PDB-4l04: Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l04

タイトル

Crystal Structure Analysis of human IDH1 mutants in complex with NADP+ and Ca2+/alpha-Ketoglutarate

要素

Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

キーワード

OXIDOREDUCTASE / cytosolic

機能・相同性

機能・相同性情報

Abnormal conversion of 2-oxoglutarate to 2-hydroxyglutarate / regulation of phospholipid catabolic process / NADPH regeneration / regulation of phospholipid biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / 2-oxoglutarate metabolic process / NADP metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Concha, N.O. / Smallwood, A.M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Mutant IDH1 Enhances the Production of 2-Hydroxyglutarate Due to Its Kinetic Mechanism.
著者: Rendina, A.R. / Pietrak, B. / Smallwood, A. / Zhao, H. / Qi, H. / Quinn, C. / Adams, N.D. / Concha, N. / Duraiswami, C. / Thrall, S.H. / Sweitzer, S. / Schwartz, B.

履歴

登録	2013年5月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l04.cif.gz	981.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l04.ent.gz	829.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/4l04	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kzoC 4l03C 4l06C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3inm-1 4kzo-2 4l06-1 2qfx-3 1t0l-2 2qfx-2 6ajc-1 2qfx-1 6ajc-2 6ajc-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

E: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

F: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

295 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

B: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

D: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

F: Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.410, 116.622, 275.729
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase [NADP] cytoplasmic / IDH / Cytosolic NADP-isocitrate dehydrogenase / IDP / NADP(+)-specific ICDH / Oxalosuccinate decarboxylase 分子量: 48211.781 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH1, PICD / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O75874, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.9 詳細: 16-20% PEG MME 2000, 100mM MES, pH 6.9, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9786 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD

放射

モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.866→50 Å / Num. obs: 70831 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 71.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 8.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.866-3	6.3	0.631	1	96.5
3-3.12	6.3	0.46	1	97.6
3.12-3.27	6.3	0.343	1	98.3
3.27-3.44	6.3	0.252	1	99.4
3.44-3.65	6.3	0.191	1	99.6
3.65-3.94	6.4	0.148	1	99.7
3.94-4.33	6.3	0.115	1	99.8
4.33-4.96	6.2	0.102	1	99.6
4.96-6.24	6.8	0.104	1	99.9
6.24-50	6.8	0.089	1	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUSTER	2.11.5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.87→49.24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9394 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2585	3578	5.06 %	RANDOM
R_work	0.1999	-	-	-
obs	0.2028	70733	98.3 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.11 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.8108 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.9674 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.7782 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.483 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.87→49.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19199	0	354	69	19622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.009	19997	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.14	27106	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		7002	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		502	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		2895	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		19997	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		5	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact

LS精密化シェル

解像度: 2.87→2.94 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3043	226	4.98 %
R_work	0.2381	4313	-
all	0.2415	4539	-
obs	-	-	98.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	-0.1238	-0.2623	0	0.2618	0.4249	0.0401	-0.0224	0.0474	-0.0125	0.1856	-0.1064	0.1438	0.1608	-0.2257	0.3197	0.0215	-0.0674	0.03	-0.0547	-0.1267	8.862	-48.653	-98.2878
2	2.6178	-1.4635	-0.0517	2.2334	0.0731	1.0923	0.263	-0.0025	-0.7908	-0.1612	0.0018	0.6622	0.3891	0.3684	-0.2648	-0.2312	0.1233	-0.2071	-0.1447	-0.1839	0.0503	20.6685	-44.7945	-69.4636
3	2.0575	0.0956	0.3828	1.6737	0.0919	1.0806	0.1028	0.0455	0.1301	-0.0325	0.0702	0.1756	-0.178	0.4242	-0.173	-0.2057	-0.0266	0.0855	-0.0025	-0.163	-0.1098	21.0931	-13.9543	-67.0476
4	0.6056	0.2413	0.0393	1.915	0.0543	2.027	-0.1004	0.1072	-0.0232	-0.8484	0.2071	-0.504	0.2059	-0.0007	-0.1068	0.219	-0.0633	0.2626	-0.1621	-0.0029	-0.1218	-23.7184	-47.6629	-110.655
5	0.2082	0.2333	0.0982	2.7028	-0.8349	2.2614	-0.0227	0.0538	0.1395	-0.5808	0.0683	-0.2888	-0.593	-0.3157	-0.0455	0.3317	0.1496	0.2148	-0.1526	0.0002	-0.1581	-27.1869	-17.2212	-106.64
6	0.7152	0.3435	0.0498	1.9826	-0.2489	1.8283	-0.0926	0.1071	0.1632	-0.7874	0.237	0.5412	-0.2266	0.0006	-0.1444	0.269	-0.0086	-0.2962	-0.2098	-0.0386	-0.0909	25.9117	-68.9448	-112.268
7	0.3536	0.485	-0.4919	2.0585	0.4007	2.4294	-0.0254	0.0358	-0.1044	-0.647	0.0342	0.1916	0.6184	0.2384	-0.0089	0.3781	0.2198	-0.2487	-0.1521	-0.0577	-0.2035	28.3992	-99.4718	-107.952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|504 - A\|504 C\|503 - C\|503 B\|502 - B\|502 E\|503 - E\|503 D\|503 - D\|503 F\|503 - F\|503 }	A	504
2	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|504 - A\|504 C\|503 - C\|503 B\|502 - B\|502 E\|503 - E\|503 D\|503 - D\|503 F\|503 - F\|503 }	C	503
3	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|504 - A\|504 C\|503 - C\|503 B\|502 - B\|502 E\|503 - E\|503 D\|503 - D\|503 F\|503 - F\|503 }	B	502
4	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|504 - A\|504 C\|503 - C\|503 B\|502 - B\|502 E\|503 - E\|503 D\|503 - D\|503 F\|503 - F\|503 }	E	503
5	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|504 - A\|504 C\|503 - C\|503 B\|502 - B\|502 E\|503 - E\|503 D\|503 - D\|503 F\|503 - F\|503 }	D	503
6	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|504 - A\|504 C\|503 - C\|503 B\|502 - B\|502 E\|503 - E\|503 D\|503 - D\|503 F\|503 - F\|503 }	F	503
7	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|5 - A\|415 }	A	5 - 415
8	X-RAY DIFFRACTION	3	{ B\|3 - B\|414 }	B	3 - 414
9	X-RAY DIFFRACTION	4	{ C\|4 - C\|415 }	C	4 - 415
10	X-RAY DIFFRACTION	5	{ D\|3 - D\|414 }	D	3 - 414
11	X-RAY DIFFRACTION	6	{ E\|4 - E\|415 }	E	4 - 415
12	X-RAY DIFFRACTION	7	{ F\|3 - F\|414 }	F	3 - 414

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関連情報:EMDBヘッダ

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