生物種 | ![]() | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.075 Å | ||||||
データ登録者 | Torini, J.R. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2016タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway. 著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 4l5c.cif.gz | 691.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb4l5c.ent.gz | 572.4 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 4l5c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| 文書・要旨 | 4l5c_validation.pdf.gz | 511.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
|---|---|---|---|---|
| 文書・詳細版 | 4l5c_full_validation.pdf.gz | 520.5 KB | 表示 | |
| XML形式データ | 4l5c_validation.xml.gz | 73.4 KB | 表示 | |
| CIF形式データ | 4l5c_validation.cif.gz | 104.2 KB | 表示 | |
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/4l5c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/4l5c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
| 関連構造データ | ![]() 4l5aC ![]() 4l5yC ![]() 4l6iC ![]() 5f73C ![]() 5f76C ![]() 5f77C ![]() 5f78C ![]() 5f7jC ![]() 5f7oC ![]() 5f7xC ![]() 5f7zC ![]() 5fakC ![]() 4ljiS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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| 類似構造データ |
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 単位格子 |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 35259.480 Da / 分子数: 6 / 断片: SmMTAP / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: BH / 遺伝子: SmMTAP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() 参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase #2: 化合物 | ChemComp-ADE / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 % |
|---|---|
| 結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日 / 詳細: DCM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 | 解像度: 2.075→59.219 Å / Num. all: 122620 / Num. obs: 122620 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 9.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
| 位相決定 | 手法: 分子置換 |
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解析
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB ENTRY 4LJI 解像度: 2.075→59.219 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.786 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
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| 溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso max: 130.83 Å2 / Biso mean: 26.6766 Å2 / Biso min: 7.64 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.075→59.219 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ |
|
ムービー
コントローラー
万見について





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