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- PDB-4l3p: Crystal Structure of 2-(1-benzothiophen-7-yl)-4-[1-(piperidin-4-y... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l3p
タイトルCrystal Structure of 2-(1-benzothiophen-7-yl)-4-[1-(piperidin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]furo[2,3-c]pyridin-7-amine bound to TAK1-TAB1
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone kinase activity / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway ...histone kinase activity / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / MAP kinase kinase kinase kinase activity / linear polyubiquitin binding / interleukin-17A-mediated signaling pathway / cardiac septum development / I-kappaB phosphorylation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / interleukin-33-mediated signaling pathway / toll-like receptor 3 signaling pathway / type II transforming growth factor beta receptor binding / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / coronary vasculature development / ATAC complex / cellular response to angiotensin / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / anoikis / aorta development / interleukin-1-mediated signaling pathway / MyD88-dependent toll-like receptor signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor 4 signaling pathway / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / protein serine/threonine phosphatase activity / mitogen-activated protein kinase p38 binding / p38MAPK cascade / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of cell size / MAP kinase kinase kinase activity / MAP kinase activity / positive regulation of cell cycle / canonical NF-kappaB signal transduction / heart morphogenesis / stress-activated MAPK cascade / protein serine/threonine kinase binding / JNK cascade / positive regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / positive regulation of interleukin-2 production / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / protein serine/threonine kinase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Activation of NF-kappaB in B cells / lung development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of T cell cytokine production / receptor tyrosine kinase binding / CLEC7A (Dectin-1) signaling / transcription coactivator binding / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAPK cascade / Downstream TCR signaling / cellular response to tumor necrosis factor / Ca2+ pathway / T cell receptor signaling pathway / cellular response to hypoxia / scaffold protein binding / DNA-binding transcription factor binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / in utero embryonic development / positive regulation of MAPK cascade / molecular adaptor activity / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / nuclear speck / defense response to bacterium / inflammatory response / immune response / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 7 / : / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 7 / : / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1UH / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Wang, J. / Hornberger, K.R. / Crew, A.P. / Steinbacher, S. / Maskos, K. / Moertl, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Discovery and optimization of 7-aminofuro[2,3-c]pyridine inhibitors of TAK1.
著者: Hornberger, K.R. / Berger, D.M. / Crew, A.P. / Dong, H. / Kleinberg, A. / Li, A.H. / Medeiros, M.R. / Mulvihill, M.J. / Siu, K. / Tarrant, J. / Wang, J. / Weng, F. / Wilde, V.L. / Albertella, ...著者: Hornberger, K.R. / Berger, D.M. / Crew, A.P. / Dong, H. / Kleinberg, A. / Li, A.H. / Medeiros, M.R. / Mulvihill, M.J. / Siu, K. / Tarrant, J. / Wang, J. / Weng, F. / Wilde, V.L. / Albertella, M. / Bittner, M. / Cooke, A. / Gray, M.J. / Maresca, P. / May, E. / Meyn, P. / Peick, W. / Romashko, D. / Tanowitz, M. / Tokar, B.
履歴
登録2013年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月31日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9362
ポリマ－35,5211
非ポリマー4161
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.299, 133.751, 144.502
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7, TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 chimera / Tak1-Tab1 fusion protein / Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated ...Tak1-Tab1 fusion protein / Transforming growth factor-beta-activated kinase 1 / TGF-beta-activated kinase 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 35520.918 Da / 分子数: 1 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K7, TAK1, MAP3K7IP1, TAB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43318, UniProt: Q15750, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-1UH / 2-(1-benzothiophen-7-yl)-4-[1-(piperidin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]furo[2,3-c]pyridin-7-amine


分子量: 415.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H21N5OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING THE KINASE DOMAIN OF TAK1 (UNP O43318 RESIDUES 31-303) AND RESIDUES ...PROTEIN IS A CHIMERA COMPRISING THE KINASE DOMAIN OF TAK1 (UNP O43318 RESIDUES 31-303) AND RESIDUES 468-504 OF TAB1 (UNP Q15750).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.75 M sodium citrate, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Tris, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0001 / 波長: 1.0001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年11月20日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→98.06 Å / Num. all: 16317 / Num. obs: 16317 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.68→2.89 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EVA

2eva


解像度: 2.68→98.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 22.202 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26825 764 5.1 %RANDOM
Rwork0.2294 ---
all0.23137 14259 --
obs0.23137 14259 92.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 78.175 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3 Å20 Å20 Å2
2---2.75 Å20 Å2
3---8.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→98.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2342 0 30 1 2373
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0222445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022200
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9921.9753322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79135126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3545293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.58423.396106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95615402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1711515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02503
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1640.22245
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1750.21191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21238
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1050.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0670.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1430.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.45821905
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1882592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70532378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9741191
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1026944
LS精密化 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 69 -
Rwork0.365 1054 -
obs--94.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4621-0.58070.68614.4336-5.74537.44690.429-1.1945-0.71870.6628-0.2591-0.03080.6499-0.2652-0.16990.7037-0.18240.01170.7076-0.05370.4313-8.401-49.82-7.675
24.0782-0.273-0.55164.16050.28492.2361-0.0383-0.2191-0.3480.12420.0175-0.17920.20390.05440.0208-0.1964-0.0073-0.0197-0.21840.0584-0.1791-5.188-45.194-32.373
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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