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- PDB-4l3o: Crystal Structure of SIRT2 in complex with the macrocyclic peptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l3o
タイトルCrystal Structure of SIRT2 in complex with the macrocyclic peptide S2iL5
要素
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
  • cyclic peptide S2iL5
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / macrocyclic peptide / structural change / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / negative regulation of striated muscle tissue development / negative regulation of satellite cell differentiation / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of meiotic nuclear division / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / peptidyl-lysine deacetylation / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / mitotic nuclear membrane reassembly / tubulin deacetylase activity / paranode region of axon / regulation of exit from mitosis / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / regulation of phosphorylation / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein deacetylation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / chromatin silencing complex / meiotic spindle / protein lysine deacetylase activity / response to redox state / regulation of myelination / positive regulation of DNA binding / histone deacetylase activity / histone acetyltransferase binding / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of cell division / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / glial cell projection / positive regulation of execution phase of apoptosis / subtelomeric heterochromatin formation / heterochromatin / lipid catabolic process / cellular response to epinephrine stimulus / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / centriole / substantia nigra development / negative regulation of autophagy / epigenetic regulation of gene expression / ubiquitin binding / meiotic cell cycle / negative regulation of protein catabolic process / autophagy / spindle / histone deacetylase binding / mitotic spindle / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / heterochromatin formation / myelin sheath / chromosome / growth cone / cellular response to oxidative stress / midbody / perikaryon / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / microtubule / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / innate immune response / cell division / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / chromatin binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class I / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cyclic peptide S2iL5 / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.518 Å
データ登録者Yamagata, K. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Basis for Potent Inhibition of SIRT2 Deacetylase by a Macrocyclic Peptide Inducing Dynamic Structural Change
著者: Yamagata, K. / Goto, Y. / Nishimasu, H. / Morimoto, J. / Ishitani, R. / Dohmae, N. / Takeda, N. / Nagai, R. / Komuro, I. / Suga, H. / Nureki, O.
履歴
登録2013年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
C: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
D: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
E: cyclic peptide S2iL5
F: cyclic peptide S2iL5
G: cyclic peptide S2iL5
H: cyclic peptide S2iL5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,34620
ポリマ－145,0558
非ポリマー1,29112
水9,134507
1
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
E: cyclic peptide S2iL5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5244
ポリマ－36,2642
非ポリマー2612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1920 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14480 Å2
手法PISA
2
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
F: cyclic peptide S2iL5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5865
ポリマ－36,2642
非ポリマー3233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1900 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14260 Å2
手法PISA
3
C: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
G: cyclic peptide S2iL5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7117
ポリマ－36,2642
非ポリマー4475
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14310 Å2
手法PISA
4
D: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
H: cyclic peptide S2iL5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5244
ポリマ－36,2642
非ポリマー2612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.180, 135.613, 148.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 34219.512 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 55-356 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q8IXJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド
cyclic peptide S2iL5


タイプ: Cyclic peptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 2044.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence is chemically synthesized / 参照: cyclic peptide S2iL5

-
非ポリマー , 4種, 519分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 8.5% PEG 4000, 0.1M MES-NaOH, 0.1M Li2SO4, 0.1M NaCl, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.518→50 Å / Num. obs: 61389 / Biso Wilson estimate: 27.09 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1J8F

1j8f


解像度: 2.518→46.59 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8251 / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 24.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2629 6136 10 %
Rwork0.211 --
obs0.2162 61346 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 12.83 Å2 / ksol: 0.299 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 109.51 Å2 / Biso mean: 35.9615 Å2 / Biso min: 7.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8184 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.0871 Å2-0 Å2
3----4.7313 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.518→46.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9899 0 68 507 10474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310223
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61913766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.793838
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5179-2.54650.37221070.3049961106852
2.5465-2.57650.35072030.29071823202697
2.5765-2.60790.30592050.27841849205498
2.6079-2.64090.3542010.29071820202198
2.6409-2.67570.34582040.28391836204098
2.6757-2.71230.34082020.26481809201197
2.7123-2.75110.32862060.2561849205598
2.7511-2.79210.33262010.25431817201898
2.7921-2.83580.29552070.24211869207698
2.8358-2.88220.29632060.24141841204798
2.8822-2.93190.30612010.23871816201798
2.9319-2.98520.30982070.23271860206799
2.9852-3.04260.29822060.2191851205799
3.0426-3.10470.25742050.21821849205498
3.1047-3.17220.30332060.22071855206199
3.1722-3.2460.27022090.22071870207999
3.246-3.32720.2782060.22031862206899
3.3272-3.41710.2892070.21391866207399
3.4171-3.51760.26592090.2041877208699
3.5176-3.63110.26062110.21451899211099
3.6311-3.76080.24152040.19551843204799
3.7608-3.91130.23762110.18891891210299
3.9113-4.08930.25262120.177119072119100
4.0893-4.30470.20982100.16461896210699
4.3047-4.57420.20652090.16081881209099
4.5742-4.9270.20952120.16051906211899
4.927-5.42220.20582130.18491915212899
5.4222-6.20520.25922130.20851915212899
6.2052-7.81190.2532160.19961944216099
7.8119-46.59830.20722270.19872033226099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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