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万見
- PDB-3bez: Crystal structure of Escherichia coli Signal peptide peptidase (S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bez
タイトルCrystal structure of Escherichia coli Signal peptide peptidase (SppA), SeMet crystals
要素Protease 4
キーワードHYDROLASE / protease / bacterial / Inner membrane / Membrane / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


signal peptide processing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / endopeptidase activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
peptide peptidase (sppa) fold / peptide peptidase (sppa) like domain / Peptidase S49, protease IV / Signal peptide peptidase A / : / Peptidase S49 / Peptidase S49, SppA / Peptidase family S49 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...peptide peptidase (sppa) fold / peptide peptidase (sppa) like domain / Peptidase S49, protease IV / Signal peptide peptidase A / : / Peptidase S49 / Peptidase S49, SppA / Peptidase family S49 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Paetzel, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a bacterial signal Peptide peptidase.
著者: Kim, A.C. / Oliver, D.C. / Paetzel, M.
履歴
登録2007年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease 4
B: Protease 4
C: Protease 4
D: Protease 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,4924
ポリマ－258,4924
非ポリマー00
水11,295627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.022, 153.040, 100.214
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNGLYGLYAA93 - 44968 - 424
21GLNGLNGLYGLYBB93 - 44968 - 424
31GLNGLNGLYGLYCC93 - 44968 - 424
41GLNGLNGLYGLYDD93 - 44968 - 424
52ARGARGPROPROAA56 - 7131 - 46
62ARGARGPROPROBB56 - 7131 - 46
72ARGARGPROPROCC56 - 7131 - 46
82ARGARGPROPRODD56 - 7131 - 46

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要素

#1: タンパク質
Protease 4 / Protease IV / Endopeptidase IV / Signal peptide peptidase


分子量: 64623.102 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: sppA / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P08395, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→46.9 Å / Num. obs: 69169 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.178 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.76→2.9 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 5523 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 78

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.76→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 12.425 / SU ML: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.961 / ESU R Free: 0.348 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3502 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.203 69168 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.373 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.98 Å20 Å22.51 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14362 0 0 627 14989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02214650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8921.95319899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.39651899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.42924.864623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.497152365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8421570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.22255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211114
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.27137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.210068
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1550.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8681.59609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.361215048
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23835746
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6194.54851
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1480MEDIUM POSITIONAL0.170.5
2B1480MEDIUM POSITIONAL0.270.5
3C1480MEDIUM POSITIONAL0.170.5
4D1480MEDIUM POSITIONAL0.250.5
1A1308LOOSE POSITIONAL0.415
2B1308LOOSE POSITIONAL0.465
3C1308LOOSE POSITIONAL0.45
4D1308LOOSE POSITIONAL0.465
1A1480MEDIUM THERMAL0.752
2B1480MEDIUM THERMAL1.082
3C1480MEDIUM THERMAL0.682
4D1480MEDIUM THERMAL1.022
1A1308LOOSE THERMAL1.8410
2B1308LOOSE THERMAL2.3210
3C1308LOOSE THERMAL1.910
4D1308LOOSE THERMAL2.1410
LS精密化 シェル解像度: 2.76→2.828 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 214 -
Rwork0.3 3983 -
all-4197 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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