PDB-4kwt: Crystal structure of unliganded anabolic ornithine carbamoyltrans...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kwt

タイトル

Crystal structure of unliganded anabolic ornithine carbamoyltransferase from Vibrio vulnificus at 1.86 A resolution

要素

Ornithine carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Carbamoyl phosphate / ornithine / citrulline / phosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio vulnificus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.86 Å

データ登録者

Shabalin, I.G. / Bacal, P. / Bajor, J. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures and kinetic properties of anabolic ornithine carbamoyltransferase from human pathogens Vibrio vulnificus and Bacillus anthracis
著者: Shabalin, I.G. / Winsor, J. / Grimshaw, S. / Minor, W.

履歴

登録	2013年5月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kwt.cif.gz	391.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kwt.ent.gz	318.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kwt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kwt_validation.pdf.gz	462.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kwt_full_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示
XML形式データ	4kwt_validation.xml.gz	39.5 KB	表示
CIF形式データ	4kwt_validation.cif.gz	57.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jfrC 4jhxC 4jqoC 4nf2C 4h31S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jfr-d 6ywj-1 4jhx-d 6ysp-d 5nnn-1 5nnq-1 6ypo-2 6yvb-1 1akm-d 3e2p-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP91384

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

C: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

119 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.810, 82.650, 150.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	A	A	0 - 334	24 - 358
2	1	ALA	ALA	B	B	0 - 334	24 - 358
1	2	MET	MET	A	A	1 - 334	25 - 358
2	2	MET	MET	C	C	1 - 334	25 - 358
1	3	MET	MET	B	B	1 - 334	25 - 358
2	3	MET	MET	C	C	1 - 334	25 - 358

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Ornithine carbamoyltransferase / OTCase 分子量: 39641.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 株: CMCP6 / 遺伝子: argF, VV1_1466 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8DCF5, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM Arginine, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 23% w/v PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, ...詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM Arginine, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 23% w/v PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.71 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein: 10 mg/ml in 10 mM Tris-HCl pH 8.3, 60 mM Arginine, 500 mM NaCl and 5 mM b-mercaptoethanol. Crystallization condition: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 23% w/v PEG 3350, 0.2M Lithium Sulfate, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月21日 / 詳細: BE-LENSES

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 82600 / Num. obs: 81196 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 30.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Χ²: 2.03 / Net I/σ(I): 35.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	Χ²	% possible all
1.86-1.89	5.2	0.968	2.1	4055	0.968	1.001	99.2
1.89-1.93	5.6	0.828		4072		1.01	99.7
1.93-1.96	5.6	0.666		4042		1.04	99.8
1.96-2	5.6	0.558		4060		1.116	99.8
2-2.05	5.6	0.429		4095		1.157	99.7
2.05-2.09	5.6	0.353		4061		1.259	99.6
2.09-2.15	5.6	0.289		4065		1.346	99.6
2.15-2.21	5.6	0.241		4065		1.477	99.5
2.21-2.27	5.7	0.206		4057		1.612	99.3
2.27-2.34	5.7	0.18		4059		1.709	99.2
2.34-2.43	5.7	0.154		4077		1.919	99.1
2.43-2.52	5.7	0.137		4068		2.037	98.8
2.52-2.64	5.7	0.118		4048		2.268	98.7
2.64-2.78	5.7	0.099		4083		2.439	98.5
2.78-2.95	5.8	0.085		4037		2.773	98
2.95-3.18	5.7	0.072		4028		3.217	97.4
3.18-3.5	5.6	0.063		4032		3.606	96.8
3.5-4.01	5.5	0.053		4029		3.657	96.3
4.01-5.05	5.6	0.043		4041		3.071	95.5
5.05-50	5.4	0.042		4122		2.867	92.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
CCP4		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4H31

4h31

解像度: 1.86→35.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / WR_factor R_free: 0.1949 / WR_factor R_work: 0.1578 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8569 / SU B: 6.512 / SU ML: 0.093 / SU R Cruickshank DPI: 0.1285 / SU R_free: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1952	4051	5 %	RANDOM
R_work	0.1595	-	-	-
all	0.1613	82448	-	-
obs	0.1613	81046	98.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.35 Å² / B_iso mean: 39.7325 Å² / B_iso min: 19.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.85 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.77 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.86→35.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7515	0	11	487	8013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	7679
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	7321
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.738	1.949	10374
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.382	3	16807
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.866	5	978
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.212	25.313	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.396	15	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.963	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1763

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数
1	1	A	19057
1	2	B	19057
2	1	A	19093
2	2	C	19093
3	1	B	19402
3	2	C	19402

LS精密化シェル

解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	300	-
R_work	0.259	5644	-
all	-	5944	-
obs	-	5644	98.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4814	-0.0962	0.0001	0.5153	-0.0797	0.3238	0.0232	0.1188	0.1927	0.0141	0.0324	-0.0689	0.0234	-0.0572	-0.0555	0.1527	0.0209	0.0003	0.1562	0.0264	0.0449	-32.943	29.97	-14.194
2	1.3476	1.5217	-0.265	2.8616	-0.249	0.0552	-0.0803	-0.0257	-0.1306	-0.3468	0.0461	0.0712	0.0062	0.0159	0.0342	0.213	-0.0036	-0.0652	0.1365	0.0098	0.059	-40.627	10.619	-10.019
3	1.1926	-0.4904	0.1348	0.7205	-0.0443	0.79	0.068	0.3425	0.0495	-0.1003	-0.0492	-0.0087	0.0031	-0.1333	-0.0188	0.1592	0.0268	0.0063	0.2487	0.0496	0.0112	-42.705	31.173	-25.438
4	1.2608	-0.1834	0.0283	0.6733	0.2099	0.7836	0.0557	0.5436	0.1089	-0.2101	-0.0495	-0.0416	-0.0479	-0.0527	-0.0061	0.2043	0.0341	0.0146	0.3854	0.0771	0.0174	-38.862	33.101	-37.126
5	1.2981	0.1387	0.1253	0.4638	-0.0715	0.9612	-0.0363	-0.0593	-0.0011	-0.047	-0.0216	0.0368	0.0268	0.0138	0.0578	0.1623	-0.0026	-0.0177	0.1187	-0.0047	0.0094	-21.483	6.041	-0.347
6	1.5047	-0.1142	-0.5631	0.4531	0.1267	0.7641	-0.0949	0.0098	-0.0925	-0.0437	0.0341	0.0279	0.1889	0.012	0.0609	0.1786	0.0013	-0.0081	0.0934	-0.0049	0.0108	-20.011	-2.099	-6.713
7	2.3689	0.1835	0.0433	1.76	0.0622	1.0193	0.0041	-0.1776	-0.4182	-0.0803	0.0151	0.2304	0.2329	-0.0335	-0.0193	0.1811	-0.045	-0.0166	0.0634	0.0396	0.1141	-37.738	-11.999	5.578
8	1.6638	0.3284	0.0927	0.8002	-0.3517	0.3249	-0.0375	0.0331	0.0127	-0.1409	0.0816	0.1985	0.1103	0.0078	-0.0441	0.1591	-0.024	-0.039	0.1094	0.0031	0.0963	-44.7	-0.551	-1.853
9	1.5455	-0.2955	-0.2203	0.4538	-0.031	0.7416	0.01	-0.0153	0.1742	0.0299	0.024	-0.12	-0.0241	-0.0579	-0.034	0.1144	-0.0073	0.0076	0.0479	-0.0156	0.0434	-5.829	19.343	-20.892
10	0.9839	-0.6279	-0.3082	0.8711	-0.3023	0.7724	0.067	0.2273	0.1022	-0.0641	-0.0411	-0.0977	0.0158	-0.1571	-0.0259	0.1138	0.0008	0.0266	0.136	0.0033	0.0231	-11.563	17.788	-30.803
11	1.2371	0.0004	-0.0638	1.2926	0.0135	0.3304	-0.0116	0.1874	-0.0732	-0.1489	-0.015	-0.1981	0.0439	0.0299	0.0266	0.0924	0.0069	0.0456	0.0862	-0.0195	0.0454	5.67	1.101	-36.304
12	0.6156	0.1551	-0.3243	0.634	-0.2067	0.6065	-0.0683	0.0034	-0.0466	0.1224	-0.0093	-0.0021	0.1411	0.0154	0.0775	0.1231	0.0087	0.015	0.0683	-0.0162	0.0177	-2.028	-1.852	-23.452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	104 - 192
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	193 - 334
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	0 - 85
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	86 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	150 - 245
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	246 - 334
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 80
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	81 - 152
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	153 - 264
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	265 - 334

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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