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- PDB-4krr: Crystal structure of Drosophila WntD N-terminal domain-linker (re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4krr
タイトルCrystal structure of Drosophila WntD N-terminal domain-linker (residues 31-240)
要素Wnt inhibitor of Dorsal protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / WntD / uncomplexed Wnt / N-terminal domain / linker / WNT / growth factor / WNT signaling / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral furrow formation / WNT ligand biogenesis and trafficking / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / : / frizzled binding / regulation of embryonic development / canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment / extracellular matrix / cytokine activity ...ventral furrow formation / WNT ligand biogenesis and trafficking / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / : / frizzled binding / regulation of embryonic development / canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment / extracellular matrix / cytokine activity / neuron differentiation / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1
類似検索 - ドメイン・相同性
Wnt inhibitor of Dorsal protein
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.124 Å
データ登録者Chu, M.L.-H. / Choi, H.-J. / Ahn, V.E. / Daniels, D.L. / Nusse, R. / Weis, W.I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural Studies of Wnts and Identification of an LRP6 Binding Site.
著者: Chu, M.L. / Ahn, V.E. / Choi, H.J. / Daniels, D.L. / Nusse, R. / Weis, W.I.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Wnt inhibitor of Dorsal protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9216
ポリマ－24,5291
非ポリマー3915
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.625, 59.625, 66.955
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Wnt inhibitor of Dorsal protein / Protein Wnt-8 / dWnt-8


分子量: 24529.408 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain-linker / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG8458, Wnt8, wntD / プラスミド: pMT/BiP/V5-His A
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: Q9VFX1
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 1000, 0.1M Bis-Tris, 0.2M magnesium chloride, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月28日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.124→59.625 Å / Num. all: 13310 / Num. obs: 13301 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.5 % / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.016 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.124-2.2413.80.52641819151.58399.9
2.24-2.3713.50.82460518280.969100
2.37-2.5412.81.32192117150.57899.8
2.54-2.74142.22267216160.352100
2.74-313.94.22047514780.179100
3-3.3612.97.81727213400.09599.8
3.36-3.8813.914.51641211780.049100
3.88-4.7512.8191292410100.03599.8
4.75-6.7213.718.3107997870.03499.9
6.72-29.81312.922.655924340.02398.1

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å14.91 Å
Translation3.5 Å14.91 Å
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5-500.010.8980.8911047
3.97-50.9841.0251036
3.47-3.970.971.0231021
3.15-3.470.9610.971026
2.92-3.150.9350.9291015
2.75-2.920.9170.8931030
2.61-2.750.8960.8491005
2.5-2.610.8880.8391015

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PHASER2.3.0位相決定
CNS精密化
SCALA3.3.16データスケーリング
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F0A

4f0a


解像度: 2.124→29.812 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8246 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2035 654 4.93 %RANDOM
Rwork0.1793 ---
obs0.1805 13272 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 142.29 Å2 / Biso mean: 55.412 Å2 / Biso min: 25.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.124→29.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1465 0 25 72 1562
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5612038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.422557
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.124-2.2880.27251410.246925032644
2.288-2.51810.25391230.21425012624
2.5181-2.88220.27051440.202725132657
2.8822-3.63030.21911210.185625272648
3.6303-29.81540.16391250.157925742699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4225-6.22373.85925.1259-3.59685.27770.11440.90170.2246-1.10320.1442-0.911-0.05291.0614-0.2520.5093-0.1928-0.00680.6503-0.09130.573515.6549-17.0325-6.8124
24.2225-0.8365-0.76134.93971.23063.9457-0.12520.1784-0.04930.00130.3485-0.27960.06190.5269-0.20270.2676-0.0674-0.09540.3763-0.01550.2229.7044-19.965-3.1144
35.2516-2.9131-5.28066.32316.41468.9067-0.17740.406-0.5397-0.03830.0492-0.20950.30680.4180.11670.29340.0235-0.12140.4035-0.040.3889.0875-32.4588-15.3606
45.3643-0.4024-1.86133.1777-0.31845.8328-0.32710.0954-0.0328-0.05530.14390.4196-0.2891-0.28190.14510.3013-0.0104-0.10370.23190.05010.3236-4.4307-17.95560.2185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 33 through 54 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 55 through 140 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 141 through 185 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 232 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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