ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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Blu-Ice | | データ収集 | PHENIX | | モデル構築 | PHENIX | (phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 3ROW 解像度: 2.17→44.006 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.67 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2031 | 1944 | 5.05 % |
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Rwork | 0.1589 | - | - |
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obs | 0.1612 | 38514 | 98.66 % |
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all | - | 38514 | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→44.006 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5138 | 0 | 115 | 375 | 5628 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.006 | 5440 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.187 | 7379 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.139 | 2033 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.108 | 859 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 949 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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2.1681-2.2223 | 0.2789 | 125 | 0.1986 | 2107 | X-RAY DIFFRACTION | 81 | 2.2223-2.2824 | 0.2738 | 135 | 0.1992 | 2631 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.2824-2.3496 | 0.2588 | 141 | 0.1849 | 2601 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.3496-2.4254 | 0.2397 | 133 | 0.1823 | 2612 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4254-2.5121 | 0.2269 | 142 | 0.1733 | 2610 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.5121-2.6127 | 0.2364 | 137 | 0.1692 | 2616 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.6127-2.7315 | 0.2258 | 141 | 0.1717 | 2635 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.7315-2.8755 | 0.2495 | 139 | 0.1741 | 2605 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.8755-3.0557 | 0.2457 | 143 | 0.1744 | 2643 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.0557-3.2915 | 0.2508 | 138 | 0.1773 | 2654 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.2915-3.6226 | 0.1877 | 141 | 0.1585 | 2640 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.6226-4.1465 | 0.1738 | 143 | 0.1348 | 2678 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 4.1465-5.2228 | 0.1655 | 137 | 0.1215 | 2707 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 5.2228-44.0153 | 0.1534 | 149 | 0.1593 | 2831 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 1.4044 | -0.2448 | 0.2441 | 1.473 | 0.0824 | 0.5671 | -0.0614 | -0.1093 | -0.0181 | 0.1294 | 0.0134 | 0.0361 | 0.0315 | -0.0063 | 0.0406 | 0.1731 | -0.0164 | 0.0251 | 0.1348 | 0.0052 | 0.1464 | -10.4507 | 6.65 | -2.7499 | 2 | 0.7445 | 0.0719 | -0.4509 | 1.3913 | 0.3196 | 1.8192 | 0.0005 | 0.111 | -0.0449 | -0.4077 | -0.0475 | 0.135 | -0.0351 | -0.0887 | 0.0462 | 0.2587 | -0.0119 | -0.0232 | 0.1598 | 0.0031 | 0.2159 | -12.3153 | 23.9146 | -27.4959 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | (chain A and resid 20:358)2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | (chain B and resid 22:358) | |
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