ソフトウェア 名称 バージョン 分類 HKL-2000データ収集 PHASER位相決定 REFMAC5.5.0109精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1BNA解像度 : 1.49→15 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.939 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.916 / SU B : 3.172 / SU ML : 0.053 / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.112 / ESU R Free : 0.093 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2442 511 4.9 % RANDOM Rwork 0.20279 - - - obs 0.20473 9973 90.42 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 26.054 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 1.27 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - -0.57 Å2 0 Å2 3- - - -0.69 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.49→15 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 490 1 89 580
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.007 0.021 548 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.924 3 842 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_degX-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.064 0.2 94 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.012 0.02 252 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refinedX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refinedX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_itX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_itX-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.044 3 548 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.999 4.5 842 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restr1.208 3 548 X-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.491→1.53 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.309 43 - Rwork 0.256 688 - obs - - 85.6 %