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- PDB-2yiy: Crystal structure of compound 8 bound to TAK1-TAB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2yiy
タイトルCrystal structure of compound 8 bound to TAK1-TAB
要素MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 7, TGF-BETA-ACTIVATED KINASE 1 AND MAP3K7-BINDING PROTEIN 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE ACTIVATOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE ACTIVATOR COMPLEX / TAK-TAB KINASE DFG-OUT
機能・相同性
機能・相同性情報


histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway ...histone kinase activity / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / type II transforming growth factor beta receptor binding / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / JUN kinase kinase kinase activity / coronary vasculature development / ATAC complex / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / anoikis / non-canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / aorta development / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / p38MAPK cascade / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of JUN kinase activity / cellular response to angiotensin / MAP kinase activity / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of cell size / heart morphogenesis / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / JNK cascade / positive regulation of cell cycle / protein serine/threonine kinase binding / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / lung development / Activation of NF-kappaB in B cells / transcription coactivator binding / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of T cell cytokine production / receptor tyrosine kinase binding / CLEC7A (Dectin-1) signaling / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / T cell receptor signaling pathway / Ca2+ pathway / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / cellular response to hypoxia / in utero embryonic development / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / signal transduction / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...: / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-YIY / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Brown, D.G. / Phillips, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Discovery and Synthesis of Selective Dfg-Out Tak-1 Inhibitors
著者: Green, M.P. / Bell, A. / Bess, K. / Brown, D.G. / Campany, K. / Dodd, P. / Hewson, C. / Hughes, S.J. / Kilty, I. / Phillips, C. / Smith, R.T. / Hoorn, W.V. / Jones, L.
履歴
登録2011年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_proc ...entity_src_gen / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 7, TGF-BETA-ACTIVATED KINASE 1 AND MAP3K7-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2272
ポリマ－34,7811
非ポリマー4451
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.401, 133.422, 145.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 7, TGF-BETA-ACTIVATED KINASE 1 AND MAP3K7-BINDING PROTEIN 1 / TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-ACTIVATED KINASE 1 TGF-BETA- ACTIVATED KINASE 1 / PROTEIN KINASE ...TRANSFORMING GROWTH FACTOR-BETA-ACTIVATED KINASE 1 TGF-BETA- ACTIVATED KINASE 1 / PROTEIN KINASE TRANSFORMING GROWTH FACTOR ACTIVATED KINASE 1 TAK-1 MITOGEN-ACTIVATED PROTEIN KINASE KINASE KINASE 7-INTERACTING PROTEIN 1 / TGF-BETA-ACTIVATED KINASE 1- BINDING PROTEIN 1 / TAK1-BINDING PROTEIN 1


分子量: 34781.105 Da / 分子数: 1
断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 31-303, C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 468-497
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CHIMERIC PROTEIN / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: O43318, UniProt: Q15750, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-YIY / (1E)-1-[5-TERT-BUTYL-2-(3-FLUOROPHENYL)-1H-PYRAZOL-3-YLIDENE]-3-(4-PYRIDIN-3-YLOXYPHENYL)UREA


分子量: 445.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24FN5O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.87 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1 M TRIS-HCL PH 7.5, 0.6 M SODIUM CITRATE, 0.2 M NACL, 10 MM DTT.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9789
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→98.42 Å / Num. obs: 17628 / % possible obs: 86.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 53.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.49→2.62 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.9.6精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EVA

2eva


解像度: 2.49→24.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9312 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8959 / SU R Cruickshank DPI: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.346 / SU Rfree Blow DPI: 0.259 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.25
詳細: REFINEMENT NOTE 1, IDEAL-DIST CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2453 1015 5.87 %RANDOM
Rwork0.1877 ---
obs0.1911 17296 84.86 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.5715 Å20 Å20 Å2
2--1.7096 Å20 Å2
3----4.2811 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.308 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.49→24.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2322 0 33 213 2568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0092426HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.073297HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d804SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes356HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2426HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.68
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.35
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion295SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2839SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.49→2.64 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2383 165 5.63 %
Rwork0.1823 2764 -
all0.1853 2929 -
obs--84.86 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.8682 Å / Origin y: -46.0009 Å / Origin z: -27.5636 Å
111213212223313233
T-0.2654 Å2-0.0258 Å20.0003 Å2--0.209 Å20.079 Å2--0.0944 Å2
L1.803 °2-0.2213 °20.0278 °2-1.6835 °2-0.7161 °2--1.5674 °2
S-0.0002 Å °-0.1514 Å °-0.0263 Å °0.1432 Å °0.0222 Å °0.0641 Å °0.1069 Å °-0.0911 Å °-0.022 Å °
精密化 TLSグループSelection details: CHAIN A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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