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- PDB-2o4d: Crystal Structure of a hypothetical protein from Pseudomonas aeru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2o4d
タイトルCrystal Structure of a hypothetical protein from Pseudomonas aeruginosa
要素Hypothetical protein PA0269
キーワードUNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxymuconolactone decarboxylase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者McGrath, T.E. / Battaile, K. / Kisselman, G. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Virag, C. / Ng, I. / Kimber, M. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a hypothetical protein from Pseudomonas aeruginosa
著者: McGrath, T.E. / Battaile, K. / Kisselman, G. / Romanov, V. / Wu-Brown, J. / Virag, C. / Ng, I. / Kimber, M. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Chirgadze, N.Y.
履歴
登録2006年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein PA0269


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6261
ポリマ－18,6261
非ポリマー00
水1,946108
1
A: Hypothetical protein PA0269
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7586
ポリマ－111,7586
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_565x,x-y+1,-z+1/21
Buried area16610 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area31570 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.718, 92.718, 65.303
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-148-

HOH

21A-155-

HOH

31A-157-

HOH

41A-163-

HOH

51A-172-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein PA0269


分子量: 18626.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: 633 / 遺伝子: PA0269 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I6M1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH7.6, 0.4M sodium dihydrogen phosphate, 1.6M dipotassium hydrogen phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.979337962
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月12日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979337962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 14576 / Num. obs: 14543 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 28.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 20.2 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 9.7 / Num. unique all: 1421 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 4.868 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 727 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.176 14543 99.69 %-
all-14576 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.679 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20.37 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----1.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1128 0 0 108 1236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2191.9571583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7785147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.77924.03557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86615198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3461510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2173
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02897
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7781.5755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13521147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0223488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9984.5434
LS精密化 シェル解像度: 1.852→1.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 58 -
Rwork0.215 966 -
obs-1024 98.27 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.7137 Å / Origin y: 33.0654 Å / Origin z: 12.2671 Å
111213212223313233
T-0.1647 Å20.0338 Å20.0202 Å2--0.151 Å2-0.0046 Å2---0.1578 Å2
L3.682 °20.9143 °2-1.7887 °2-1.7786 °20.363 °2--2.099 °2
S-0.0526 Å °-0.105 Å °-0.2264 Å °0.065 Å °-0.0411 Å °0.0121 Å °0.1831 Å °0.1118 Å °0.0937 Å °
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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