PDB-4l4w: Structure of EspG3 chaperone from the type VII (ESX-3) secretion ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l4w

タイトル

Structure of EspG3 chaperone from the type VII (ESX-3) secretion system

要素

EspG3

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / ESX-3 / type VII secretion system / RV0289 / protein secretion / chaperone / PE5-PPE4

機能・相同性

EspG family / EspG family / cytoplasm / ESX-3 secretion-associated protein EspG3

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.036 Å

データ登録者

Korotkov, K.V.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Variability of EspG Chaperones from Mycobacterial ESX-1, ESX-3, and ESX-5 Type VII Secretion Systems.
著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / ...

履歴

登録	2013年6月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月24日	Group: Experimental preparation
改定 1.2	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l4w.cif.gz	216.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l4w.ent.gz	174 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/4l4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rclC 5dlbC 5sxlSC 5vbaC 4kxr C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4olk-d 4tkp-d 5eer-d 2z45-d 6jdi-d 3ewi-d 3v0g-4 4i13-d 6p9p-d 6fbq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EspG3

B: EspG3

64.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: EspG3

登録者が定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: EspG3

登録者が定義した集合体
32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.080, 123.690, 180.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	EspG3 分子量: 32101.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0622, MSMEI_0606 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: A0QQ45
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 20% PEG6000, 1.0 M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.036→45.213 Å / Num. obs: 33548 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 37.17 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 12.15
反射シェル	解像度: 2.036→2.09 Å / 冗長度: 3.06 % / R_merge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / % possible all: 79.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5SXL

5sxl

解像度: 2.036→45.213 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.19 / 位相誤差: 24.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2311	1682	5.02 %
R_work	0.1857	-	-
obs	0.1881	33548	96.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.036→45.213 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3997	0	0	225	4222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4101
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.166	5606
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.683	1450
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	643
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	734

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.036-2.0666	0.3647	95	0.3283	1861	X-RAY DIFFRACTION	69
2.0666-2.0989	0.3323	123	0.3137	2194	X-RAY DIFFRACTION	83
2.0989-2.1333	0.2952	126	0.2629	2431	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1333-2.1701	0.2513	117	0.2483	2497	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1701-2.2095	0.2999	160	0.235	2616	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2095-2.252	0.2918	147	0.2246	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.252-2.298	0.2637	127	0.2058	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.298-2.348	0.2568	152	0.2083	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.4026	0.2826	142	0.2071	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4026-2.4627	0.2581	138	0.2095	2772	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4627-2.5292	0.2613	132	0.1921	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5292-2.6037	0.271	127	0.1959	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6037-2.6877	0.2467	159	0.1952	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6877-2.7837	0.3094	150	0.1998	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7837-2.8952	0.2768	141	0.2009	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8952-3.0269	0.3011	122	0.1926	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0269-3.1865	0.1981	146	0.1966	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1865-3.386	0.23	126	0.1794	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
3.386-3.6474	0.2324	168	0.1682	2655	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6474-4.0142	0.1988	162	0.156	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0142-4.5946	0.1583	138	0.1374	2673	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5946-5.7868	0.1676	142	0.1553	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7868-45.2236	0.2049	131	0.1682	2677	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.855	0.7602	0.2202	3.4781	0.0296	0.5587	0.0722	-0.1404	0.1577	0.3206	-0.0635	0.0069	-0.1324	-0.0472	-0.0084	0.2789	-0.0156	0.0544	0.2867	-0.0186	0.306	10.7245	64.1331	41.0789
2	0.5526	-0.2344	-0.2895	3.439	1.1456	1.1177	0.0394	0.0294	0.1059	-0.3627	0.0906	-0.1702	-0.2008	0.0317	-0.1318	0.1726	0.0032	-0.0153	0.2326	-0.0048	0.2415	12.6894	45.2735	31.7036
3	2.0794	1.8933	-1.498	3.5148	-1.0881	3.2595	-0.1212	-0.3708	-0.303	0.4915	0.0895	-0.4812	0.1627	0.2469	0.1068	0.2296	0.0293	-0.0126	0.4997	0.0126	0.2229	18.0889	23.7975	43.2231
4	1.2789	-0.7211	0.0028	3.4787	0.5085	1.5111	-0.0573	-0.0571	0.03	-0.0775	-0.002	0.1755	0.0347	-0.2965	-0.0354	0.1307	-0.0311	0.0134	0.2457	-0.037	0.1831	5.3243	38.0461	31.9209
5	1.5252	0.3396	0.4889	2.7088	1.2606	2.0368	-0.0147	0.1487	-0.1299	-0.3289	0.0662	-0.063	0.439	0.1862	-0.0598	0.4429	0.0245	0.0293	0.2371	0.0103	0.2416	7.6939	9.9184	-6.9767
6	0.2751	-0.369	-0.6298	1.866	0.542	2.5624	-0.0003	-0.0186	0.0169	-0.2465	0.0768	-0.1828	-0.0623	0.0978	-0.0613	0.1776	-0.0179	0.0177	0.1983	0.0011	0.2312	4.1749	23.3801	7.8599
7	1.5162	0.2239	0.3302	3.4331	-0.7348	1.5449	-0.0105	0.3011	-0.0913	-0.0517	0.2382	0.2889	0.0381	-0.2487	-0.2087	0.3178	0.0078	0.0747	0.3786	0.0385	0.3476	-14.3287	19.2213	23.4041
8	1.6573	-0.5479	-0.1794	1.5914	0.0213	2.8641	-0.0037	-0.1222	-0.0671	0.2332	0.0161	-0.2366	0.0706	0.2111	-0.0352	0.2217	0.0085	-0.0341	0.1531	0.0039	0.2103	6.5891	21.5326	17.5634

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -1:93)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 94:157)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 158:191)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 192:265)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid -1:95)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 96:157)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 158:191)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 192:265)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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