+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4v36 | ||||||
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Title | The structure of L-PGS from Bacillus licheniformis | ||||||
Components | LYSYL-TRNA-DEPENDENT L-YSYL-PHOSPHATIDYLGYCEROL SYNTHASE | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / T-RNA DEPENDENT AMINOACYLATION / BACTERIAL RESISTANCE PROTEINS / L-PGS / LIPID HOMEOSTASIS / YFIX / PHENIX. MR_ROSETTA / LYSINE AMIDE | ||||||
Function / homology | Function and homology information lysyltransferase / phosphatidylglycerol lysyltransferase activity / lipid metabolic process / membrane => GO:0016020 / response to antibiotic / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | BACILLUS LICHENIFORMIS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Krausze, J. / Hebecker, S. / Heinz, D.W. / Moser, J. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2015 Title: Structures of Two Bacterial Resistance Factors Mediating tRNA-Dependent Aminoacylation of Phosphatidylglycerol with Lysine or Alanine. Authors: Hebecker, S. / Krausze, J. / Hasenkampf, T. / Schneider, J. / Groenewold, M. / Reichelt, J. / Jahn, D. / Heinz, D.W. / Moser, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4v36.cif.gz | 272.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4v36.ent.gz | 222 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4v36.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4v36_validation.pdf.gz | 466.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4v36_full_validation.pdf.gz | 470 KB | Display | |
Data in XML | 4v36_validation.xml.gz | 25.5 KB | Display | |
Data in CIF | 4v36_validation.cif.gz | 35.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v36 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/4v36 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.57419, 0.67697, 0.46045), Vector: |
-Components
#1: Protein | Mass: 38809.480 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: SOLUBLE DOMAIN, UNP RESIDUES 519-850 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) BACILLUS LICHENIFORMIS (bacteria) / Strain: DSM13 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: E5W5M1, UniProt: Q65MA9*PLUS, lysyltransferase #2: Chemical | ChemComp-LYN / | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.4 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 4.2 Details: 0.2 M NACL; 0.1 M PHOSPHATE-CITRATE PH 4.2; 10%(W/V) GLYCEROL; 0.5 MM L-LYSINE AMIDE; PRIOR TO CRYO-COOLING, 30% (V/V) WERE ADDED AS A CRYOPROTECTANT |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.033184 |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 25, 2013 / Details: SI-111 AND SI-113 REFLECTION |
Radiation | Monochromator: DOUBLE CRYSTAL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.033184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→37.34 Å / Num. obs: 36408 / % possible obs: 80.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.18 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 19 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→37.337 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.97 / Phase error: 29.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→37.337 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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