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- PDB-4kv3: Ubiquitin-like domain of the Mycobacterium tuberculosis type VII ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kv3
タイトルUbiquitin-like domain of the Mycobacterium tuberculosis type VII secretion system protein EccD1 as maltose-binding protein fusion
要素Chimera fusion protein of ESX-1 secretion system protein eccD1 and Maltose-binding periplasmic protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ESX-1 / ESX / snm4 / ubiquitin / YukD / PF08817 / membrane protein / protein secretion / mbp fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / : / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Evans, T.J.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of EccB1 and EccD1 from the core complex of the mycobacterial ESX-1 type VII secretion system.
著者: Wagner, J.M. / Chan, S. / Evans, T.J. / Kahng, S. / Kim, J. / Arbing, M.A. / Eisenberg, D. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2013年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chimera fusion protein of ESX-1 secretion system protein eccD1 and Maltose-binding periplasmic protein
B: Chimera fusion protein of ESX-1 secretion system protein eccD1 and Maltose-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,7464
ポリマ－100,0612
非ポリマー6852
水7,530418
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area35710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.680, 125.680, 124.490
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Chimera fusion protein of ESX-1 secretion system protein eccD1 and Maltose-binding periplasmic protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 50030.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: I6X8K0
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 1.4M SODIUM CITRATE, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 56556 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 44.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 17.71
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.2611.51.0972.88478564161100
2.26-2.323.59469904084100
2.32-2.394.44455543953100
2.39-2.465.03444703853100
2.46-2.546.03427553703100
2.54-2.637.59417043608100
2.63-2.739402693484100
2.73-2.8411.3385943329100
2.84-2.9713.89369303191100
2.97-3.1117.23357143085100
3.11-3.2822338832927100
3.28-3.4826.48319962775100
3.48-3.7231.4298292588100
3.72-4.0235.46278192420100
4.02-4.440255302232100
4.4-4.9243.13231912027100
4.92-5.6842.82203771790100
5.68-6.9644.02171901517100
6.96-9.8451.94131561175100
9.8454.41688565499.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.85 Å
Translation2.5 Å49.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ANF

1anf


解像度: 2.2→49.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.1982 / WRfactor Rwork: 0.1581 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8806 / SU B: 9.507 / SU ML: 0.127 / SU R Cruickshank DPI: 0.2028 / SU Rfree: 0.1704 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.17 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2047 2862 5.1 %RANDOM
Rwork0.1628 ---
obs0.1649 53741 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.49 Å2 / Biso mean: 42.0955 Å2 / Biso min: 21.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.22 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6970 0 46 418 7434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.027180
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026832
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.9759784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.762315796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7625910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.46225.676296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.818151156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4192.4173646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4192.4163645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3473.624554
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 199 -
Rwork0.229 3960 -
all-4159 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5751-0.1330.92540.4001-0.21571.16730.03310.134-0.1496-0.0754-0.01840.07330.13330.0713-0.01460.10790.0350.00360.08240.01840.061517.24440.98-39.535
23.9010.02642.25590.6682-0.20651.4387-0.1087-0.43820.3607-0.0414-0.0610.05270.0264-0.17610.16970.13810.0863-0.00590.1555-0.00740.131217.43244.83-30.4
33.13470.7054-0.251.8135-0.93111.5302-0.0093-0.12040.23080.28390.05050.2188-0.1559-0.0539-0.04120.1212-0.04750.02740.0812-0.03140.081-14.25158.972-12.374
42.91891.63741.03141.3880.63280.89060.0302-0.075-0.05580.0862-0.04040.00170.162-0.00610.01020.1353-0.0641-0.00980.0839-0.02620.0946-30.40431.886-5.665
52.97771.4771.14782.16580.45890.5114-0.26360.41110.2888-0.19680.20420.162-0.00380.12360.05950.1974-0.1429-0.05030.1758-0.00610.1416-32.36237.099-15.17
63.2038-0.3945-0.23923.2772-0.55830.8410.10650.22810.3697-0.2931-0.2414-0.1037-0.0218-0.0320.13490.12090.0058-0.02920.1470.07220.1065-7.85359.882-33.094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 308
2X-RAY DIFFRACTION2A309 - 369
3X-RAY DIFFRACTION3A373 - 461
4X-RAY DIFFRACTION4B6 - 310
5X-RAY DIFFRACTION5B311 - 371
6X-RAY DIFFRACTION6B372 - 461

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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