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- PDB-4l5c: Methylthioadenosine phosphorylase from Schistosoma mansoni in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l5c
タイトルMethylthioadenosine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with adenine in space group P212121
要素S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE / phsophorylase / Nucleoside phosphorylase / Enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENINE / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.075 Å
データ登録者Torini, J.R. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / : 2016
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway.
著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D.
履歴
登録2013年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
B: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
C: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
D: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
E: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
F: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)212,92018
ポリマ-211,5576
非ポリマー1,36312
23,2391290
1
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
B: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
C: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4609
ポリマ-105,7783
非ポリマー6826
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area30780 Å2
手法PISA
2
D: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
E: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
F: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,4609
ポリマ-105,7783
非ポリマー6826
543
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9370 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area30590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.580, 135.710, 145.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase


分子量: 35259.480 Da / 分子数: 6 / 断片: SmMTAP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
: BH / 遺伝子: SmMTAP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C5H5N5
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1290 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日 / 詳細: DCM
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.075→59.219 Å / Num. all: 122620 / Num. obs: 122620 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.075-2.137.30.6951.16593489870.69599.6
2.13-2.197.30.6141.26368686900.61499.8
2.19-2.257.30.491.56218585070.4999.7
2.25-2.327.30.4091.86030782670.40999.7
2.32-2.47.30.3332.25844380390.33399.8
2.4-2.487.30.2852.65646777500.28599.9
2.48-2.577.30.2435471175320.24100
2.57-2.687.30.1943.75224572010.19499.9
2.68-2.87.20.1634.35048869930.163100
2.8-2.937.20.13754793166420.13799.9
2.93-3.097.20.1175.74521263040.117100
3.09-3.287.10.16.54290160160.199.9
3.28-3.517.10.0857.13979056360.085100
3.51-3.7970.0767.53696653160.07699.9
3.79-4.156.90.06883353848580.068100
4.15-4.646.90.0638.53042944240.06399.9
4.64-5.366.80.0628.62671339320.06299.9
5.36-6.5670.05810.22365833560.058100
6.56-9.287.10.04911.71874426420.04999.9
9.28-59.2196.60.04113.41001615280.04199.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4LJI
解像度: 2.075→59.219 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.786 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2218 6153 5.02 %Random
Rwork0.1911 ---
all0.1926 122620 --
obs0.1926 122450 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.83 Å2 / Biso mean: 26.6766 Å2 / Biso min: 7.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.075→59.219 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13260 0 96 1290 14646
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.68318462
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.6744932
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.075-2.09860.29442150.254538494064100
2.0986-2.12330.32072070.25137693976100
2.1233-2.14920.28942120.251938664078100
2.1492-2.17640.28912190.245138024021100
2.1764-2.2050.28992100.237938154025100
2.205-2.23520.25591920.214438564048100
2.2352-2.26720.25891800.212538704050100
2.2672-2.3010.24462230.209738274050100
2.301-2.3370.25861970.219238384035100
2.337-2.37530.26232220.218438054027100
2.3753-2.41620.26312170.20838294046100
2.4162-2.46020.26281990.213738664065100
2.4602-2.50750.25221890.208238604049100
2.5075-2.55870.24872020.20638564058100
2.5587-2.61430.24842020.212738974099100
2.6143-2.67510.24051900.207138304020100
2.6751-2.7420.23051850.1938714056100
2.742-2.81620.25271980.199938714069100
2.8162-2.8990.24452370.198338654102100
2.899-2.99260.22391870.201938764063100
2.9926-3.09960.22342060.20238984104100
3.0996-3.22370.23182010.197738914092100
3.2237-3.37040.22911740.189939074081100
3.3704-3.5480.20712030.189339344137100
3.548-3.77030.20062110.173639004111100
3.7703-4.06130.19872030.16539114114100
4.0613-4.46990.1782090.144639364145100
4.4699-5.11640.14632320.145339214153100
5.1164-6.44490.19912160.171239964212100
6.4449-59.24320.17792150.17844085430098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73380.0360.04160.6769-0.15560.4813-0.07080.0828-0.09770.0458-0.00230.25560.0723-0.16110.06890.1284-0.01570.01680.1465-0.00910.2094-12.92334.6359-36.9632
20.57510.49520.10280.84840.1620.6697-0.01590.0171-0.03220.11980.0418-0.07710.09930.0875-0.02950.11790.0245-0.00840.10990.0070.10156.167135.3711-33.7744
30.78420.19980.43521.6138-0.0910.4462-0.13660.0049-0.08760.00120.0832-0.0950.16970.14460.00970.113-0.008-0.02170.0689-0.01260.11694.709435.4658-39.2919
40.50630.28590.01141.25820.08230.30680.0101-0.0669-0.0840.1801-0.00360.16050.1742-0.02510.030.14650.0090.01890.13810.0230.1515-4.771330.2363-30.527
50.83560.3593-0.29580.1927-0.07411.4956-0.22520.25750.392-0.34550.06580.2107-0.43360.0178-0.13080.3631-0.0985-0.09470.22380.09930.1936.697867.7455-65.0859
60.6579-0.005-0.02570.36960.35630.8412-0.17520.13340.1806-0.17040.06820.1148-0.1269-0.01290.04010.1808-0.0421-0.07370.15390.04720.13576.358363.4329-56.1617
71.00830.51970.08931.21990.14470.6235-0.11080.0816-0.0173-0.14150.08020.003-0.07860.0380.00320.13670.00080.00420.13440.00740.074910.694753.0163-50.2712
80.53340.2144-0.08720.4682-0.05410.5962-0.10370.08020.0561-0.16370.0911-0.12270.08930.08530.01820.1595-0.01930.02190.1812-0.00160.110424.60756.8644-51.0448
90.7677-0.2976-0.32230.9425-0.37210.6777-0.03960.0178-0.0371-0.0770.1084-0.2008-0.08240.10960.01220.1025-0.03660.02490.12180.02450.086218.499860.6396-49.0121
100.4077-0.247-0.22680.1737-0.11310.9478-0.16650.24460.1899-0.36210.13930.0351-0.12210.0816-0.03340.2674-0.09670.00440.2380.05040.036414.57357.8033-62.0173
110.3664-0.1910.48062.2230.21381.1298-0.019-0.23440.08780.53010.05450.29590.0936-0.32060.02520.37670.0404-0.03580.2357-0.07680.27543.042272.5248-11.3938
120.6185-0.1329-1.30270.35860.47172.8718-0.06450.00040.10030.03570.08620.2033-0.0778-0.41350.03870.12520.0468-0.01640.1734-0.01580.1775-6.149175.0314-22.7861
130.4742-0.06110.09740.87210.14480.1951-0.0523-0.17240.0970.21170.06410.0942-0.0919-0.06740.02890.18540.01750.01440.1413-0.03550.14182.225970.8772-19.3597
140.6654-0.02190.09641.3233-0.48421.14150.0063-0.00540.0506-0.01950.01810.05530.05180.084-0.02340.10840.0034-0.0230.1268-0.03080.095811.356263.6704-28.86
150.39320.2472-0.05790.68930.33390.690.013-0.04570.05450.20390.0946-0.20350.06690.2174-0.04390.15360.0241-0.07360.1881-0.04720.155818.48857.756-17.6654
161.0362-0.0514-0.04620.34040.46390.71880.0324-0.1414-0.01330.1605-0.0812-0.21010.1470.0573-0.01970.1489-0.0091-0.01970.1199-0.02340.079411.339857.6105-19.7314
170.6807-0.05340.3180.80020.47130.7127-0.0197-0.16430.16860.16360.01130.0177-0.1440.13740.00870.1846-0.0066-0.01940.1608-0.07020.183912.35471.5539-18.6425
180.85210.0346-0.04950.65330.20550.3812-0.10410.04970.1459-0.01340.067-0.2842-0.09590.11340.03080.1297-0.0096-0.00470.17110.00490.280564.104835.6351-36.9257
190.5680.6658-0.16970.9908-0.17160.68690.01670.01920.11740.22120.10530.1539-0.0612-0.0449-0.06210.16850.03480.04540.13980.00080.225446.431536.8833-31.2262
200.86210.3785-0.22531.4555-0.0030.4818-0.03760.0820.12750.10540.09410.0906-0.0270.0344-0.06080.12930.02420.020.11810.00480.209749.242535.5375-35.7576
211.0282-0.37620.03110.4416-0.19880.5688-0.0949-0.37770.05030.5983-0.0554-0.2659-0.23790.22460.0390.48260.01830.01350.3290.14360.368948.873-3.8377-12.2573
220.338-0.19020.29070.29440.03881.367-0.0351-0.1726-0.25350.23350.0094-0.02080.12930.11360.00850.23940.06050.02820.23090.08540.238952.4241-6.2253-17.9898
233.68911.20610.00692.52231.55231.1272-0.1485-0.41350.17640.64240.194-0.3840.0176-0.0599-0.07820.31680.064-0.02040.21010.00850.261354.6298.4264-21.0641
240.82780.3539-0.04810.6480.17140.81580.102-0.1423-0.12540.1411-0.05680.0264-0.062-0.0986-0.03370.19420.01790.0520.16810.0430.17941.73245.5595-23.8857
250.5023-0.2901-0.28740.730.1511.80060.0266-0.005-0.23470.068-0.0980.0299-0.0743-0.1753-0.05880.1558-0.01110.0510.16690.03240.260936.778-1.2339-26.5226
261.32621.2056-0.2691.65250.19612.2436-0.1112-0.22580.22310.34850.07990.6231-0.1917-0.5956-0.13390.40080.0250.21380.37780.00890.335825.40410.8958-10.1961
270.3750.21330.12620.5264-0.02710.32590.0454-0.02480.05280.11790.01420.0881-0.0534-0.0069-0.06950.18220.03080.07090.16310.01790.199939.920613.1259-24.8626
284.2798-1.7071-0.1041.7946-1.4491.99490.0201-0.32510.51870.5005-0.03890.0513-0.46360.05850.00150.43880.00560.10160.23-0.0760.225839.831925.3104-14.54
290.6189-0.0815-0.33180.6553-0.37150.65330.0304-0.1973-0.24050.2467-0.0012-0.0690.0504-0.16130.01490.2768-0.01720.02650.2390.09670.225638.8519-1.6716-18.8834
300.79070.4310.64170.38450.0371.3726-0.1680.5684-0.4923-0.2740.1272-0.22040.5292-0.180.64870.3608-0.17680.19630.6279-0.34090.342444.27862.8114-65.0334
310.59080.0448-0.00550.0362-0.05360.4215-0.22480.5165-0.3464-0.00160.1716-0.09130.1578-0.01540.12820.1962-0.09980.13920.3322-0.09880.233144.67327.0874-56.2948
321.26610.699-0.18711.0201-0.08840.4696-0.18930.21170.0019-0.12840.1762-0.0159-0.0224-0.017-0.02040.136-0.03140.0120.2322-0.00190.169640.554417.3784-50.2473
330.79190.39850.24540.58140.18670.3371-0.23560.1904-0.0467-0.01770.18280.129-0.09110.0353-0.01250.1138-0.04390.020.20270.01270.177126.4413.4949-50.9256
340.8702-0.28280.3480.92950.44640.6896-0.09670.2003-0.02970.05310.1810.15980.0846-0.05540.00710.1311-0.03440.01540.1821-0.00550.204332.61239.7268-48.9965
350.5776-0.12840.15130.11440.23690.7418-0.2980.5678-0.1609-0.23670.3368-0.0632-0.0381-0.07560.07020.2193-0.13890.01580.4246-0.01440.156936.370212.7244-61.9733
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 90 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 91 through 210 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 211 through 242 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 243 through 291 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 53 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 54 through 90 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 91 through 139 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 140 through 210 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 211 through 242 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 243 through 291 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 23 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 24 through 38 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 39 through 90 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 91 through 139 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 140 through 210 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 211 through 242 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 243 through 292 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 3 through 90 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 91 through 182 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 183 through 291 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 3 through 26 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 27 through 53 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 54 through 67 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 68 through 120 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 121 through 152 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 153 through 177 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 178 through 227 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 228 through 242 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 243 through 292 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 3 through 53 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 54 through 90 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 91 through 139 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 140 through 210 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 211 through 242 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 243 through 291 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る