+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kr8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Salmonella typhi OmpF complex with Daunomycin | ||||||
Components | Outer membrane protein F | ||||||
Keywords | MEMBRANE PROTEIN / Beta barrel / Transport / Outer membrane | ||||||
Function / homology | Function and homology information porin activity / pore complex / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhi (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Madhuranayaki, T. / Balasubramaniam, D. / Krishnaswamy, S. | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Salmonella typhi OmpF complex with Daunomycin Authors: Madhuranayaki, T. / Balasubramaniam, D. / Krishnaswamy, S. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kr8.cif.gz | 202.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb4kr8.ent.gz | 159.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kr8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/4kr8 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 3nsgS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 37887.957 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhi (bacteria) Strain: Ty21a / Gene: ompF / Plasmid: pET20b(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): GJ1158 / References: UniProt: P37432*PLUS #2: Chemical | ChemComp-DM1 / | Sequence details | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN WHCIH HAS DERIVED FROM SALMONELLA TYPHI (STRAIN ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN WHCIH HAS DERIVED FROM SALMONELLA | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.7 Å3/Da / Density % sol: 66.76 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 0.1M Tri sodium citrate pH5.6, 0.25M potassium sodium tartrate, 2M Ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 28, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.1→50 Å / Num. obs: 30981 / % possible obs: 98.5 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 7.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Phasing MR | Rfactor: 41.72 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3NSG Resolution: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 35.479 / SU ML: 0.617 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.596 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 80.61 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→50 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|