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- PDB-4l0o: Structure determination of cystathionine gamma-synthase from Heli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l0o
タイトルStructure determination of cystathionine gamma-synthase from Helicobacter pylori
要素Cystathionine gamma-synthase
キーワードLYASE / elimination / C-S bond cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


cystathionine gamma-synthase / : / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / transsulfuration / methionine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Cystathionine gamma-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Tarique, K.F. / Rehman, S.A.A. / Gourinath, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure determination of cystathionine gamma-synthase from Helicobacter pylori
著者: Tarique, K.F. / Rehman, S.A.A. / Ahmed, E. / Gourinath, S.
履歴
登録2013年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Cystathionine gamma-synthase
A: Cystathionine gamma-synthase
C: Cystathionine gamma-synthase
E: Cystathionine gamma-synthase
G: Cystathionine gamma-synthase
K: Cystathionine gamma-synthase
M: Cystathionine gamma-synthase
O: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,70516
ポリマ－337,8808
非ポリマー1,8258
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Cystathionine gamma-synthase
E: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子

M: Cystathionine gamma-synthase
O: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,9298
ポリマ－168,9404
非ポリマー9894
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_545x+1/2,y-1/2,z1
Buried area20760 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area43510 Å2
手法PISA
3
G: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子

K: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子

A: Cystathionine gamma-synthase
C: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,7778
ポリマ－168,9404
非ポリマー8364
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21040 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area42770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.812, 174.890, 324.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質
Cystathionine gamma-synthase / CGS / O-succinylhomoserine (thiol)-lyase


分子量: 42235.055 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori 26695 (ピロリ菌)
株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: cystathionine gamma-synthase, HP_0106, metB / プラスミド: pET21c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56069, cystathionine gamma-synthase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
構成要素の詳細In the chain G, PLP is covalently linked to the Lys195 through imine (schiffs base) linkage.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20%MPD, 20%Peg1000, 20%Peg3350, 0.03M Halogen mixture, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→50 Å / Num. all: 84796 / Num. obs: 80506 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 28.16
反射 シェル解像度: 2.76→2.81 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3E6G; Cystathionine C-Lyase-Like Protein From Xanthomonas Oryzae Pv.Oryzae

3e6g


解像度: 2.76→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 14.874 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27793 4234 5 %RANDOM
Rwork0.23408 ---
obs0.23626 80506 99.81 %-
all-84796 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.493 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.35 Å20 Å20 Å2
2--5.15 Å20 Å2
3----1.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3372 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22255 0 110 0 22365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3351.97630919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.46452923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.53724.788944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.443153774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1611587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.23556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02117041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.759→2.831 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 310 -
Rwork0.303 5505 -
obs--98.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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