[日本語] English
万見
- PDB-4l3a: Crystal structure of Internalin K (InlK) from Listeria monocytogenes -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l3a
タイトルCrystal structure of Internalin K (InlK) from Listeria monocytogenes
要素Internalin K
キーワードCELL INVASION / Leucine rich repeat / immune system evasion / major vault protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #3890 / Internalin I, Ig-like domain / : / Internalin K domain (D3/D4) / Internalin K domain D2 / : / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Immunoglobulin-like - #3890 / Internalin I, Ig-like domain / : / Internalin K domain (D3/D4) / Internalin K domain D2 / : / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Lmo1290 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.591 Å
データ登録者Neves, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Structure of Internalin InlK from the Human Pathogen Listeria monocytogenes.
著者: Neves, D. / Job, V. / Dortet, L. / Cossart, P. / Dessen, A.
履歴
登録2013年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22013年11月13日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Internalin K
B: Internalin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,4428
ポリマ－129,2152
非ポリマー2276
水2,162120
1
A: Internalin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6794
ポリマ－64,6081
非ポリマー723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Internalin K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7634
ポリマ－64,6081
非ポリマー1553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)115.340, 115.340, 190.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Internalin K / Lmo1290 protein


分子量: 64607.672 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-568 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: serovar 1/2a (ATCC BAA-679 / EGD-e) / 遺伝子: lmo1290 / プラスミド: pet30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8Y7I7

-
非ポリマー , 5種, 126分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG3350, 0.3 M magnesium chloride, 0.1 mM samarium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.8443 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.8443 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→49.347 Å / Num. all: 38753 / Num. obs: 38753 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.59→2.74 Å / % possible all: 50

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.591→49.347 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2431 3810 9.83 %RANDOM
Rwork0.2284 ---
obs0.2299 38751 85.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.591→49.347 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6701 0 11 120 6832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0126814
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6029283
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2422468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1051123
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071196
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.591-2.62340.472660.4664620X-RAY DIFFRACTION40
2.6234-2.65790.4063850.4713679X-RAY DIFFRACTION47
2.6579-2.69430.473960.4293770X-RAY DIFFRACTION52
2.6943-2.73280.4508800.4275822X-RAY DIFFRACTION54
2.7328-2.77360.42571000.4101945X-RAY DIFFRACTION62
2.7736-2.8170.45421060.41521020X-RAY DIFFRACTION67
2.817-2.86310.42571100.3831062X-RAY DIFFRACTION71
2.8631-2.91250.39181180.37371171X-RAY DIFFRACTION78
2.9125-2.96550.40781300.35291210X-RAY DIFFRACTION79
2.9655-3.02250.34221350.35131319X-RAY DIFFRACTION87
3.0225-3.08420.31451510.33351401X-RAY DIFFRACTION94
3.0842-3.15120.37931660.3041429X-RAY DIFFRACTION96
3.1512-3.22450.32181520.30071481X-RAY DIFFRACTION97
3.2245-3.30510.27891460.271479X-RAY DIFFRACTION97
3.3051-3.39450.29121660.251482X-RAY DIFFRACTION97
3.3945-3.49430.25381780.24631461X-RAY DIFFRACTION98
3.4943-3.60710.25861690.22141473X-RAY DIFFRACTION98
3.6071-3.7360.22221480.19071477X-RAY DIFFRACTION98
3.736-3.88550.22571620.19151490X-RAY DIFFRACTION99
3.8855-4.06230.17581670.18781501X-RAY DIFFRACTION99
4.0623-4.27630.181620.17851518X-RAY DIFFRACTION99
4.2763-4.54410.1761530.1611504X-RAY DIFFRACTION99
4.5441-4.89460.16981560.15651524X-RAY DIFFRACTION100
4.8946-5.38660.18581900.17071490X-RAY DIFFRACTION99
5.3866-6.16480.19761740.20541517X-RAY DIFFRACTION100
6.1648-7.76220.22591690.20571534X-RAY DIFFRACTION99
7.7622-49.35590.20691750.20081562X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る