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万見
- PDB-2ijc: Structure of a Conserved Protein of Unknown Function PA0269 from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ijc
タイトルStructure of a Conserved Protein of Unknown Function PA0269 from Pseudomonas aeruginosa
要素Hypothetical protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / hypothetical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxymuconolactone decarboxylase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Binkowski, T.A. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Conserved Hypothetical Protein PA0269 from Pseudomonas aeruginosa
著者: Binkowski, T.A. / Xu, X. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2006年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 9 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 9 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein
G: Hypothetical protein
H: Hypothetical protein
I: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,0959
ポリマ－148,0959
非ポリマー00
水15,006833
1
A: Hypothetical protein
B: Hypothetical protein
C: Hypothetical protein
D: Hypothetical protein
E: Hypothetical protein
F: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7306
ポリマ－98,7306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16380 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area31270 Å2
手法PISA
2
G: Hypothetical protein
H: Hypothetical protein
I: Hypothetical protein

G: Hypothetical protein
H: Hypothetical protein
I: Hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7306
ポリマ－98,7306
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)183.507, 76.719, 109.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein / Conserved Hypothetical Protein PA0269


分子量: 16454.965 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
生物種: Pseudomonas aeruginosa / 株: PA01 / 遺伝子: PA0269 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I6M1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 833 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 83801 / Num. obs: 77091 / % possible obs: 92.2211 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / % possible all: 82.46

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→34.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 5.974 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 4076 5 %RANDOM
Rwork0.19024 ---
all0.234 ---
obs0.19346 77091 97.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.67 Å20 Å2-0.14 Å2
2---1.89 Å20 Å2
3----1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10054 0 0 833 10887
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02210261
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8311.95713913
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg12.56951275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.99123.717487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.956151730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0791590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.21521
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027849
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.25478
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.27020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2836
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2910.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3820.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8781.56640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.415210113
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28734285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.424.53800
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 281 -
Rwork0.234 4806 -
obs--82.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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