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- PDB-4ktm: Crystal Structure of C143S Xanthomonas campestris OleA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ktm
タイトルCrystal Structure of C143S Xanthomonas campestris OleA
要素3-oxoacyl-[ACP] synthase III
キーワードTRANSFERASE / Thiolase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase / secondary metabolite biosynthetic process / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Acyl-CoA:acyl-CoA alkyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Goblirsch, B.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Substrate Trapping in Crystals of the Thiolase OleA Identifies Three Channels That Enable Long Chain Olefin Biosynthesis.
著者: Goblirsch, B.R. / Jensen, M.R. / Mohamed, F.A. / Wackett, L.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2013年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
B: 3-oxoacyl-[ACP] synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2807
ポリマ－73,7612
非ポリマー5195
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.204, 85.379, 102.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The asymmetric unit of the structure corresponds to the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[ACP] synthase III


分子量: 36880.250 Da / 分子数: 2 / 変異: C143S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
株: ATCC 33913 / NCPPB 528 / LMG 568 / 遺伝子: fabH, XCC0212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PDX2
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 15% PEG 8000, 80 mM potassium phosphate dibasic, 100 mM sodium citrate pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. all: 211791 / Num. obs: 211791 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 29.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.36→2.4 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3ROW

3row


解像度: 2.36→32.828 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 1497 4.99 %R-free selection based on R-free set from WT OleA data (3ROW)
Rwork0.1657 ---
obs0.1683 30020 98.8 %-
all-30020 --
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→32.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5152 0 33 341 5526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035414
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7557353
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9332011
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052860
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003956
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3601-2.43630.26261130.18472269X-RAY DIFFRACTION87
2.4363-2.52330.27311290.18052585X-RAY DIFFRACTION100
2.5233-2.62430.25291420.18042569X-RAY DIFFRACTION100
2.6243-2.74370.28121370.18972591X-RAY DIFFRACTION100
2.7437-2.88820.32051430.20432575X-RAY DIFFRACTION100
2.8882-3.06910.26851360.20052605X-RAY DIFFRACTION100
3.0691-3.30580.23391330.18132624X-RAY DIFFRACTION100
3.3058-3.63810.18791430.16022608X-RAY DIFFRACTION100
3.6381-4.16370.20131390.14142629X-RAY DIFFRACTION100
4.1637-5.24230.18631370.13212676X-RAY DIFFRACTION100
5.2423-32.8310.16521450.16442792X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1192-0.33150.07551.6850.08330.4358-0.0215-0.0868-0.04920.108-0.02190.13560.0179-0.02740.03660.1571-0.01620.01820.1785-0.00380.143-10.35876.7879-2.632
20.91320.0875-0.37871.36920.58532.29580.09760.1365-0.0803-0.4546-0.11330.1817-0.1273-0.15550.0210.29860.0374-0.05370.18750.01410.2177-12.692223.7481-27.3062
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 19:358)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 21:358)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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