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万見
- PDB-4l1a: Crystallographic study of multi-drug resistant HIV-1 protease Lop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l1a
タイトルCrystallographic study of multi-drug resistant HIV-1 protease Lopinavir complex: mechanism of drug recognition and resistance
要素(MDR769 HIV-1 protease) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / Multi-drug resistance / IC50 / Lopinavir / protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA stem-loop binding / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. ...Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AB1 / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Liu, Z. / Yedidi, R.S. / Wang, Y. / Dewdney, T. / Reiter, S. / Brunzelle, J. / Kovari, I. / Kovari, L.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic study of multi-drug resistant HIV-1 protease lopinavir complex: mechanism of drug recognition and resistance.
著者: Liu, Z. / Yedidi, R.S. / Wang, Y. / Dewdney, T.G. / Reiter, S.J. / Brunzelle, J.S. / Kovari, I.A. / Kovari, L.C.
履歴
登録2013年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MDR769 HIV-1 protease
B: MDR769 HIV-1 protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1703
ポリマ－21,5412
非ポリマー6291
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.828, 43.828, 101.805
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 MDR769 HIV-1 protease


分子量: 10769.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q000H7
#2: タンパク質 MDR769 HIV-1 protease


分子量: 10771.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q000H7
#3: 化合物 ChemComp-AB1 / N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE / ABT-378 / LOPINAVIR / ロピナビル


分子量: 628.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H48N4O5
コメント: 抗レトロウイルス剤, プロテアーゼ阻害剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: The hanging drop vapor diffusion method was used to form the bipyramidal crystals of the MDR 769 protease. Using a grid screen consisting of sodium chloride (0.7 to 1.4 M) and MES-HEPES ...詳細: The hanging drop vapor diffusion method was used to form the bipyramidal crystals of the MDR 769 protease. Using a grid screen consisting of sodium chloride (0.7 to 1.4 M) and MES-HEPES buffer (pH 5.5 to 8.1), the HIV-1 protease substrate complex crystals formed overnight at 22 C. Routinely, 0.2 mm crystals, in the longest dimension, were obtained after 14 days of incubation. In each well, there were two droplets, containing 1 lL of protease substrate mixture, 1 lL of reservoir solution and 2 lL of protease substrate mixture, 1 lL of reservoir solution, respectively, 07 mL of well solution., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月21日
放射モノクロメーター: Ni MIRROR + Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→43.81 Å / Num. obs: 14375

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→43.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 3.712 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26003 765 5.1 %RANDOM
Rwork0.19748 ---
obs0.2006 14375 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.672 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----0.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 46 222 1782
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8152.012164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0655196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.4952556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46215272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.836158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021161
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21057
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3380.21130
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1830.238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9951.5992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69921600
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2843660
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7384.5564
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 54 -
Rwork0.209 1066 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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