PDB-4kvm: The NatA (Naa10p/Naa15p) amino-terminal acetyltransferase complex...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kvm

タイトル

The NatA (Naa10p/Naa15p) amino-terminal acetyltransferase complex bound to a bisubstrate analog

要素

(N-terminal acetyltransferase A complex ...) x 2
bisubstrate analog inhibitor

キーワード

transferase/transferase inhibitor / Acetyltransferase / TPR repeats / amino-terminal acetylation / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / NatA complex / acetyltransferase activator activity / protein maturation / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.597 Å

データ登録者

Liszczak, G.P. / Marmorstein, R.Q.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Molecular basis for N-terminal acetylation by the heterodimeric NatA complex.
著者: Liszczak, G. / Goldberg, J.M. / Foyn, H. / Petersson, E.J. / Arnesen, T. / Marmorstein, R.

履歴

登録	2013年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月23日	Group: Database references
改定 2.0	2021年9月22日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kvm.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kvm.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kvm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kvm_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kvm_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4kvm_validation.xml.gz	128.1 KB	表示
CIF形式データ	4kvm_validation.cif.gz	174 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kvoC 4kvxSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4kvo-1 4kvo-2 4kvo-3 4kvo-4 4u2m-d 6c9m-2 6c9m-1 1aro-d 5fjx-d 21551 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (3)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (2)

登録構造単位

A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

B: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

C: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

D: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

E: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

F: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

G: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

H: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

I: bisubstrate analog inhibitor

J: bisubstrate analog inhibitor

K: bisubstrate analog inhibitor

L: bisubstrate analog inhibitor

ヘテロ分子

416 kDa, 12 ポリマー
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1

A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

E: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

I: bisubstrate analog inhibitor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
104 kDa, 3 ポリマー
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2

B: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

F: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

J: bisubstrate analog inhibitor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
104 kDa, 3 ポリマー
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3

C: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

G: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

K: bisubstrate analog inhibitor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
104 kDa, 3 ポリマー
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4

D: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

H: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

L: bisubstrate analog inhibitor

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
104 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.439, 119.381, 134.063
Angle α, β, γ (deg.)	80.20, 76.60, 70.42
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
1	2
2	2
3	2
4	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'A' and (resseq 100:632 or resseq 642:731 )
2	1	1	chain 'B' and (resseq 100:632 or resseq 642:731 )
3	1	1	chain 'C' and (resseq 100:632 or resseq 642:731 )
4	1	1	chain 'D' and (resseq 100:632 or resseq 642:731 )
1	1	2	chain 'E' and (resseq 1:153 )
2	1	2	chain 'F' and (resseq 1:153 )
3	1	2	chain 'G' and (resseq 1:153 )
4	1	2	chain 'H' and (resseq 1:153 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
N-terminal acetyltransferase A complex ... , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1 / NatA complex subunit nat1 分子量: 84154.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: nat1, SPCC338.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74985
#2: タンパク質	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1 / NatA complex subunit ARD1 分子量: 18030.750 Da / 分子数: 4 / Fragment: unp residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ard1, SPAC15E1.08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UTI3, N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA

#1: タンパク質

N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1 / NatA complex subunit nat1

分子量: 84154.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: nat1, SPCC338.07c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74985

#2: タンパク質

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1 / NatA complex subunit ARD1

分子量: 18030.750 Da / 分子数: 4 / Fragment: unp residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ard1, SPAC15E1.08 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UTI3, N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 IJKL

#3: タンパク質・ペプチド	bisubstrate analog inhibitor 分子量: 392.362 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 395分子

#4: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-1XE / [5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-4-hydroxy-3-(phosphonooxy)furan-2-yl]methyl (3R)-4-{[3-({(E)-2-[(2,2-dihydroxyethyl)sulfanyl]ethenyl}amino)-3-oxopropyl]amino}-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4-oxobutyl dihydrogen diphosphate 分子量: 821.538 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₃₄N₇O₁₈P₃S
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein Buffer: 25 mM Hepes, pH 7.0, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP Crystallization buffer: 100 mM Hepes, pH 7.0, 10% Peg 4000, 10% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K PH範囲: pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月3日 / 詳細: Si-111 double crystal monochromator
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 137695 / Num. obs: 137534

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 4KVX

4kvx

解像度: 2.597→49.59 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2596	6906	5.02 %
R_work	0.2216	-	-
obs	0.2235	137534	96.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 64.832 Å² / k_sol: 0.295 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	29.535 Å²	-2.238 Å²	4.8581 Å²
2-	-	-25.4792 Å²	-1.1654 Å²
3-	-	-	-4.0558 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.597→49.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	28076	0	278	325	28679

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	28960
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.166	39102
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.949	10928
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	4227
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4991

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4984	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4984	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	3	C	4941	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	4	D	4963	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.036
2	1	E	1231	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	F	1231	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
2	3	G	1231	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
2	4	H	1231	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5974-2.6269	0.3619	190	0.3422	3311	X-RAY DIFFRACTION	74
2.6269-2.6578	0.4119	190	0.332	3914	X-RAY DIFFRACTION	87
2.6578-2.6902	0.3465	210	0.3465	4029	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6902-2.7243	0.3659	233	0.3228	4195	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7243-2.7601	0.3434	229	0.3092	4219	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7601-2.7979	0.315	223	0.3079	4455	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7979-2.8379	0.3543	234	0.3076	4400	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8379-2.8803	0.3443	211	0.3058	4378	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8803-2.9253	0.3516	265	0.2954	4449	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9253-2.9732	0.2855	235	0.2789	4397	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9732-3.0245	0.3382	235	0.2793	4402	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0245-3.0795	0.3082	206	0.2834	4444	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0795-3.1387	0.3385	242	0.2772	4420	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1387-3.2027	0.3182	248	0.2756	4375	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2027-3.2724	0.3063	217	0.2709	4464	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2724-3.3485	0.3084	230	0.2658	4415	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3485-3.4322	0.3159	264	0.2698	4442	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4322-3.525	0.3282	233	0.2604	4446	X-RAY DIFFRACTION	99
3.525-3.6287	0.2977	219	0.2529	4443	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6287-3.7457	0.2938	243	0.2414	4432	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7457-3.8796	0.2702	234	0.2435	4476	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8796-4.0348	0.2667	229	0.2273	4409	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0348-4.2184	0.233	243	0.201	4439	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2184-4.4406	0.1976	232	0.1819	4458	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4406-4.7187	0.2268	225	0.1768	4474	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7187-5.0827	0.2103	234	0.1784	4472	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0827-5.5935	0.2129	248	0.1919	4462	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5935-6.4015	0.2824	231	0.2276	4497	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4015-8.0596	0.2207	241	0.1798	4472	X-RAY DIFFRACTION	100
8.0596-49.5992	0.2084	232	0.172	4439	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1028	-0.4968	-1.0682	1.1851	-0.3289	0.8855	0.3476	-0.0915	0.3412	0.1192	-0.1917	-0.3651	-0.205	0.3277	-0.1394	0.5812	-0.1865	0.0001	0.5505	-0.0979	0.5248	-22.4732	9.3058	-75.222
2	2.1085	-1.5747	-0.8082	7.1473	-1.5549	1.6373	0.2495	-0.2976	-0.3985	-0.0975	0.1246	1.0767	0.0121	-0.1526	-0.3782	0.6419	-0.1011	-0.0174	0.6808	0.0803	0.6861	-67.4317	-4.0499	-54.9502
3	1.4403	0.676	-0.2046	3.1777	-1.4532	1.4147	-0.1048	-0.0084	-0.2262	-0.2492	0.2081	0.0314	0.1786	0.0046	-0.1003	0.5917	-0.127	-0.0121	0.5624	-0.0406	0.449	-37.0185	-14.694	-63.7184
4	2.8327	-0.6532	-0.16	4.6869	0.6086	2.2923	-0.3493	-0.3997	-0.3748	1.1941	0.3444	-0.5057	-0.1836	0.2834	0.0341	0.9699	0.0111	-0.1368	0.6319	0.0055	0.5515	-23.4672	-20.5999	-46.3397
5	3.1643	-0.5989	0.182	2.7856	0.4592	1.7029	-0.7322	0.201	-0.0291	-0.0072	0.3406	-0.6852	-0.8032	-0.0041	0.1141	0.3477	-0.3422	0.102	0.4108	0.069	0.6335	-11.3277	68.8885	-79.0369
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9	3.8318	0.1055	-0.0406	2.8631	0.5982	1.7043	-0.4335	0.0413	0.0024	0.1177	0.3364	-0.663	0.4574	-0.0333	-0.006	0.533	0.2969	-0.1727	0.5264	-0.035	0.7467	-41.8666	-48.5124	-140.9496
10	2.405	-0.5976	-0.5005	0.1731	0.0611	0.8831	0.4735	-0.2738	0.8043	0.6906	0.2736	-1.6733	0.0182	0.7066	-0.505	0.8557	-0.0965	-0.4307	1.2267	-0.4812	2.0553	-15.6934	-8.5084	-121.3334
11	1.6201	-0.8832	-1.1793	3.7662	1.593	1.5476	0.366	0.2063	0.3726	-0.1546	-0.1931	-0.5602	-0.0409	0.1099	-0.157	0.4761	0.2103	-0.1027	0.5804	0.0406	0.5667	-45.7456	-20.4603	-130.1901
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22	2.5235	-2.612	1.4516	6.3016	-0.1262	3.1746	0.0328	0.8494	1.3043	-1.038	-0.1493	-0.7861	-0.9025	0.135	-0.053	0.9672	0.2363	0.4582	0.9598	0.4503	1.7871	-29.041	-16.9295	-154.2056
23	4.9963	0.3922	-0.8628	6.5336	-0.8795	2.0647	0.1628	-0.0511	0.0193	-0.7257	-0.1526	0.5428	0.0244	-0.0317	-0.0247	0.5706	0.1959	-0.0468	0.5145	-0.0789	0.3979	-46.4351	34.8761	-15.2502
24	2.3256	-1.9498	-0.5787	2.1882	-0.0913	1.7425	0.2146	-0.3484	0.2962	0.2746	0.0004	1.3439	-0.5058	-0.3664	-0.2672	0.7058	0.1725	0.0248	0.7764	-0.105	0.9578	-53.0914	39.8761	-2.8024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 5:269)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 270:428)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 429:572)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 573:731)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 5:266)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 267:428)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 429:572)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 573:731)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 5:269)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 270:428)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 429:572)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 573:731)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 5:269)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 270:428)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 429:572)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 573:731)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain E and resid 1:97)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain E and resid 98:153)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain F and resid 1:99)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain F and resid 100:153)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain G and resid 1:99)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain G and resid 100:153)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain H and resid 1:98)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain H and resid 99:153)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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