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- PDB-4kr1: Crystal structure of the kinetechore protein Iml3 from budding yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kr1
タイトルCrystal structure of the kinetechore protein Iml3 from budding yeast
要素Central kinetochore subunit IML3
キーワードCELL CYCLE / chromosome segregation / kinetochore protein
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic sister chromatid segregation / ascospore formation / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / attachment of spindle microtubules to kinetochore / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore / cell division / nucleus
類似検索 - 分子機能
Inner kinetochore subunit IML3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tao, Y. / Guo, Q. / Teng, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the role of the Chl4-Iml3 complex in kinetochore assembly
著者: Guo, Q. / Tao, Y. / Liu, H. / Teng, M. / Li, X.
履歴
登録2013年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Central kinetochore subunit IML3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6591
ポリマ－28,6591
非ポリマー00
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.026, 73.026, 188.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 Central kinetochore subunit IML3 / Increased minichromosome loss protein 3 / Minichromosome maintenance protein 19


分子量: 28659.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38265
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 3M Sodium formate, 100mM Cesium chloride, 3% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月20日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 11039 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 50.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 20.6 % / Rmerge(I) obs: 0.686 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 20.975 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 525 4.8 %RANDOM
Rwork0.2369 10430 --
obs0.238 10955 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 145.54 Å2 / Biso mean: 49.0334 Å2 / Biso min: 25.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.92 Å20.96 Å20 Å2
2--1.92 Å20 Å2
3----2.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1675 0 0 22 1697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221710
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021112
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9881.962321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80232732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9545214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65524.68864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.74315286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.755155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02328
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8551.51089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0681.5438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.621757
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2343621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8294.5564
LS精密化 シェル解像度: 2.501→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 37 -
Rwork0.316 725 -
all-762 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0592-0.08770.07451.0190.28372.67530.02370.0459-0.06470.0439-0.02080.1354-0.04890.3479-0.0030.05980.01530.00680.2165-0.03080.1007-16.8273-28.4523-23.7355
21.0637-0.31441.09490.1331-0.17311.7111-0.0005-0.0729-0.00420.00990.05220.00050.01180.0348-0.05180.0383-0.04850.01460.1375-0.0150.1703-23.8058-22.7415-20.9228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 243
2X-RAY DIFFRACTION2A301 - 322

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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