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- PDB-4l58: Crystal structure of the MLL5 PHD finger in complex with H3K4me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l58
タイトルCrystal structure of the MLL5 PHD finger in complex with H3K4me3
要素
  • Histone H3 peptide
  • Histone-lysine N-methyltransferase MLL5
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Set3 complex / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / neutrophil activation / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / muscle cell differentiation / neutrophil mediated immunity ...Set3 complex / Rpd3L-Expanded complex / negative regulation of chromosome condensation / Barr body / regulation of centromere complex assembly / neutrophil activation / pericentric heterochromatin formation / inner kinetochore / muscle cell differentiation / neutrophil mediated immunity / oocyte maturation / nucleosomal DNA binding / nucleus organization / spermatid development / single fertilization / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / subtelomeric heterochromatin formation / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / : / embryo implantation / telomere organization / Inhibition of DNA recombination at telomere / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / erythrocyte differentiation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / epigenetic regulation of gene expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / euchromatin / NoRC negatively regulates rRNA expression / multicellular organism growth / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / male gonad development / osteoblast differentiation / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / positive regulation of cell growth / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / cell population proliferation / nuclear speck / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
KMT2E, SET domain / PhD finger domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site ...KMT2E, SET domain / PhD finger domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Inactive histone-lysine N-methyltransferase 2E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Tong, Q. / Ali, M. / Kutateladze, T.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Molecular basis for chromatin binding and regulation of MLL5.
著者: Ali, M. / Rincon-Arano, H. / Zhao, W. / Rothbart, S.B. / Tong, Q. / Parkhurst, S.M. / Strahl, B.D. / Deng, L.W. / Groudine, M. / Kutateladze, T.G.
履歴
登録2013年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22013年7月24日Group: Database references
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase MLL5
B: Histone H3 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6684
ポリマ－9,5372
非ポリマー1312
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.286, 43.638, 52.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase MLL5 / Lysine N-methyltransferase 2E / KMT2E / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia protein 5


分子量: 8186.495 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD-type zinc finger domain residues 117-181 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLL5, KMT2E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IZD2, histone-lysine N-methyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3 peptide / H3K4me3 peptide


分子量: 1350.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The modified peptide was synthesized. / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84243*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.14 mM potassium acetate and 35 % PEG 3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月18日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→33 Å / Num. obs: 22776 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 9.64 Å2
反射 シェル解像度: 1.48→1.55 Å / % possible all: 67.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.48→33 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 12.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1402 1138 5 %RANDOM
Rwork0.1251 ---
obs0.1258 22776 97.59 %-
all-22776 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数591 0 2 125 718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004599
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.054804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.979235
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06786
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4797-1.5470.16241260.15052400X-RAY DIFFRACTION86
1.547-1.62860.15451470.11732734X-RAY DIFFRACTION98
1.6286-1.73060.14111450.10092716X-RAY DIFFRACTION99
1.7306-1.86420.13061390.10092730X-RAY DIFFRACTION99
1.8642-2.05180.13421430.12062772X-RAY DIFFRACTION99
2.0518-2.34870.13361430.1232750X-RAY DIFFRACTION100
2.3487-2.95880.14211470.13112759X-RAY DIFFRACTION100
2.9588-33.65990.14011480.13472777X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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