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- PDB-3r0y: Crystal Structures of Multidrug-resistant HIV-1 Protease in Compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r0y
タイトルCrystal Structures of Multidrug-resistant HIV-1 Protease in Complex with Mechanism-Based Aspartyl Protease Inhibitors
要素Multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 Protease
キーワードHydrolase/Hydrolase Inhibitor / Hydrolase / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA stem-loop binding / endonuclease activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. ...Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(2S)-1-{[(2S,3S)-3-HYDROXY-5-OXO-5-{[(2R)-1-OXO-3-PHENYL-1-(PROP-2-YN-1-YLAMINO)PROPAN-2-YL]AMINO}-1-PHENYLPENTAN-2-YL]AMINO}-3-METHYL-1-OXOBUTAN-2-YL]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE / Chem-RSZ / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Yedidi, R.S. / Gupta, D. / Liu, Z. / Brunzelle, J. / Kovari, I.A. / Woster, P.M. / Kovari, L.C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of multidrug-resistant HIV-1 protease in complex with two potent anti-malarial compounds.
著者: Yedidi, R.S. / Liu, Z. / Wang, Y. / Brunzelle, J.S. / Kovari, I.A. / Woster, P.M. / Kovari, L.C. / Gupta, D.
履歴
登録2011年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22012年5月23日Group: Database references
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 Protease
B: Multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1373
ポリマ－21,5392
非ポリマー5981
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.637, 45.637, 102.005
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Multidrug-resistant clinical isolate 769 HIV-1 Protease


分子量: 10769.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q000H7
#2: 化合物 ChemComp-RSZ / N-[(2S)-1-{[(2S,3S)-3-hydroxy-5-oxo-5-{[(2R)-1-oxo-3-phenyl-1-(prop-2-yn-1-ylamino)propan-2-yl]amino}-1-phenylpentan-2-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]pyridine-2-carboxamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 597.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H39N5O5
参照: N-[(2S)-1-{[(2S,3S)-3-HYDROXY-5-OXO-5-{[(2R)-1-OXO-3-PHENYL-1-(PROP-2-YN-1-YLAMINO)PROPAN-2-YL]AMINO}-1-PHENYLPENTAN-2-YL]AMINO}-3-METHYL-1-OXOBUTAN-2-YL]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.3 M NaCl, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月4日
放射モノクロメーター: mirrors and beryllium lenses / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 25092 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→18.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.876 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1) DUE TO MULTIPLE BINDING ORIENTATIONS OF THE LIGAND, THE DIFFERENCE ELECTRON DENSITY (CALCULATED USING XTALVIEW/XFIT PROGRAM) WAS CONTOURED BETWEEN 1.8 AND 2.0 SIGMA WHILE FITTING THE ...詳細: 1) DUE TO MULTIPLE BINDING ORIENTATIONS OF THE LIGAND, THE DIFFERENCE ELECTRON DENSITY (CALCULATED USING XTALVIEW/XFIT PROGRAM) WAS CONTOURED BETWEEN 1.8 AND 2.0 SIGMA WHILE FITTING THE LIGAND. EACH OF THE CONFORMATIONS WAS MANUALLY FIT INTO THE DENSITY AND REFINED USING REFMAC5. REFMAC LIBRARY FOR THE LIGAND WAS GENERATED USING MONOMER LIBRARY SKETCHER OPTION IN CCP4 AS WELL AS OBTAINED FROM PRODRG SERVER. REFINED COORDINATES FOR THE LIGAND CONFORMATION WITH HIGHEST OCCUPANCY AND REASONABLE THERMAL FACTOR VALUES ARE INCLUDED IN THE FINAL COORDINATE FILE. 2) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23066 1274 5.1 %RANDOM
Rwork0.19783 ---
obs0.19952 23751 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.869 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→18.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1512 0 44 193 1749
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6772.0052154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9685196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.892556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.18915272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.438158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.21087
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2117
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2391.51004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72521596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5583650
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1634.5558
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 94 -
Rwork0.241 1746 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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