PDB-4kwb: Structure of signal peptide peptidase A with C-termini bound in t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kwb

タイトル

Structure of signal peptide peptidase A with C-termini bound in the active sites: insights into specificity, self-processing and regulation

要素

Signal peptide peptidase SppA

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta protein fold / signal peptide digestion / bacterial cell membrane / SELF-COMPARTMENTALIZED

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / membrane raft / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Nam, S.E. / Paetzel, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure of signal peptide peptidase A with C-termini bound in the active sites: insights into specificity, self-processing, and regulation.
著者: Nam, S.E. / Paetzel, M.

履歴

登録	2013年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月4日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kwb.cif.gz	710 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kwb.ent.gz	592.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kwb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kwb_validation.pdf.gz	490.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kwb_full_validation.pdf.gz	507 KB	表示
XML形式データ	4kwb_validation.xml.gz	62.8 KB	表示
CIF形式データ	4kwb_validation.cif.gz	86.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bfoS 3bez 3rst S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3rst-d 3bf0-d 3bez-d 4fir-d 5nkm-d 2i1o-1 5nb3-2 3fem-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Signal peptide peptidase SppA

B: Signal peptide peptidase SppA

C: Signal peptide peptidase SppA

D: Signal peptide peptidase SppA

E: Signal peptide peptidase SppA

F: Signal peptide peptidase SppA

G: Signal peptide peptidase SppA

H: Signal peptide peptidase SppA

240 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.797, 130.979, 207.099
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Signal peptide peptidase SppA 分子量: 30004.143 Da / 分子数: 8 / 断片: unp residues 51-335 / 変異: K199A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌) 株: 168 遺伝子: BSU29530, CLONED SIGNAL PEPTIDE PEPTIDASE A GENE FROM RESIDUES 26 TO 335, LYS199 MUTATED TO ALA, sppA, yteI プラスミド: PET28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TUNER(DE3) 参照: UniProt: O34525, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	LIMITED PROTEOLYSIS WAS CARRIED OUT ON SPPA_BS DELTA 1-25 K199A USING THERMOLYSIN, FOLLOWED BY SIZE- ...LIMITED PROTEOLYSIS WAS CARRIED OUT ON SPPA_BS DELTA 1-25 K199A USING THERMOLYSIN, FOLLOWED BY SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY. THE CRYSTALLIZED AND SOLVED STRUCTURE IS A PROTEASE RESISTANT FRAGMENT OF SPPA_BS DELTA 1-25 K199A. USING N-TERMINAL SEQUENCING AND POSITIVE ELECTROSPRAY IONIZATION MASS SPECTROMETRY, THE PROTEASE RESISTANT FRAGMENT WAS IDENTIFIED AS SPPA_BS 51-295. THE REFINED OCTAMERIC STRUCTURE REVEALED THE CORE DOMAIN OF SPPA_BS 51-295, WITH THE C-TERMINI OF SPPA_BS BOUND IN THE EIGHT ACTIVE SITES. THE IDENTITY OF THE PEPTIDE WAS CONFIRMED AS 308-335 OF SPPA_BS(FKSEIDFLNMREILSQSGSPRMMYLYAK) BY TANDEM MASS SPECTROMETRY FRAGMENTATION ANALYSIS. CLEAR ELECTRON DESITY IS OBSERVED FOR 326-335 (SPRMMYLYAK). WHAT HAS BEEN CRYSTALLIZED IS SPPA_BS RESIDUES: 51-295 & 308-335

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.42 %
結晶化	温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100mM TRIS, 23% TERT-BUTANOL UNDER PARAFFIN OIL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.15K, pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月25日 / 詳細: VERTICAL COLLIMATING MIRROR
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR (DCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→50 Å / Num. all: 93912 / Num. obs: 93168 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 50.3
反射シェル	解像度: 2.39→2.49 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique all: 9085 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxDC		データ収集
PHASER	FOR MR 2.1	位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BFO

3bfo

解像度: 2.39→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 15.86 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	4708	5 %	RANDOM
R_work	0.206	-	-	-
all	0.285	93310	-	-
obs	0.208	88919	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14103	0	0	221	14324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	14250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.061	1.977	19135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.257	5	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.134	25.028	539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.578	15	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.969	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	10314
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.451	1.5	9195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.898	2	14663
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.524	3	5055
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.576	4.5	4472

LS精密化シェル

解像度: 2.39→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	305	-
R_work	0.243	6133	-
obs	-	-	93.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2012	0.5187	0.3449	1.7322	-0.0632	1.3945	0.0203	-0.0007	-0.0175	0.1339	-0.0134	0.0253	0.0012	0.0258	-0.0069	0.0157	0.0027	0.0124	0.1761	0.0476	0.0306	12.5856	18.9395	-23.4787
2	0.4888	0.2188	0.2581	1.9366	1.5795	3.8479	0.0429	0.0604	0.0631	0.0009	-0.192	0.2982	-0.2908	-0.2502	0.1492	0.0683	-0.0529	0.0126	0.2435	0.0311	0.1554	21.5605	34.0636	-1.1891
3	1.0275	-0.1741	-0.5042	1.2946	0.3292	2.632	-0.0273	0.1091	-0.1112	-0.0208	-0.1256	0.1995	0.0869	-0.1414	0.1528	0.099	-0.1023	-0.042	0.138	-0.007	0.1065	15.6734	33.365	26.617
4	2.9159	1.7922	-1.8204	2.6158	-0.879	2.4125	0.2413	0.1776	0.505	0.2298	-0.0432	0.4779	-0.1351	-0.1734	-0.1981	0.2493	-0.076	0.0341	0.1624	-0.0258	0.212	0.7645	16.482	44.2149
5	3.1027	2.1037	0.3498	3.13	1.1293	1.6684	-0.1232	0.1391	0.5559	-0.0868	-0.1274	0.4927	-0.0903	-0.2029	0.2507	0.2157	-0.0272	0.0271	0.153	0.0055	0.1599	-17.0332	-5.805	40.1278
6	2.435	0.6583	1.3016	0.9386	0.795	2.5356	-0.0859	0.0373	0.3855	-0.0128	-0.0394	0.0691	-0.2019	0.011	0.1252	0.1053	-0.0303	0.0467	0.0224	0.0076	0.1274	-25.8887	-21.143	17.0644
7	1.0055	0.1195	-0.1512	0.7907	-0.6218	4.9629	-0.0003	0.0955	0.1674	0.0241	0.0879	0.2142	-0.3889	-0.6097	-0.0876	0.1219	0.0359	-0.0068	0.1455	0.0178	0.1537	-20.3456	-21.3729	-10.9603
8	1.1204	0.7953	0.2784	1.749	-0.6008	1.6435	-0.2385	0.0918	0.2287	-0.115	0.1557	0.2668	-0.2492	-0.0427	0.0828	0.1707	0.0266	-0.0536	0.1125	-0.0021	0.0987	-4.6205	-4.2085	-27.6063

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	56 - 335
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	58 - 335
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	57 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	59 - 333
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	57 - 334
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	57 - 334
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	57 - 334
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	58 - 334

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