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- PDB-4l0n: Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l0n
タイトルCrystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain
要素Serine/threonine-protein kinase 3
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / SARAH domain / STK3 / MST2 / heptad repeat / structural genomics consortium (SGC)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / transcription regulator activator activity ...regulation of cell differentiation involved in embryonic placenta development / cell differentiation involved in embryonic placenta development / primitive hemopoiesis / neural tube formation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of hippo signaling / endocardium development / negative regulation of organ growth / hippo signaling / transcription regulator activator activity / Signaling by Hippo / protein localization to centrosome / organ growth / hepatocyte apoptotic process / regulation of MAPK cascade / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / positive regulation of fat cell differentiation / canonical Wnt signaling pathway / JNK cascade / protein serine/threonine kinase activator activity / central nervous system development / epithelial cell proliferation / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein tetramerization / positive regulation of JNK cascade / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein stabilization / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / centrosome / magnesium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / : / p53-like tetramerisation domain superfamily / Few Secondary Structures ...: / Mst1 SARAH domain / C terminal SARAH domain of Mst1 / SARAH domain / SARAH domain profile. / p53, subunit A / p53-like tetramerisation domain / : / p53-like tetramerisation domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Krojer, T. / Newman, J.A. / Dixon-Clarke, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of STK3 (MST2) SARAH domain
著者: Chaikuad, A. / Krojer, T. / Newman, J.A. / Dixon-Clarke, S. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2013年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase 3
B: Serine/threonine-protein kinase 3
C: Serine/threonine-protein kinase 3
D: Serine/threonine-protein kinase 3
E: Serine/threonine-protein kinase 3
F: Serine/threonine-protein kinase 3
G: Serine/threonine-protein kinase 3
H: Serine/threonine-protein kinase 3
I: Serine/threonine-protein kinase 3
J: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,68210
ポリマ－61,68210
非ポリマー00
水14,394799
1
A: Serine/threonine-protein kinase 3
B: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3362
ポリマ－12,3362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7450 Å2
手法PISA
2
C: Serine/threonine-protein kinase 3
D: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3362
ポリマ－12,3362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7390 Å2
手法PISA
3
E: Serine/threonine-protein kinase 3
F: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3362
ポリマ－12,3362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area7600 Å2
手法PISA
4
G: Serine/threonine-protein kinase 3
H: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3362
ポリマ－12,3362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area7670 Å2
手法PISA
5
I: Serine/threonine-protein kinase 3

I: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3362
ポリマ－12,3362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area2580 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
6
J: Serine/threonine-protein kinase 3

J: Serine/threonine-protein kinase 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3362
ポリマ－12,3362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2450 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area7390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.320, 61.320, 301.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-548-

HOH

21C-565-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase 3 / Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein ...Mammalian STE20-like protein kinase 2 / MST-2 / STE20-like kinase MST2 / Serine/threonine-protein kinase Krs-1 / Serine/threonine-protein kinase 3 36kDa subunit / MST2/N / Serine/threonine-protein kinase 3 20kDa subunit / MST2/C


分子量: 6168.191 Da / 分子数: 10 / 断片: SARAH domain (UNP residues 436-484) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRS1, MST2, STK3 / プラスミド: pNIC28-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3
参照: UniProt: Q13188, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 799 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 30% MPD, 0.1M acetate pH 4.9, 0.2M calcium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月19日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→32.84 Å / Num. all: 114405 / Num. obs: 114371 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→30.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.284 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20667 5733 5 %RANDOM
Rwork0.16043 ---
obs0.16279 108637 99.54 %-
all-114371 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å2-0 Å20 Å2
2--0.46 Å2-0 Å2
3----0.91 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.189 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4225 0 0 799 5024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7182.0256142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.805310724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7735573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.37524245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.654151036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5631558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.025065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02981
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6381.7852118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6381.7852117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0982.6732648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8772.2312454
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.88339204
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.995237
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.76159687
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 422 -
Rwork0.204 7849 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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