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- PDB-4kw2: Crystal structure of a Putative uncharacterized protein (BDI_1873... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kw2
タイトルCrystal structure of a Putative uncharacterized protein (BDI_1873) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.32 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードISOMERASE / Xylose isomerase-like TIM barrel / PF01261 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Divalent-metal-dependent TIM barrel enzymes / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / AP_endonuc_2 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Parabacteroides distasonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative uncharacterized protein (BDI_1873) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 2.32 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4109
ポリマ－30,6761
非ポリマー7358
水1,49583
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,23127
ポリマ－92,0283
非ポリマー2,20424
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation30_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation84_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area6040 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30220 Å2
手法PISA
2
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,926108
ポリマ－368,11212
非ポリマー8,81496
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation28_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation30_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation51_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation74_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation84_555-y+1/2,-z+1/2,x1
Buried area34010 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area111050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.095, 200.095, 200.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

SO4

21A-302-

SO4

31A-418-

HOH

詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A TRIMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 30675.986 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-271 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア)
株: ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152 / 遺伝子: BDI_1873 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6LD44
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY RESIDUES 26- ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY RESIDUES 26-271 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.19
詳細: 1.48M ammonium sulfate, 0.1M phosphate-citrate pH 4.19, Additive 0.005 M Myo-Inositol, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.8434,0.9787,0.96911
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.84341
20.97871
30.969111
反射解像度: 2.32→28.881 Å / Num. all: 15409 / Num. obs: 15409 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 35.8 % / Biso Wilson estimate: 42.539 Å2 / Rsym value: 0.316 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.026 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.32-2.3836.40.34002611002.643100
2.38-2.4538.20.34148110872.169100
2.45-2.52380.43999710531.858100
2.52-2.5937.60.53817410161.62100
2.59-2.6837.30.5367259851.414100
2.68-2.7736.80.7361639831.128100
2.77-2.8836.30.9335779250.813100
2.88-330.91.2279339030.647100
3-3.1334.61.6297158600.468100
3.13-3.2838.82.1326998420.353100
3.28-3.4637.92.9299417900.257100
3.46-3.67373.5282227620.211100
3.67-3.9236.54.3256627040.173100
3.92-4.2433.35.9225356770.123100
4.24-4.6429.26.8180156180.106100
4.64-5.1937.16.7212315730.104100
5.19-5.9936.15.5182805070.132100
5.99-7.3432.35.5145204490.129100
7.34-10.3828.18.2100183570.079100
10.38-28.88131.88.569242180.06895.6

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SOLVE位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.32→28.881 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU B: 11.256 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.195
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 5. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 6. SULFATE (SO4) AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) FROM THE CRYSTALLIZATION/CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2196 781 5.1 %RANDOM
Rwork0.1829 ---
obs0.1847 15408 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 139.88 Å2 / Biso mean: 46.5994 Å2 / Biso min: 22.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→28.881 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1910 0 39 83 2032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192022
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021878
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9771.9682743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.69634329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2765248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.10524.79698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17315330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.889158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7356.854968
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7066.844967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.47212.7791209
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 68 -
Rwork0.256 1024 -
all-1092 -
obs--99.91 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 78.761 Å / Origin y: 23.249 Å / Origin z: 53.236 Å
111213212223313233
T0.046 Å20.0135 Å20.0119 Å2-0.0966 Å2-0.0058 Å2--0.1014 Å2
L1.0629 °20.7802 °20.267 °2-1.2011 °2-0.0911 °2--0.6399 °2
S0.0047 Å °0.0703 Å °-0.1721 Å °0.0275 Å °0.0132 Å °-0.1658 Å °-0.0356 Å °0.1377 Å °-0.0179 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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