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万見
- PDB-4l53: Crystal Structure of (1R,4R)-4-{4-[7-amino-2-(1,2,3-benzothiadiaz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l53
タイトルCrystal Structure of (1R,4R)-4-{4-[7-amino-2-(1,2,3-benzothiadiazol-7-yl)-3-chlorofuro[2,3-c]pyridin-4-yl]-1H-pyrazol-1-yl}cyclohexan-1-ol bound to TAK1-TAB1
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TAK1 kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway ...histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / type II transforming growth factor beta receptor binding / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / JUN kinase kinase kinase activity / coronary vasculature development / ATAC complex / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / anoikis / non-canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / aorta development / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of JUN kinase activity / cellular response to angiotensin / MAP kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cell size / heart morphogenesis / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / positive regulation of cell cycle / protein serine/threonine kinase binding / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / lung development / Activation of NF-kappaB in B cells / transcription coactivator binding / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of T cell cytokine production / receptor tyrosine kinase binding / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1UO / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Wang, J. / Hornberger, K.R. / Crew, A.P. / Jestel, A. / Maskos, K. / Moertl, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Discovery of 7-aminofuro[2,3-c]pyridine inhibitors of TAK1: Optimization of kinase selectivity and pharmacokinetics.
著者: Hornberger, K.R. / Chen, X. / Crew, A.P. / Kleinberg, A. / Ma, L. / Mulvihill, M.J. / Wang, J. / Wilde, V.L. / Albertella, M. / Bittner, M. / Cooke, A. / Kadhim, S. / Kahler, J. / Maresca, P. ...著者: Hornberger, K.R. / Chen, X. / Crew, A.P. / Kleinberg, A. / Ma, L. / Mulvihill, M.J. / Wang, J. / Wilde, V.L. / Albertella, M. / Bittner, M. / Cooke, A. / Kadhim, S. / Kahler, J. / Maresca, P. / May, E. / Meyn, P. / Romashko, D. / Tokar, B. / Turton, R.
履歴
登録2013年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年8月14日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Advisory / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3004
ポリマ－34,7091
非ポリマー5913
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.568, 134.530, 143.689
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera / Tak1-Tab1 fusion protein / Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated ...Tak1-Tab1 fusion protein / Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated kinase 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 34709.043 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K7, TAK1, MAP3K7IP1, TAB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43318, UniProt: Q15750, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-1UO / trans-4-{4-[7-amino-2-(1,2,3-benzothiadiazol-7-yl)-3-chlorofuro[2,3-c]pyridin-4-yl]-1H-pyrazol-1-yl}cyclohexanol


分子量: 466.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19ClN6O2S
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING THE KINASE DOMAIN OF TAK1 (UNP O43318 RESIDUES 31-303) AND RESIDUES ...PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING THE KINASE DOMAIN OF TAK1 (UNP O43318 RESIDUES 31-303) AND RESIDUES 468-496 OF TAB1 (UNP Q15750).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.75 M sodium citrate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M TRIS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年11月3日 / 詳細: dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→98.21 Å / Num. all: 18955 / Num. obs: 18955 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 2.55→2.8 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 2.55→98.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 15.319 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.286 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23757 957 5.1 %RANDOM
Rwork0.20942 ---
obs0.21084 17637 98.1 %-
all-17637 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.832 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.79 Å20 Å20 Å2
2---1.96 Å20 Å2
3---5.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→98.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2350 0 40 36 2426
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0212338
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9593196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.99733831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5945296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7622.95588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86315325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4791511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212651
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02482
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5921484
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2842593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9732374
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1794854
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2136822
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 74 -
Rwork0.336 1270 -
obs--99.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.06282.1095-0.91715.1189-6.08118.17480.4924-0.6078-0.52770.44-0.08610.0724-0.0063-0.1859-0.40640.9077-0.06080.00510.5677-0.01060.2855-8.449-50.311-7.877
23.8168-0.5321-0.04273.3394-0.0352.5462-0.0396-0.141-0.30520.06420.0112-0.08380.20640.07330.02840.0313-0.0052-0.01210.02390.03190.0526-5.264-45.499-32.24
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 496

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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