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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l5a
タイトルMethylthioadenosine phosphorylase from Schistosoma mansoni in complex with tubercidin
要素S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Transferase / phosphorylase / Nucleoside phosphorylase / Enzyme / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / L-methionine salvage from methylthioadenosine / purine ribonucleoside salvage / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioadenosine phosphorylase (MTAP) / Purine phosphorylase, family 2, conserved site / Purine and other phosphorylases family 2 signature. / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TBN / S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2993 Å
データ登録者Torini, J.R. / DeMarco, R. / Brandao-Neto, J. / Pereira, H.M.
引用ジャーナル: Plos Negl Trop Dis / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Schistosoma mansoni Adenosine Phosphorylase/5'-Methylthioadenosine Phosphorylase and Its Importance on Adenosine Salvage Pathway.
著者: Torini, J.R. / Brandao-Neto, J. / DeMarco, R. / Pereira, H.D.
履歴
登録2013年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
B: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
C: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
D: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
E: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
F: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)213,73118
ポリマ－211,5576
非ポリマー2,17412
水10,106561
1
A: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
B: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
C: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8659
ポリマ－105,7783
非ポリマー1,0876
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9100 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
2
D: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
E: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
F: S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8659
ポリマ－105,7783
非ポリマー1,0876
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8730 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area31100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.068, 82.680, 150.558
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.340, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase / 5'-methylthioadenosine phosphorylase


分子量: 35259.480 Da / 分子数: 6 / 断片: SmMTAP / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
株: BH / 遺伝子: SmMTAP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I0B503, S-methyl-5'-thioadenosine phosphorylase
#2: 化合物
ChemComp-TBN / '2-(4-AMINO-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3,4-DIOL / 7-DEAZAADENOSINE / ツベルシジン


分子量: 266.253 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H14N4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 561 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bris-tris or Mes, 14-18% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月7日 / 詳細: DCM
放射モノクロメーター: DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.299→30 Å / Num. all: 170562 / Num. obs: 158912 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 36.749 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 13.02
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.299-2.440.2363.534873725362192.5
2.44-2.60.1625.054964625324198
2.6-2.810.1087.484546523262196.8
2.81-3.080.06810.894245221681198.1
3.08-3.440.04515.573775719355196.5
3.44-3.960.04219.662216411855167.2
3.96-4.830.02527.22794914409195.9
4.83-6.730.02527.352158211168195.8
6.73-300.01732.35128616496195.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2993→29.2 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8484 / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.07 / 位相誤差: 22.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2192 7938 5 %Random
Rwork0.1889 ---
all0.1904 170562 --
obs0.1904 158778 93.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 153.31 Å2 / Biso mean: 37.8519 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2993→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12861 0 144 561 13566
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00313266
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79118007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482086
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032286
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.1234739
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2993-2.32540.26762050.25533883408872
2.3254-2.35280.28662740.23035292556698
2.3528-2.38150.25962750.20725247552298
2.3815-2.41160.23982820.21255319560198
2.4116-2.44330.28152780.21715291556998
2.4433-2.47680.26052760.20975237551398
2.4768-2.51210.23122840.20085346563098
2.5121-2.54960.27932760.2035231550798
2.5496-2.58940.22092810.20145321560298
2.5894-2.63180.24492810.20745321560298
2.6318-2.67720.27512650.21365045531094
2.6772-2.72580.2462770.20485171544897
2.7258-2.77820.26732760.19645291556798
2.7782-2.83490.26032780.19835368564698
2.8349-2.89650.24192820.20135310559298
2.8965-2.96380.2322770.20455280555798
2.9638-3.03780.26592760.20295258553498
3.0378-3.11990.2332810.20945330561198
3.1199-3.21160.24752820.20725286556898
3.2116-3.31510.23222780.20035261553998
3.3151-3.43340.22282630.20535066532993
3.4334-3.57060.22282530.21284768502189
3.5706-3.73280.26961340.26862521265546
3.7328-3.92920.211830.20773603378667
3.9292-4.17470.20372590.15974779503889
4.1747-4.4960.13852790.13655258553797
4.496-4.94650.16262710.1325196546797
4.9465-5.65770.1762690.16175105537495
5.6577-7.11110.20452750.16925258553397
7.1111-29.20260.15732680.14975198546696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66770.7455-1.34351.4673-0.45952.65880.1603-0.0693-0.0075-0.4374-0.1159-0.29320.15040.26090.09190.33310.07230.14390.23130.0010.577740.8645-24.31251.3376
21.8525-0.2282-0.27642.14511.15790.63890.0636-0.0851-0.3343-0.1665-0.1538-0.33950.09580.13630.09670.2454-0.0020.05880.19540.03230.366332.6036-21.15786.0619
32.7089-0.1926-0.35381.4503-0.10371.85270.053-0.3055-0.08430.0745-0.073-0.1876-0.23970.17760.05110.2086-0.0359-0.01950.1958-0.02350.197334.7246-9.107314.9958
42.64420.0296-0.11180.16890.28591.23750.10430.02990.0134-0.0144-0.04090.006-0.25870.0152-0.03080.2702-0.04330.03170.1851-0.0240.278825.739-7.711210.7258
51.68780.613-0.54342.3748-0.68853.001-0.17230.0014-0.3576-0.2020.071-0.2763-0.06080.25410.07140.25340.00920.03690.2915-0.04640.401841.2126-15.619411.1513
61.52182.3285-1.01133.7755-1.00942.18790.1822-0.7246-0.8120.3717-0.1526-0.43360.14210.0837-0.00690.3426-0.087-0.04370.39910.13210.323212.0542-34.838242.9224
71.14420.64-0.62551.5703-0.181.71580.0104-0.2724-0.41990.0235-0.1381-0.06790.39980.10840.10340.2682-0.0376-0.01020.23230.07590.312310.0567-34.309134.5385
81.9660.19240.28211.1578-0.53262.36110.1659-0.31890.0990.2188-0.1657-0.1496-0.37590.10960.00210.2328-0.0811-0.01190.20120.00950.190210.9445-16.488237.7676
93.2339-2.9839-2.01722.83961.45533.2431-0.1290.09760.23580.29850.086-0.1802-0.16710.47240.07310.2621-0.13380.00630.27070.02810.276624.7539-11.749426.3166
101.80030.00050.09781.2428-0.10272.30570.1522-0.3655-0.10730.1952-0.1318-0.1025-0.02330.1908-0.03060.2781-0.08080.0090.2430.03380.17810.4554-22.084538.872
111.9079-0.00973.06661.42740.46345.10350.1679-0.0815-0.1596-0.06820.01330.4046-0.0561-0.8765-0.11160.20710.05310.01750.3373-0.00050.306-11.9476-11.75360.2607
122.39381.4453-1.5273.30290.5431.8922-0.2660.6041-0.2641-0.69310.21590.44690.1283-0.47260.00340.3267-0.0467-0.04810.4152-0.08760.3779-4.5887-23.9896-2.2507
130.97670.469-0.04191.5754-0.0852.51560.02290.1745-0.0305-0.21090.02540.09120.0969-0.1194-0.07780.20550.02830.00610.158-0.0120.2056-4.7414-14.61281.9611
142.6761-0.9184-0.56372.0491-1.02581.40260.2704-0.04240.16850.0851-0.1108-0.1977-0.525-0.1146-0.19760.25660.03380.01230.1089-0.00610.1941.4501-0.465816.1587
152.9135-1.1166-0.38771.56510.16882.87070.04520.0561-0.2472-0.39920.0868-0.64130.20390.1276-0.09310.27370.0210.06820.1517-0.04030.346312.6495-15.251.5454
161.6728-0.7615-0.18071.5861-0.29921.14880.0639-0.00810.3676-0.00780.11630.0864-0.7414-0.1339-0.19350.4930.06530.04460.21950.02010.2781-3.59836.69479.8079
173.8092.4975-0.45313.831-2.16581.65090.2808-0.3839-0.13310.3321-0.3932-0.0395-0.2581-0.07760.0310.28250.0043-0.00410.16890.00190.18136.6913-8.654925.4965
181.15840.3724-0.36150.5743-0.29110.27960.0094-0.0738-0.15130.1126-0.08840.0644-0.2443-0.04030.01990.35580.05790.0150.21370.01440.25681.4848-6.635312.3008
191.76730.5101-1.65881.1679-0.34465.32030.1134-0.01070.23610.31920.07120.2494-0.429-0.3267-0.11960.41430.16510.06170.2820.02410.3404-14.4827-3.29910.6355
202.9843-1.83851.61572.0705-1.13110.90560.13790.4735-0.2792-0.59990.0009-0.2802-0.01620.0876-0.05640.5609-0.00660.09580.3297-0.05520.28489.8077-5.7703-10.0865
214.31751.44881.971.7690.71561.50330.2824-0.2444-0.12040.24-0.0993-0.18010.07250.03430.00760.1273-0.1196-0.11030.70940.16960.227876.085430.435870.5586
221.47750.39190.5650.96540.2270.2254-0.1811-0.3711-0.15490.37130.142-0.3355-0.09070.05620.35510.11160.0901-0.19490.7940.32690.418372.938118.664774.5584
230.481-0.25110.58090.6392-0.38580.75110.042-0.5132-0.34710.2391-0.2634-0.32560.05580.6013-0.19570.2076-0.086-0.0880.64540.16090.314970.163726.606869.8694
243.67110.6687-1.92622.9378-0.92312.71460.0940.14580.2795-0.2902-0.0294-0.0987-0.27290.4336-0.1950.2058-0.0745-0.00480.27230.00860.155163.376540.344856.0105
253.20420.3453-0.74471.89010.59611.88260.0696-0.3353-0.33240.3884-0.10470.47320.00330.33480.06280.2168-0.0396-0.0130.26680.07430.236653.314325.473870.6365
260.49710.3947-0.01780.5709-0.09690.04160.2649-0.07310.16850.2426-0.18110.0133-0.45440.35930.2860.2485-0.469-0.11410.4597-0.02660.229968.255947.854462.104
274.521-5.50051.30258.5724-0.28651.43460.05940.22380.1309-0.3618-0.2798-0.1409-0.29120.23890.19680.2019-0.0677-0.01680.27330.04450.228758.572431.531346.604
280.8293-0.0501-0.28981.1942-0.0250.13820.1476-0.32660.0189-0.0799-0.2655-0.3266-0.29110.42190.06540.2673-0.122-0.02010.48740.09510.242570.205936.168860.3094
297.02853.79440.79325.63171.27830.42450.0012-0.49150.08580.6112-0.218-0.0994-0.31720.60180.07860.3921-0.1069-0.04670.49930.02530.173555.888934.77182.3304
303.66570.6575-0.39123.2639-1.07691.30690.1306-0.2171-0.17330.5623-0.17540.51490.0389-0.19440.08990.2838-0.0330.12780.2095-0.01190.351127.953214.544572.979
311.5345-0.1556-0.26651.4681-0.03671.74040.0060.0731-0.1847-0.0095-0.07440.31340.0441-0.19190.05760.1167-0.0097-0.00210.1449-0.02650.262630.306125.335762.0722
322.1824-0.2578-0.3560.9665-0.25991.72220.00430.0223-0.07820.0551-0.03010.2424-0.0357-0.15220.04110.13650.0123-0.02090.1487-0.01610.236431.932727.209761.5779
330.7919-1.1416-1.12022.16661.25772.7184-0.23910.3599-0.8156-0.0427-0.34780.22250.6425-0.22850.56210.40150.0990.00620.394-0.09940.355753.32065.333329.2834
341.1636-0.6326-1.23690.7910.20391.6353-0.21640.0791-0.4586-0.2149-0.20150.05670.59070.09910.4020.35960.10960.0490.2517-0.00270.331455.34436.123837.6947
351.91720.1663-0.43171.42850.83352.43990.03040.0988-0.0253-0.1687-0.1784-0.0048-0.14290.0080.13610.2160.05770.02250.14770.01880.193853.591323.863434.7261
360.5954-0.4339-0.89981.62910.72522.53660.04540.2758-0.1059-0.2305-0.21220.23410.0336-0.27070.11790.18090.0556-0.03980.2345-0.04470.199546.087720.479635.8528
372.0460.32252.62572.03831.42333.9482-0.21950.1123-0.0922-0.0565-0.3012-0.2160.62071.15510.16570.32140.06640.090.53850.10820.46173.004918.180637.0795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 91 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 92 through 182 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 183 through 242 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 243 through 291 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 23 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 24 through 91 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 92 through 182 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 183 through 199 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 200 through 290 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 3 through 23 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 24 through 38 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 39 through 91 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 92 through 110 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 111 through 139 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 140 through 182 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 183 through 199 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 200 through 242 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 243 through 269 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 270 through 292 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 3 through 20 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 21 through 39 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 40 through 91 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 92 through 110 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 111 through 139 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 140 through 182 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 183 through 198 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 199 through 270 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 271 through 291 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 3 through 38 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 39 through 182 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 183 through 291 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 3 through 23 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 24 through 91 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 92 through 182 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 183 through 269 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 270 through 292 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る