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- PDB-4kw6: Crystal structure of Peroxiredoxin-1 (C-terminal truncation mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kw6
タイトルCrystal structure of Peroxiredoxin-1 (C-terminal truncation mutant) from the human hookworm Ancylostoma ceylanicum bound to conoidin A
要素Peroxiredoxin-1
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / 2-cys peroxiredoxin / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / removal of superoxide radicals / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-bis(bromomethyl)quinoxaline 1,4-dioxide / thioredoxin-dependent peroxiredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nguyen, J.B. / Modis, Y.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Peroxiredoxin-1 from the Human Hookworm Ancylostoma ceylanicum Forms a Stable Oxidized Decamer and Is Covalently Inhibited by Conoidin A.
著者: Nguyen, J.B. / Pool, C.D. / Wong, C.Y. / Treger, R.S. / Williams, D.L. / Cappello, M. / Lea, W.A. / Simeonov, A. / Vermeire, J.J. / Modis, Y.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin-1
B: Peroxiredoxin-1
C: Peroxiredoxin-1
D: Peroxiredoxin-1
E: Peroxiredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,8527
ポリマ－101,1565
非ポリマー6962
水27015
1
A: Peroxiredoxin-1
B: Peroxiredoxin-1
C: Peroxiredoxin-1
D: Peroxiredoxin-1
E: Peroxiredoxin-1
ヘテロ分子

A: Peroxiredoxin-1
B: Peroxiredoxin-1
C: Peroxiredoxin-1
D: Peroxiredoxin-1
E: Peroxiredoxin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,70414
ポリマ－202,31210
非ポリマー1,3924
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area18540 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area72280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.554, 141.657, 68.855
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin-1 / AcePrx-1


分子量: 20231.189 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 1-171 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ancylostoma ceylanicum (セイロン鉤虫)
プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J7HJM3, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-QDO / 2,3-bis(bromomethyl)quinoxaline 1,4-dioxide / conoidin A / コノイジンA


分子量: 347.991 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8Br2N2O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES, 1-2% PEG3350, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.84 Å / Num. all: 25771 / Num. obs: 18994 / % possible obs: 74.28 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.079
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
3-3.121.40.3231.84484116.2
3.27-3.4420.2233.361582152.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FH8

4fh8


解像度: 3→49.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 37.364 / SU ML: 0.285 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : RESIDUAL ONLY. AUTHOR STATES THAT LIGAND QDO ON CHAIN C WAS BUILT INTO WEAK POSITIVE ELECTRON DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20002 1028 5.1 %RANDOM
Rwork0.18588 ---
all0.2 26458 --
obs0.18661 18994 74.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 92.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.25 Å20 Å2-9.35 Å2
2--2.45 Å20 Å2
3---4.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→49.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6761 0 27 15 6803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0196965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9571.9649450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9895851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63524.006312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.827151137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.1281530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21046
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215305
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.69936964
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.09511
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.60256792
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 10 -
Rwork0.436 267 -
obs--14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8714-0.07711.02582.07640.08243.9753-0.0656-0.2355-0.73420.32280.1001-0.08060.5411-0.0408-0.03450.35580.11470.23440.15990.21490.5013-2.4788-68.394183.7399
22.2471.0680.57314.70661.38384.4852-0.023-0.0084-0.46560.30220.1143-0.36270.20980.2159-0.09130.18440.18580.12780.20830.10820.348820.3323-55.405683.3692
33.5826-0.25040.0126.1290.82992.7193-0.1732-0.6323-0.06220.90920.2452-0.30290.02040.1876-0.0720.48010.10280.02850.36280.06590.045419.2398-25.8475100.6443
45.9422-2.31230.37826.7445-0.44962.8153-0.2949-0.3680.32780.45380.2557-0.6902-0.18090.30710.03920.1585-0.1146-0.0150.2237-0.06540.081922.6298-5.032384.9341
57.0191-1.11780.68973.0066-0.50392.66290.0833-0.37740.72410.2049-0.0178-0.0604-0.2794-0.0871-0.06540.2904-0.05630.11930.0581-0.07470.1311-6.06313.696680.5115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 171
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 170
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 170
4X-RAY DIFFRACTION4D0 - 171
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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