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- PDB-4kw1: Structure of a/egypt/n03072/2010 h5 ha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kw1
タイトルStructure of a/egypt/n03072/2010 h5 ha
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shore, D.A. / Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Stevens, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural and antigenic variation among diverse clade 2 H5N1 viruses.
著者: Shore, D.A. / Yang, H. / Balish, A.L. / Shepard, S.S. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Davis, C.T. / Donis, R.O. / Villanueva, J.M. / Klimov, A.I. / Stevens, J.
履歴
登録2013年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,98028
ポリマ－231,9678
非ポリマー6,01320
水1,35175
1
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,21521
ポリマ－173,9756
非ポリマー5,23915
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area36420 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area61930 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,21521
ポリマ－173,9756
非ポリマー5,23915
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area35130 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area60040 Å2
手法PISA
3
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子

E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,75521
ポリマ－173,9756
非ポリマー3,78015
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area34450 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area59560 Å2
手法PISA
4
G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子

G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子

G: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,75521
ポリマ－173,9756
非ポリマー3,78015
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area34180 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area59010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.066, 98.066, 655.022
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-201-

PO4

21B-201-

PO4

31D-201-

PO4

41D-302-

HOH

51D-309-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 320
2010C1 - 320
1020A1 - 320
2020E1 - 320
1030A1 - 320
2030G1 - 320
1040B11 - 174
2040D11 - 174
1050B11 - 175
2050F11 - 175
1060B12 - 174
2060H12 - 174
1070C1 - 320
2070E1 - 320
1080C1 - 320
2080G1 - 320
1090D10 - 173
2090F10 - 173
10100D12 - 174
20100H12 - 174
10110E1 - 320
20110G1 - 320
10120F12 - 176
20120H12 - 176

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 37082.715 Da / 分子数: 4 / 断片: HA1 residues 17-341 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/reassortant/IDCDC_RG29(Egypt/N03072/2010 x Puerto Rico/8/1934)(H5N1)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G1JUF7
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 20909.117 Da / 分子数: 4 / 断片: HA2 residues 342-401 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/reassortant/IDCDC_RG29(Egypt/N03072/2010 x Puerto Rico/8/1934)(H5N1)
遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: G1JUF7

-
糖 , 3種, 12分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 83分子

#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: 25% PEG 3350, 100mM Tris-HCl pH8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月14日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.893
11K, H, -L20.107
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 81024 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.076
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.1 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→44.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.984 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 4025 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.194 76734 99.6 %-
all-79907 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.33 Å20 Å20 Å2
2---4.33 Å20 Å2
3---8.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15234 0 386 75 15695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01915986
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0214696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8861.96321677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4993.00333703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.61251887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70525.165817
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.434152718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5521581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.22369
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0218096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.023734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A174990.15
12C174990.15
21A166190.16
22E166190.16
31A171650.15
32G171650.15
41B74740.17
42D74740.17
51B73920.18
52F73920.18
61B81980.14
62H81980.14
71C168610.14
72E168610.14
81C169780.16
82G169780.16
91D75460.17
92F75460.17
101D74490.16
102H74490.16
111E164650.16
112G164650.16
121F73830.17
122H73830.17
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 300 -
Rwork0.161 5579 -
obs--98.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.12280.00360.16980.0902-0.04271.07130.0301-0.0264-0.01440.02960.01110.03050.1191-0.1806-0.04120.0294-0.01820.00830.0329-0.00610.15331.854818.7764-92.5643
20.25880.03850.84310.47790.70915.08790.0848-0.0245-0.01790.0732-0.0642-0.01780.6193-0.1012-0.02060.08150.0061-0.00010.1176-0.02640.17438.332823.8033-144.9397
30.08810.0333-0.06280.09060.05910.6432-0.02210.0093-0.01350.02490.0228-0.02340.1630.0615-0.00070.06370.0125-0.00040.01210.00110.13120.156137.2575-93.5842
40.23180.1027-0.10.5719-1.08354.1425-0.0690.0214-0.09260.01630.0811-0.01050.1179-0.2561-0.01210.08340.03070.01930.06350.02220.18981.182445.0314-42.2609
50.0772-0.0221-0.10610.018-0.09041.5316-0.0206-0.0312-0.0130.01120.03150.0166-0.0586-0.2536-0.01090.07490.03680.01060.0925-0.0050.125632.452137.7672-15.7424
60.346-0.1965-0.83790.65860.30972.82050.0576-0.0890.0174-0.0417-0.08970.093-0.44160.23950.03220.1533-0.00920.01630.2967-0.00950.211738.381332.805535.0319
70.1050.03480.03960.12080.00211.697-0.0309-0.0074-0.0002-0.02390.02430.0002-0.2450.03410.00660.1262-0.0027-0.01170.00820.00340.12520.335119.184448.023
80.5201-0.18820.64050.6126-2.016.73670.019-0.02950.00760.03450.07260.0738-0.1444-0.2546-0.09160.191-0.0734-0.06210.04660.00730.1761.561111.4285-3.7876
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 321
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 408
3X-RAY DIFFRACTION2B11 - 175
4X-RAY DIFFRACTION3C1 - 320
5X-RAY DIFFRACTION3C401 - 408
6X-RAY DIFFRACTION4D10 - 174
7X-RAY DIFFRACTION5E1 - 320
8X-RAY DIFFRACTION5E401 - 405
9X-RAY DIFFRACTION6F10 - 176
10X-RAY DIFFRACTION7G1 - 320
11X-RAY DIFFRACTION7G401 - 405
12X-RAY DIFFRACTION8H12 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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